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- PDB-5m3q: Crystal structure of Tif6 from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3q
タイトルCrystal structure of Tif6 from Chaetomium thermophilum
要素Eukaryotic translation initiation factor 6
キーワードRIBOSOME / Ribosome biogenesis / anti-association factor
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / nucleolus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Calvino, F.R. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Interaction network of the ribosome assembly machinery from a eukaryotic thermophile.
著者: Baler, J. / Ahmed, Y.L. / Kallas, M. / Kornprobst, M. / Calvino, F.R. / Gnadig, M. / Thoms, M. / Stier, G. / Ismail, S. / Kharde, S. / Castillo, N. / Griesel, S. / Bastuck, S. / Bradatsch, B. ...著者: Baler, J. / Ahmed, Y.L. / Kallas, M. / Kornprobst, M. / Calvino, F.R. / Gnadig, M. / Thoms, M. / Stier, G. / Ismail, S. / Kharde, S. / Castillo, N. / Griesel, S. / Bastuck, S. / Bradatsch, B. / Thomson, E. / Flemming, D. / Sinning, I. / Hurt, E.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9146
ポリマ－27,4421
非ポリマー4725
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.350, 63.372, 78.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 27441.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: TIF6, CTHT_0025830 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G0S683
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na-citrate pH 5.6 0.5 M Ammonium sulfate 1 M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.72 Å / Num. obs: 43931 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 13.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 212576 / Scaling rejects: 49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.533.10.61630520270.6450.3840.7252.494.2
8.22-44.723.90.02712503230.9980.0150.03138.198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.531
最高解像度最低解像度
Rotation44.72 Å1.68 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G62

1g62


解像度: 1.5→41.256 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 2194 5 %
Rwork0.1501 41676 -
obs0.1514 43870 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.75 Å2 / Biso mean: 19.6297 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→41.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 27 248 1971
Biso mean--41.61 34.81 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5692566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4131126
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5001-1.53270.27231280.23392420254894
1.5327-1.56830.21011280.1992499262796
1.5683-1.60760.21061320.17242572270499
1.6076-1.6510.18911340.163126022736100
1.651-1.69960.17031390.157525892728100
1.6996-1.75450.20721500.153225622712100
1.7545-1.81720.19681450.153226162761100
1.8172-1.88990.17541260.149225912717100
1.8899-1.97590.16231480.138526022750100
1.9759-2.08010.15621360.137326132749100
2.0801-2.21040.16511370.138626032740100
2.2104-2.38110.17231360.145626402776100
2.3811-2.62070.1781360.153226302766100
2.6207-2.99980.18141470.154226482795100
2.9998-3.7790.16121340.137426812815100
3.779-41.27120.17381380.14752808294699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.0998 Å / Origin y: 14.1623 Å / Origin z: 7.4883 Å
111213212223313233
T0.0415 Å2-0.0053 Å2-0.0018 Å2-0.047 Å20.0004 Å2--0.0451 Å2
L0.484 °2-0.0826 °20.1886 °2-0.5373 °2-0.2114 °2--0.5223 °2
S-0.013 Å °-0.0085 Å °0.0109 Å °-0.0162 Å °0.0167 Å °0.0462 Å °0.0286 Å °-0.0071 Å °-0.0132 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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