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万見
- PDB-5lyv: The crystal structure of 7SK 5'-hairpin - Osmium derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lyv
タイトルThe crystal structure of 7SK 5'-hairpin - Osmium derivative
要素7SK RNA
キーワードRNA / non-coding RNA major groove base triple transcription
機能・相同性osmium (III) hexammine / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Martinez-Zapien, D. / Legrand, P. / McEwen, A.G. / Pasquali, S. / Dock-Bregeon, A.-C.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-06-BLAN-0072 フランス
French National Research AgencyANR-12-BSV5-0018 フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of the 5 functional domain of the transcription riboregulator 7SK.
著者: Martinez-Zapien, D. / Legrand, P. / McEwen, A.G. / Proux, F. / Cragnolini, T. / Pasquali, S. / Dock-Bregeon, A.C.
履歴
登録2016年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7SK RNA
B: 7SK RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0085
ポリマ－36,6612
非ポリマー3463
水4,360242
1
A: 7SK RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6172
ポリマ－18,3311
非ポリマー2861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 7SK RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3903
ポリマ－18,3311
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.120, 47.740, 68.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 7SK RNA


分子量: 18330.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-OHX / osmium (III) hexammine / osmium(6+) hexaazanide


分子量: 286.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H12N6Os
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 1000, 50 mM Tris pH 7.5, 50 to 75 mM NaCl, 50 mM MgCl2, 3% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.13956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.13956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 22741 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 67.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 7.37 / Num. measured all: 41939
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.410.4581.31943181613680.7740.64475.3
2.41-2.480.4571.642299175214360.7430.63382
2.48-2.550.3952.122752165515090.8020.52891.2
2.55-2.630.4192.213210171416580.7890.55996.7
2.63-2.710.2763.133015158715620.8920.36698.4
2.71-2.810.2024.12995159215580.9480.27197.9
2.81-2.920.174.662769147114460.9570.22698.3
2.92-3.040.1146.192680143514050.9890.15297.9
3.04-3.170.0887.512546139513390.9910.11896
3.17-3.320.0738.452425130612830.9940.09798.2
3.32-3.50.0619.662322126812190.9930.08196.1
3.5-3.720.05510.972131117411280.9880.07496.1
3.72-3.970.05511.142060114310980.9920.07496.1
3.97-4.290.04213.21183410369840.9940.05795
4.29-4.70.04213.7616629419040.9940.05696.1
4.7-5.260.03615.9115488898300.9960.04993.4
5.26-6.070.03615.6113287597230.9930.04895.3
6.07-7.430.03614.5711056385920.9980.04892.8
7.43-10.510.02718.798844904640.9970.03694.7
10.510.02822.454312802350.9960.03783.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5LYS

5lys


解像度: 2.35→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9502 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9437 / SU R Cruickshank DPI: 1.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.262
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 497 4.06 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.2001 12231 97.75 %-
原子変位パラメータBiso max: 126.56 Å2 / Biso mean: 58 Å2 / Biso min: 23.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8347 Å20 Å23.219 Å2
2--1.1589 Å20 Å2
3---1.6757 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.335 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2380 55 242 2677
Biso mean--96.65 51.18 -
残基数----112
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d629SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes125HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2974HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion500SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3226SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2974HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4642HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.94
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.57 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 89 3.14 %
Rwork0.2154 2749 -
all0.2178 2838 -
obs--96.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38510.1114-0.57982.1312-0.62784.45250.16640.0174-0.03020.0048-0.1299-0.3478-0.16250.5491-0.0365-0.2311-0.0304-0.0908-0.16590.0403-0.09077.30880.315833.583
22.8052-0.4647-0.55331.9789-0.11773.27420.1042-0.1188-0.2449-0.04760.05790.2180.1909-0.2757-0.1621-0.1982-0.031-0.0623-0.15980.0016-0.1635-17.20230.230132.9947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|24 - A|86 }A24 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|24 - B|86 }B24 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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