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- PDB-5m1d: Crystal structure of N-terminally tagged UbiD from E. coli recons... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m1d
タイトルCrystal structure of N-terminally tagged UbiD from E. coli reconstituted with prFMN cofactor
要素3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
キーワードLYASE / UbiD / decarboxylase / ubiquinone biosynthesis / prFMN binding
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyl-FMNH2 binding / 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase activity / ubiquinone biosynthetic process / protein hexamerization / manganese ion binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UbiD decarboxylyase, bacteria / UbiD C-terminal domain-like / UbiD C-terminal domain-like / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain ...UbiD decarboxylyase, bacteria / UbiD C-terminal domain-like / UbiD C-terminal domain-like / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LU / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Marshall, S.A. / Leys, D.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Oxidative Maturation and Structural Characterization of Prenylated FMN Binding by UbiD, a Decarboxylase Involved in Bacterial Ubiquinone Biosynthesis.
著者: Marshall, S.A. / Fisher, K. / Ni Cheallaigh, A. / White, M.D. / Payne, K.A. / Parker, D.A. / Rigby, S.E. / Leys, D.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,41713
ポリマ－173,5113
非ポリマー1,90610
水2,432135
1
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子

A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,83426
ポリマ－347,0216
非ポリマー3,81320
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area34000 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area97470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.199, 194.199, 107.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-664-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA6 - 49126 - 511
21TYRTYRBB6 - 49126 - 511
12ASNASNAA7 - 49127 - 511
22ASNASNCC7 - 49127 - 511
13ASNASNBB7 - 49127 - 511
23ASNASNCC7 - 49127 - 511

NCSアンサンブル:
ID
3
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase / Polyprenyl p-hydroxybenzoate decarboxylase


分子量: 57836.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ubiD, c4790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAB5, UniProt: P0AAB4*PLUS, 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 145分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-4LU / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol / prenylated-FMN iminium form


分子量: 525.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 mM SPG pH 8, 25% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.044 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→137.32 Å / Num. obs: 54077 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5M1C

5m1c


解像度: 2.7→137.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 24.269 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2808 4.9 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.196 54077 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.93 Å20 Å20 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----3.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→137.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10899 0 119 135 11153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.97915413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19324632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29351386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67423.879495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54151803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8031577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A273040.1
12B273040.1
21A259090.11
22C259090.11
31B262950.1
32C262950.1
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 202 -
Rwork0.322 3918 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1460.7868-0.79221.8357-0.56441.42430.336-1.16910.29870.4315-0.3370.138-0.19290.33940.0010.1455-0.1041-0.01340.7609-0.29150.186615.646-18.5751.312
21.30420.9339-0.27772.70610.80921.78390.1348-0.39760.34050.1465-0.2225-0.1035-0.1884-0.11130.08770.113-0.0119-0.06430.3786-0.18190.486378.548-14.414-9.064
31.4241-0.86240.08172.5623-0.74681.97860.14750.10030.003-0.186-0.1406-0.20140.12950.0441-0.00690.0511-0.0005-0.02050.01890.0240.120965.413-70.2594.57
40.5036-0.1120.01860.2576-0.04350.3541-0.0352-0.20430.0841-0.01750-0.0638-0.01820.12590.03520.07390.04810.01070.1577-0.00150.186849.848-35.405-16.424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C7 - 330
2X-RAY DIFFRACTION1C471 - 491
3X-RAY DIFFRACTION2A6 - 330
4X-RAY DIFFRACTION2B471 - 491
5X-RAY DIFFRACTION3B6 - 330
6X-RAY DIFFRACTION3A471 - 491
7X-RAY DIFFRACTION4A331 - 470
8X-RAY DIFFRACTION4B331 - 470
9X-RAY DIFFRACTION4C331 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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