PDB-5m4c: Complex structure of human protein kinase CK2 catalytic subunit w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m4c

タイトル

Complex structure of human protein kinase CK2 catalytic subunit with a thieno[2,3-d]pyrimidin inhibitor crystallized under low-salt conditions

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.935 Å

データ登録者

Niefind, K. / Bischoff, N. / Yarmoluk, S.M. / Bdzhola, V.G. / Golub, A.G. / Balanda, A.O. / Prykhod'ko, A.O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2017
タイトル: Structural Hypervariability of the Two Human Protein Kinase CK2 Catalytic Subunit Paralogs Revealed by Complex Structures with a Flavonol- and a Thieno[2,3-d]pyrimidine-Based Inhibitor.
著者: Niefind, K. / Bischoff, N. / Golub, A.G. / Bdzhola, V.G. / Balanda, A.O. / Prykhod'ko, A.O. / Yarmoluk, S.M.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m4c.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m4c.ent.gz	125.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m4c_validation.pdf.gz	763.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m4c_full_validation.pdf.gz	766.1 KB	表示
XML形式データ	5m4c_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5m4c_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m44C 5m4fC 5m4iC 5m4uC 5m56C 2pvrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tew-d 6l20-3 4dgn-d 5cu0-2 1lp4-d 5oue-1 1lpu-d 3owj-d 2w1i-1 4dgm-d 6xx7-d 3rvg-d 1om1-d 1zoe-d 5m56-2 5owh-d 6hmb-d 5otz-d 6te2-d 6l1z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.104, 79.418, 82.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 40066.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-7EY / 3-[5-(4-methylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]sulfanylpropanoic acid 分子量: 330.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₂O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PROTEIN STOCK SOLUTION: 6 MG/M CK2ALPHA1-335 IN 0.5 M NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5; INHIBITOR STOCK SOLUTION: 10 MM INHIBITOR IN DMSO; PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION: 90 MICROLITER ...詳細: PROTEIN STOCK SOLUTION: 6 MG/M CK2ALPHA1-335 IN 0.5 M NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5; INHIBITOR STOCK SOLUTION: 10 MM INHIBITOR IN DMSO; PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION: 90 MICROLITER PROTEIN STOCK SOLUTION + 10 MICROLITER INHIBITOR STOCK SOLUTION; RESERVOIR SOLUTION: 24 % (w/v) PEG8000, 0.2 M KCl; DROP SOLUTION BEFORE EQULIBRATION: 0.3 MICROLITER PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION + 0.3 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.33 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PROTEIN STOCK SOLUTION: 6 MG/M CK2ALPHA1-335 IN 0.5 M NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5; INHIBITOR STOCK SOLUTION: 10 MM INHIBITOR IN DMSO; PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION: 90 MICROLITER ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.935→41.6 Å / Num. obs: 23281 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.84 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0982 / R_sym value: 0.0982 / Net I/σ(I): 15.25
反射シェル	解像度: 1.935→2.004 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.7305 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / CC_1/2: 0.758 / % possible all: 62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PVR

2pvr

解像度: 1.935→41.535 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	1104	4.74 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1584	23281	96.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.935→41.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2782	0	35	228	3045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	3950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.276	1750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9351-2.0232	0.2701	97	0.2066	1957	X-RAY DIFFRACTION	70
2.0232-2.1298	0.2104	143	0.1813	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1298-2.2633	0.2428	139	0.1731	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2633-2.438	0.2149	141	0.1643	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.438-2.6833	0.2235	128	0.1613	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6833-3.0715	0.2013	149	0.1596	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0715-3.8693	0.1736	140	0.136	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8693-41.545	0.172	167	0.1482	3030	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5856	-0.13	0.1391	5.5211	1.2567	0.9107	0.0271	0.6027	0.2142	-0.4075	0.1472	0.2778	-0.3491	0.0719	-0.0243	0.2891	-0.0266	0.0404	0.2212	0.0524	0.1991	4.4431	12.8448	-24.8878
2	2.0203	0.9172	-0.1122	3.5759	-0.0905	2.1265	-0.0271	0.4185	0.2054	-0.5153	0.1246	-0.273	-0.413	-0.3014	-0.0227	0.2987	0.0361	0.0323	0.2395	0.0171	0.2508	-20.5072	-0.5973	-23.1657
3	3.3474	0.9184	0.6293	4.7048	-0.7607	3.2808	0.174	-0.29	0.3156	0.052	-0.0858	-0.0741	-0.3743	-0.168	-0.0632	0.1853	0.0017	0.0052	0.1717	-0.0375	0.2123	-20.4376	-4.1763	-14.0103
4	2.9901	1.4842	-0.2253	1.4168	0.108	1.4317	-0.0644	0.2954	0.4689	-0.1603	-0.0061	0.3204	-0.3335	-0.4194	0.0505	0.2289	0.0455	-0.0462	0.2407	0.0089	0.2153	-14.5906	1.9412	-22.4149
5	2.0143	0.0512	0.4213	2.0003	-0.1416	1.032	0.038	-0.1962	-0.1844	0.1534	-0.0196	-0.0244	0.0861	-0.0478	-0.0258	0.161	-0.008	-0.005	0.1015	-0.0168	0.099	-2.0268	-6.6087	-10.5116
6	1.4786	0.4534	0.0041	0.6765	0.339	1.7553	0.0555	-0.0513	0.1348	-0.0144	0.0057	0.0808	-0.1494	-0.0292	-0.0208	0.127	0.007	0.0138	0.0882	-0.0356	0.1099	0.844	7.3946	-9.6131
7	2.5464	0.9077	-0.0967	3.6298	0.0005	3.2396	0.0023	-0.2495	0.2282	0.313	0.1028	-0.2354	-0.3079	0.0937	-0.0416	0.2019	-0.0261	0.0051	0.2136	-0.0812	0.1757	8.1212	14.1355	3.9917
8	1.8199	-0.1553	0.5438	3.7969	0.2497	1.1798	0.0605	-0.289	-0.1571	0.5468	-0.0017	-0.3075	0.056	0.1944	-0.0437	0.217	-0.0046	-0.0344	0.2518	-0.0089	0.1941	13.3764	-0.7802	-0.4765
9	4.6518	-0.5681	0.0334	1.8027	-1.6089	6.5024	0.0265	0.5059	-0.3495	-0.1972	-0.0947	-0.1995	0.3355	0.2761	0.0194	0.1499	0.0154	-0.0012	0.2026	-0.0501	0.1834	13.7893	-9.1664	-13.6827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 168 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 169 through 227 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 228 through 280 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 281 through 314 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 315 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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