[日本語] English
万見
- PDB-5m1m: Crystal structure of matrix protein 1 from Influenza C virus (str... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m1m
タイトルCrystal structure of matrix protein 1 from Influenza C virus (strain C/Ann Arbor/1/1950)
要素Matrix protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza C / matrix protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / structural constituent of virion / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza C virus M2 protein / Influenza C virus M1 protein / Influenza C virus M2 protein / Influenza C virus M1 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza C virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Radzimanowski, J. / Weissenhorn, W.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The Matrix protein M1 from influenza C virus induces tubular membrane invaginations in an in vitro cell membrane model.
著者: Saletti, D. / Radzimanowski, J. / Effantin, G. / Midtvedt, D. / Mangenot, S. / Weissenhorn, W. / Bassereau, P. / Bally, M.
履歴
登録2016年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5263
ポリマ－17,4771
非ポリマー492
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.398, 26.841, 77.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Matrix protein 1


分子量: 17477.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Ann Arbor/1/1950) (インフルエンザウイルス)
株: C/Ann Arbor/1/1950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I7B9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100mM Tris pH8.0, 200mM MgCl2 and25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.64 Å / Num. obs: 20888 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→31.502 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1074 5.15 %
Rwork0.1878 --
obs0.1894 20868 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1205 0 2 169 1376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9691601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.511468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.56830.23641340.2252440X-RAY DIFFRACTION99
1.5683-1.6510.2621260.20962418X-RAY DIFFRACTION99
1.651-1.75440.27891470.21022458X-RAY DIFFRACTION100
1.7544-1.88980.25561310.19982490X-RAY DIFFRACTION99
1.8898-2.080.24681390.18962459X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.38090.2091230.17312491X-RAY DIFFRACTION99
2.3809-2.99930.20121330.18792498X-RAY DIFFRACTION99
2.9993-31.50890.19921410.17952540X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る