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- PDB-5m2k: Crystal structure of vancomycin-Zn(II) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m2k
タイトルCrystal structure of vancomycin-Zn(II) complex
要素vancomycin
キーワードANTIBIOTIC / vancomycin / zinc / glycopeptide
機能・相同性Vancomycin / :
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1 Å
データ登録者Zarkan, A. / Macklyne, H.-R. / Chirgadze, D.Y. / Bond, A.D. / Hesketh, A.R. / Hong, H.-J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Zn(II) mediates vancomycin polymerization and potentiates its antibiotic activity against resistant bacteria.
著者: Zarkan, A. / Macklyne, H.R. / Chirgadze, D.Y. / Bond, A.D. / Hesketh, A.R. / Hong, H.J.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年6月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / struct_ref
Item: _atom_site.occupancy / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession
改定 3.02019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 3.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 4.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 4.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vancomycin
B: vancomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1367
ポリマ－2,3002
非ポリマー8365
水1,13563
1
A: vancomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5353
ポリマ－1,1501
非ポリマー3852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: vancomycin
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6014
ポリマ－1,1501
非ポリマー4513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.899, 35.899, 55.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21A-221-

HOH

31A-225-

HOH

41B-201-

HOH

51B-222-

HOH

61B-236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド vancomycin


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
由来: (天然) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00681, Vancomycin
#2: 多糖 vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
参照: Vancomycin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-2-deoxy-Fucp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOUGHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) BGC AND RER.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate salt, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→27.13 Å / Num. obs: 14362 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1→27.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.275 / SU ML: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1045 1440 10 %RANDOM
Rwork0.0968 ---
obs0.0976 12922 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.91 Å2 / Biso mean: 8.152 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→27.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数160 0 51 63 274
Biso mean--8.52 21.6 -
残基数----14
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0380.02226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.02162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3072.806296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg5.1953354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.45558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg54.08302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.305152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0380.02192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.0252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5520.40354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5450.40353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5610.60452
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.433388
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.441513
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.3065423
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.082 104 -
Rwork0.072 931 -
all-1035 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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