[日本語] English
万見
- PDB-5m3j: Influenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3j
タイトルInfluenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza B virus RNA-dependent RNA polymerase / vRNA promoter / Pol II serine 5 phosphorylated CTD peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex ...microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / cap snatching / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / promoter-specific chromatin binding / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / DNA-templated transcription termination / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / virion component / kinase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / Estrogen-dependent gene expression / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
Homo Sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lukarska, M. / Pflug, A. / Cusack, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis of an essential interaction between influenza polymerase and Pol II CTD.
著者: Lukarska, M. / Fournier, G. / Pflug, A. / Resa-Infante, P. / Reich, S. / Naffakh, N. / Cusack, S.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
R: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*C)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
X: DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,9706
ポリマ－274,9706
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41500 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area90880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.160, 200.160, 250.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 85822.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Memphis/13/2003 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Z9
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量: 86207.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Memphis/13/2003 / 遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2


分子量: 90844.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Memphis/13/2003 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 RV

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*C)-3')


分子量: 4321.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3' end vRNA promoter
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4557.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5' end vRNA promoter
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X

#6: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 3216.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD
由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24928*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. ...詳細: FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. Reservoir solution contained 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 73405 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.54 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 8.63 % / Rmerge(I) obs: 2.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / CC1/2: 0.547 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WSA

4wsa


解像度: 3.5→49.07 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 3520 4.8 %
Rwork0.2387 --
obs0.2401 73405 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17424 589 0 0 18013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47224935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.38611201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.54790.42771340.43422764X-RAY DIFFRACTION100
3.5479-3.59860.44541590.412733X-RAY DIFFRACTION100
3.5986-3.65230.42171420.38572771X-RAY DIFFRACTION100
3.6523-3.70930.40591650.37422746X-RAY DIFFRACTION100
3.7093-3.77010.41621240.35532776X-RAY DIFFRACTION100
3.7701-3.83510.34461510.33962753X-RAY DIFFRACTION100
3.8351-3.90480.32891210.32862801X-RAY DIFFRACTION100
3.9048-3.97990.34591380.30822767X-RAY DIFFRACTION100
3.9799-4.06110.30091360.28852772X-RAY DIFFRACTION100
4.0611-4.14930.30941420.28012775X-RAY DIFFRACTION100
4.1493-4.24580.25391510.26812783X-RAY DIFFRACTION100
4.2458-4.35190.33481350.25032754X-RAY DIFFRACTION100
4.3519-4.46950.23641410.2382775X-RAY DIFFRACTION100
4.4695-4.60090.23711420.21412770X-RAY DIFFRACTION100
4.6009-4.74930.22651590.20422777X-RAY DIFFRACTION100
4.7493-4.91890.25051230.20492818X-RAY DIFFRACTION100
4.9189-5.11570.25281160.20642803X-RAY DIFFRACTION100
5.1157-5.34820.22871360.20492819X-RAY DIFFRACTION100
5.3482-5.62980.22761390.20712819X-RAY DIFFRACTION100
5.6298-5.9820.23761410.21852796X-RAY DIFFRACTION100
5.982-6.44290.28671200.24382833X-RAY DIFFRACTION100
6.4429-7.08960.27771380.22042826X-RAY DIFFRACTION100
7.0896-8.11140.21551390.20552854X-RAY DIFFRACTION100
8.1114-10.20440.19341600.16242862X-RAY DIFFRACTION100
10.2044-49.07440.2641680.22272938X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5484-0.2068-0.57071.0320.54850.6850.34210.5343-0.6731-0.0079-0.65140.76510.7593-0.67540.35282.2914-0.2858-0.07762.2109-0.18231.6068-75.075626.6639-70.5096
22.70890.6816-0.7490.6289-0.6571.81880.81530.9683-1.85620.232-0.2513-0.89291.42491.493-1.04742.9368-0.3083-0.10482.8635-0.92591.9583-77.868318.474-80.3674
31.10640.5088-0.36660.38150.13331.35660.2237-0.03170.44540.2146-0.1310.0916-0.27330.2339-0.0741.2428-0.29620.05320.92250.00110.9441-51.4951.3187-14.2737
40.93740.4165-0.00340.0334-0.59281.11660.3167-0.27470.36380.4022-0.18190.4347-0.0629-0.0492-0.12571.8976-0.5810.36771.0297-0.25921.2401-67.022356.48042.7528
50.7226-0.4324-0.33430.20590.08961.32510.256-0.1173-0.16120.489-0.36660.45340.34360.21420.12241.4618-0.27390.04730.986-0.07061.2648-51.691628.672-14.8567
61.8882-0.1972-0.01051.8976-0.67822.01160.17290.9360.6411-0.13170.16070.20660.576-0.0572-0.28361.5476-0.18890.15541.44110.00661.0269-48.123543.8127-46.4969
71.1212-0.7336-0.50660.6561-0.07110.5550.1718-0.0936-0.3377-0.0312-0.34790.45740.4324-0.16220.12441.7514-0.33570.13821.2965-0.13521.138-58.694426.1542-18.3648
81.63881.2497-0.02922.64010.45981.0230.10760.01070.19590.0105-0.192-0.06380.38880.52840.09181.598-0.20210.13061.37080.03590.8224-37.535140.1781-24.1271
91.3981-0.1413-0.2970.013-0.09760.03960.3884-0.22890.30490.409-0.0880.65690.29920.1032-0.22932.1297-0.36890.12140.9671-0.14371.2794-61.054824.2755-6.3037
101.71341.04590.81971.5755-0.16261.66240.23220.0934-0.1710.6977-0.08540.36070.2492-0.6324-0.21741.4261-0.31720.36371.1002-0.00661.1958-83.89759.7785-22.7255
111.4757-0.242-1.12150.57870.86321.8683-0.10410.29020.499-0.3390.21080.4579-0.27140.3164-0.13061.5749-0.40010.01221.3620.21691.2747-70.49149.1727-52.0746
120.20180.1217-0.30631.0207-0.45720.88890.04560.190.11340.165-0.02670.53260.2696-0.1707-0.03091.4633-0.40560.141.1491-0.02041.2283-86.770137.42-29.6391
130.3187-0.4481-0.04521.1030.79740.70940.4547-0.15710.088-0.3657-0.5583-0.14220.05580.41730.04912.3308-0.32340.31791.32360.15011.2541-96.37843.7487-31.3191
141.45620.34270.84681.8293-0.81841.70960.3282-0.22450.06390.1489-0.22380.3116-0.07520.1893-0.07532.0382-0.69480.29351.2401-0.04441.1154-84.592716.924915.7197
153.81342.1912-1.59232.0813-1.64312.09230.5494-0.42521.6818-0.2028-0.4909-0.04640.66060.2967-0.04191.8085-0.34770.29621.70890.08392.1924-47.411469.7091-34.5202
160.4523-0.2235-0.29330.85620.35520.13370.4724-0.22840.45380.78-0.72660.1471-0.65430.76840.20421.7314-0.47420.10421.2002-0.08331.361-44.870662.7465-16.4348
173.24710.23283.25092.0010.4483.2796-0.1572-0.7116-0.44770.2212-1.0270.8725-0.6813-0.72051.00622.28-0.37060.69411.6637-0.52071.3182-81.734561.285213.065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 138 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 183 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 184 through 392 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 393 through 722 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 116 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 117 through 222 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 223 through 330 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 331 through 413 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 414 through 517 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 518 through 633 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 634 through 749 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 360 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 361 through 529 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 530 through 740 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'R' and (resid 1 through 14 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'V' and (resid 1 through 14 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'X' and (resid 21 through 29 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る