PDB-5m4g: Crystal Structure of Wild-Type Human Prolidase with Mn ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m4g

タイトル

Crystal Structure of Wild-Type Human Prolidase with Mn ions

要素

Xaa-Pro dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Wilk, P. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Substrate specificity and reaction mechanism of human prolidase.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Kalms, J. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.4	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.5	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m4g.cif.gz	407.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m4g.ent.gz	333 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m4jC 5m4lC 5m4qC 2oknS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h2p-d 5mc2-d 5m4q-d 5mc5-d 5m4j-d 5mc1-d 5mbz-d 5mc3-d 5mby-d 6h2q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m35m4g / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.641, 108.282, 211.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1151- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND SEGID
2	1	1	CHAIN B AND SEGID

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase 分子量: 53651.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION 分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH範囲: 7.6-8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月2日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→46.532 Å / Num. obs: 196786 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.41 % / B_iso Wilson estimate: 17.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.51
反射シェル	解像度: 1.48→1.57 Å / R_merge(I) obs: 1.074 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OKN

2okn

解像度: 1.48→43.18 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167	2100	1.07 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.151	196767	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→43.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7506	0	48	1141	8695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	10663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.287	2915
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1392

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5377	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5377	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4787-1.5131	0.3232	136	0.2952	12580	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5131-1.551	0.2698	139	0.2609	12929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.551-1.5929	0.2718	140	0.2413	12960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5929-1.6398	0.2063	138	0.2223	12849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6398-1.6927	0.2381	140	0.205	12928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6927-1.7532	0.2067	139	0.1961	12927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7532-1.8234	0.1986	140	0.1774	12958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8234-1.9064	0.1702	139	0.1608	12863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9064-2.0069	0.214	140	0.1504	13007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0069-2.1327	0.1495	140	0.1399	12975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1327-2.2973	0.153	140	0.1338	12996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2973-2.5285	0.1436	141	0.1349	13036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5285-2.8943	0.1564	141	0.1402	13076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8943-3.6462	0.1679	141	0.1313	13132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6462-43.2025	0.1299	146	0.1318	13451	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.395	-0.0675	0.0775	0.4547	-0.0518	0.2667	0.0317	-0.0314	0.0028	0.1556	0.0146	0.0747	-0.0609	-0.0367	-0	0.1836	0.0224	0.0191	0.1661	0.0304	0.1232	12.5113	19.6483	94.2117
2	0.4654	-0.0044	0.237	0.7181	0.0486	1.0117	0.0044	-0.0946	0.0496	0.2297	0.0158	0.0476	-0.2026	-0.0178	-0.0005	0.2425	0.0119	0.0289	0.1762	0.0289	0.139	13.6422	21.0195	96.4107
3	0.1786	0.2197	0.0001	0.3627	0.0523	0.1776	0.0219	-0.0143	-0.0765	-0.0514	0.0552	-0.0747	0.0077	0.0813	-0	0.1576	0.0374	-0.0159	0.1664	0.0039	0.1431	18.6225	14.5815	65.3796
4	0.5845	-0.0999	-0.037	0.8373	0.1198	0.876	0.043	0.0146	-0.1503	0.0032	0.02	0.0345	0.1254	0.0427	-0.0018	0.1316	0.0222	-0.0421	0.1299	0.0046	0.1454	19.1927	-3.7258	72.5262
5	0.9599	0.026	0.2021	0.5638	0.0013	0.2559	0.0092	0.0063	-0.0507	-0.0193	0.0165	-0.1024	0.0018	0.0371	0.0021	0.1185	0.0266	0.001	0.1255	0.0039	0.119	34.8976	29.9984	71.1473
6	0.0681	0.0237	-0.0544	0.1244	0.0068	0.0883	-0.1057	-0.1053	-0.0227	0.1699	0.049	0.0253	-0.0574	-0.0288	0.0001	0.1685	0.0528	-0.009	0.2007	0.0175	0.1968	5.3521	38.0794	77.8521
7	0.9932	-0.1555	-0.132	0.9569	0.1271	0.3456	-0.0152	-0.1234	0.2204	0.0422	0.0265	-0.0011	-0.0999	0.0026	0.0004	0.1505	0.0389	-0.0138	0.1424	0.0007	0.1499	17.2556	53.5186	75.4076
8	1.0856	0.3096	0.2793	0.9155	-0.2114	0.3889	-0.0028	0.0279	0.107	-0.0148	-0.017	0.1481	-0.0683	-0.1267	-0.0007	0.1815	0.0405	-0.0197	0.1571	0.024	0.1732	8.8764	51.7832	70.385
9	0.0136	-0.0011	-0.008	0.0359	0.0127	0.0115	0.0083	0.0132	0.0125	-0.0031	-0.0029	-0.0257	-0.0117	0.0161	-0.0001	0.6145	-0.2047	-0.0624	0.6832	-0.1694	0.5925	4.3738	47.7641	51.1637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 277 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 278 THROUGH 483 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 253 THROUGH 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 278 THROUGH 427 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 428 THROUGH 485 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 486 THROUGH 488 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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