PDB-5m0i: Crystal structure of the nuclear complex with She2p and the ASH1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m0i

タイトル

Crystal structure of the nuclear complex with She2p and the ASH1 mRNA E3-localization element

要素

(SWI5-dependent HO expression protein ...) x 2
ASH1-E3 element, RNA (28-MER)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / She2p / ASH1-mRNA / mRNA transport

機能・相同性

機能・相同性情報

mating type switching / endoplasmic reticulum inheritance / cellular bud tip / intracellular mRNA localization / sequence-specific mRNA binding / mRNA transport / mRNA binding / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Edelmann, F.T. / Janowski, R. / Niessing, D.

引用

ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular architecture and dynamics of ASH1 mRNA recognition by its mRNA-transport complex.
著者: Edelmann, F.T. / Schlundt, A. / Heym, R.G. / Jenner, A. / Niedner-Boblenz, A. / Syed, M.I. / Paillart, J.C. / Stehle, R. / Janowski, R. / Sattler, M. / Jansen, R.P. / Niessing, D.

履歴

登録	2016年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m0i.cif.gz	462.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m0i.ent.gz	380.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m0i_validation.pdf.gz	551.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m0i_full_validation.pdf.gz	569.8 KB	表示
XML形式データ	5m0i_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	5m0i_validation.cif.gz	58.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m0hC 5m0jC 1xlyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m0j-d 3qgf-d 3inm-d 2onh-d 2hqg-d 5pzn-d 6bmw-d 3tw8-d 4czt-d 3cue-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

D: SWI5-dependent HO expression protein 2

C: SWI5-dependent HO expression protein 2

B: SWI5-dependent HO expression protein 2

A: SWI5-dependent HO expression protein 2

E: ASH1-E3 element, RNA (28-MER)

F: ASH1-E3 element, RNA (28-MER)

H: SWI5-dependent HO expression protein 3

J: SWI5-dependent HO expression protein 3

I: SWI5-dependent HO expression protein 3

ヘテロ分子

139 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	220.520, 58.340, 146.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	C
1	2	D
2	2	B
1	3	D
2	3	A
1	4	C
2	4	B
1	5	C
2	5	A
1	6	B
2	6	A
1	7	E
2	7	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLY	GLY	D	A	3 - 242	3 - 242
2	1	LEU	LEU	GLY	GLY	C	B	3 - 242	3 - 242
1	2	GLY	GLY	PHE	PHE	D	A	4 - 241	4 - 241
2	2	GLY	GLY	PHE	PHE	B	C	4 - 241	4 - 241
1	3	LEU	LEU	GLY	GLY	D	A	3 - 242	3 - 242
2	3	LEU	LEU	GLY	GLY	A	D	3 - 242	3 - 242
1	4	GLY	GLY	LYS	LYS	C	B	4 - 245	4 - 245
2	4	GLY	GLY	LYS	LYS	B	C	4 - 245	4 - 245
1	5	LEU	LEU	LYS	LYS	C	B	3 - 243	3 - 243
2	5	LEU	LEU	LYS	LYS	A	D	3 - 243	3 - 243
1	6	GLY	GLY	LYS	LYS	B	C	4 - 243	4 - 243
2	6	GLY	GLY	LYS	LYS	A	D	4 - 243	4 - 243
1	7	G	G	G	G	E	E	1 - 28	1 - 28
2	7	G	G	G	G	F	F	1 - 28	1 - 28

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

-
SWI5-dependent HO expression protein ... , 2種, 7分子 DCBAHJI

#1: タンパク質	SWI5-dependent HO expression protein 2 分子量: 28037.736 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: RM11-1a / 遺伝子: SHE2, SCRG_03894 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3LQW9, UniProt: P36068*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	SWI5-dependent HO expression protein 3 分子量: 2522.745 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 遺伝子: SHE3, YBR130C, YBR1005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38272

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 EF

#2: RNA鎖	ASH1-E3 element, RNA (28-MER) 分子量: 8994.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
非ポリマー , 4種, 356分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Bis Tris propane, pH 6.5, 200 mM NaF, 20 % (w/v) PEG 3350,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0716 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0716 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→100 Å / Num. obs: 49733 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.37
反射シェル	解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XLY

1xly

解像度: 2.41→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 17.421 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.258 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23458	2571	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18946	-	-	-
obs	0.19175	49733	90.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	1.52 Å²
2-	-	-1.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.41→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7731	1192	74	333	9330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.018	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	8217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.881	1.856	12779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.716	3	18993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.968	5	949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.834	25.096	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.59	15	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.592	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	9389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.075	4.015	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.042	4.009	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.834	5.977	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.834	5.979	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.066	3.986	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.066	3.986	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.857	5.893	8013
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.762	31.168	10857
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.762	31.17	10858
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	D	28166	0.09
1	2	C	28166	0.09
2	1	D	27508	0.1
2	2	B	27508	0.1
3	1	D	28054	0.06
3	2	A	28054	0.06
4	1	C	28396	0.08
4	2	B	28396	0.08
5	1	C	27666	0.09
5	2	A	27666	0.09
6	1	B	26866	0.1
6	2	A	26866	0.1
7	1	E	4348	0.1
7	2	F	4348	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.472 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	165	-
R_work	0.301	3685	-
obs	-	-	91.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4437	0.0428	-0.0088	0.4101	-0.2031	0.1033	0.0642	0.5297	-0.1572	0.1011	-0.1228	-0.119	-0.0387	0.0575	0.0586	0.0765	-0.0221	-0.0689	0.651	-0.0541	0.0779	171.9874	74.2437	137.2393
2	1.8621	0.1179	0.2105	0.2631	-0.2493	0.3381	-0.2657	0.5405	0.2903	0.1433	0.0002	-0.1905	-0.1253	0.0958	0.2655	0.2809	-0.1618	-0.205	0.5145	0.1625	0.2219	167.0451	94.5095	145.5823
3	0.9081	0.1854	-0.2673	0.1464	0.0406	0.6971	0.0177	-0.0822	0.0286	-0.0405	0.0177	0.0561	-0.0244	-0.0639	-0.0354	0.2011	-0.0049	-0.079	0.3213	0.0248	0.0898	110.5496	76.0214	155.497
4	1.0621	0.3975	0.0157	0.4487	0.0973	0.2409	0.0438	0.02	-0.1701	0.0531	0.0394	-0.0082	0.0061	-0.0246	-0.0832	0.1955	-0.036	-0.1284	0.2705	0.0418	0.1713	114.9222	54.7184	150.5167
5	0.3276	0.2173	0.4077	0.3348	0.0918	0.6752	0.1014	-0.1401	-0.0235	0.1775	-0.1853	-0.1279	0.0068	-0.0798	0.0839	0.2962	-0.0437	-0.1817	0.3675	0.0021	0.1311	153.1752	76.4913	169.7478
6	0.3607	-0.0169	-0.6756	0.0017	0.0042	2.5379	0.0038	0.2879	-0.0395	-0.002	-0.0492	0.0069	-0.3716	0.0848	0.0454	0.2904	-0.1373	-0.1306	0.5357	-0.0349	0.0855	126.1212	83.1382	127.2303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 28
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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