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- PDB-5m3c: Structure of the hybrid domain (GGDEF-EAL) of PA0575 from Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3c
タイトルStructure of the hybrid domain (GGDEF-EAL) of PA0575 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 2.8 Ang. with GTP and Ca2+ bound to the active site of the GGDEF domain
要素Diguanylate cyclase
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase / c-di-GMP / cyclic-di-GMP / diguanylate / cyclase / EAL / GGDEF
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / PAS fold-3 / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain ...: / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / PAS fold-3 / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Giardina, G. / Brunotti, P. / Cutruzzola, F. / Rinaldo, S.
資金援助 イタリア, 3件
組織認可番号国
Pasteur Institute- Cenci Bolognetti FoundationFunds 2015-17 to Francesca Cutruzzola' イタリア
MIURRBFR10LHD1 イタリア
Sapienza University of RomeB52I15003420005 イタリア
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Insights into the GTP-dependent allosteric control of c-di-GMP hydrolysis from the crystal structure of PA0575 protein from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Mantoni, F. / Paiardini, A. / Brunotti, P. / D'Angelo, C. / Cervoni, L. / Paone, A. / Cappellacci, L. / Petrelli, R. / Ricciutelli, M. / Leoni, L. / Rampioni, G. / Arcovito, A. / Rinaldo, S. ...著者: Mantoni, F. / Paiardini, A. / Brunotti, P. / D'Angelo, C. / Cervoni, L. / Paone, A. / Cappellacci, L. / Petrelli, R. / Ricciutelli, M. / Leoni, L. / Rampioni, G. / Arcovito, A. / Rinaldo, S. / Cutruzzola, F. / Giardina, G.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase
B: Diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4129
ポリマ－98,1662
非ポリマー1,2477
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area36000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.307, 133.931, 69.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase


分子量: 49082.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AO964_16615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A140SCF9, UniProt: Q9I5W1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution: 3 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.6, 150 mM, CaCl2 2,5mM, GTP 0.32 mM mixing volumes 1 microL (1:1) Reservoir: PEG 4K 2%, CaCl2 0,01M, KCl 0,05 M, sodium cacodilato pH 6 0,05M Cryo- ...詳細: Protein solution: 3 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.6, 150 mM, CaCl2 2,5mM, GTP 0.32 mM mixing volumes 1 microL (1:1) Reservoir: PEG 4K 2%, CaCl2 0,01M, KCl 0,05 M, sodium cacodilato pH 6 0,05M Cryo-protection:PEG 4K raised to 3%, addition of 20% glycerol
PH範囲: 6.0 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.894 Å
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日
放射モノクロメーター: KMC-3 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.1 Å / Num. obs: 28700 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.958.41.3420.74199.7
8.85-48.15.20.030.998198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.13 Å48.1 Å
Translation5.13 Å48.1 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RNJ, 4IOB

4rnj

4iob


解像度: 2.8→48.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 19.254 / SU ML: 0.354 / SU R Cruickshank DPI: 1.5643 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.563 / ESU R Free: 0.386
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 1388 4.8 %RANDOM
Rwork0.2436 ---
obs0.2452 27257 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.57 Å2 / Biso mean: 61.268 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.84 Å20 Å20 Å2
2--2.6 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6411 0 69 15 6495
Biso mean--57.88 42.92 -
残基数----846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0196611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7411.9968996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.543314239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9965843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06624.246285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47151040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1281541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0217502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2266.3453381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2266.3443380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2029.5154221
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 108 -
Rwork0.365 1988 -
all-2096 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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