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万見
- PDB-5m05: Chicken smooth muscle myosin motor domain co-crystallized with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m05
タイトルChicken smooth muscle myosin motor domain co-crystallized with the specific CK-571 inhibitor, MgADP form
要素Myosin-11
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


myofibril assembly / elastic fiber assembly / skeletal muscle myosin thick filament assembly / myosin light chain binding / myosin II binding / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development ...myofibril assembly / elastic fiber assembly / skeletal muscle myosin thick filament assembly / myosin light chain binding / myosin II binding / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / smooth muscle contraction / ADP binding / actin filament binding / actin binding / calmodulin binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-52E / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Myosin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.675 Å
データ登録者Sirigu, S. / Hartman, J. / Houdusse, A.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
FRM フランス
French National Research Agency フランス
AFM フランス
ARC フランス
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Highly selective inhibition of myosin motors provides the basis of potential therapeutic application.
著者: Sirigu, S. / Hartman, J.J. / Planelles-Herrero, V.J. / Ropars, V. / Clancy, S. / Wang, X. / Chuang, G. / Qian, X. / Lu, P.P. / Barrett, E. / Rudolph, K. / Royer, C. / Morgan, B.P. / Stura, E. ...著者: Sirigu, S. / Hartman, J.J. / Planelles-Herrero, V.J. / Ropars, V. / Clancy, S. / Wang, X. / Chuang, G. / Qian, X. / Lu, P.P. / Barrett, E. / Rudolph, K. / Royer, C. / Morgan, B.P. / Stura, E.A. / Malik, F.I. / Houdusse, A.M.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Structure summary
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3994
ポリマ－91,4431
非ポリマー9563
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.190, 202.970, 67.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Myosin-11 / Myosin heavy chain 11 / Myosin heavy chain / gizzard smooth muscle


分子量: 91442.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MYH11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10587
#2: 化合物 ChemComp-52E / 4-{[(2-chloro-3-fluorobenzyl)carbamoyl](methyl)amino}-3,4-dideoxy-5-O-(isoquinolin-3-ylcarbamoyl)-D-erythro-pentitol


分子量: 504.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26ClFN4O5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: Peg8K, 50 mM Bicine pH 8.2, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→49.68 Å / Num. obs: 29000 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.23
反射 シェル解像度: 2.67→2.77 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDS10.9.4データ削減
XSCALE10.90.4データスケーリング
PHASER6.4.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BR1

1br1


解像度: 2.675→49.68 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 26.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1451 5 %
Rwork0.1847 --
obs0.1876 28992 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.675→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5664 0 63 54 5781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2437873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7852190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078869
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6746-2.77020.33851310.25872476X-RAY DIFFRACTION90
2.7702-2.88110.31011450.24592713X-RAY DIFFRACTION100
2.8811-3.01220.32561430.23582754X-RAY DIFFRACTION100
3.0122-3.1710.32591430.23372735X-RAY DIFFRACTION100
3.171-3.36960.28831480.21912749X-RAY DIFFRACTION100
3.3696-3.62970.2721430.19962753X-RAY DIFFRACTION100
3.6297-3.99480.19771480.17622790X-RAY DIFFRACTION100
3.9948-4.57250.22471450.15152793X-RAY DIFFRACTION100
4.5725-5.75950.22181490.16252815X-RAY DIFFRACTION100
5.7595-49.69020.20821560.16692963X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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