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- PDB-5ly0: Crystal structure of LOB domain of Ramosa2 from Wheat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ly0
タイトルCrystal structure of LOB domain of Ramosa2 from Wheat
要素LOB family transfactor Ramosa2.1
キーワードTRANSCRIPTION / LOB domain / Ramosa2 / Dimerization / Transcription factor / DNA binding
機能・相同性Lateral organ boundaries, LOB / Lateral organ boundaries (LOB) domain / LOB domain profile. / multicellular organism development / LOB family transfactor Ramosa2.1
機能・相同性情報
生物種Triticum turgidum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.877 Å
データ登録者Wei, X.-B. / Zhang, B. / Chen, W.-F. / Fan, S.-H. / Rety, S. / Xi, X.-G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation31370798, 11304252, 31301632 中国
Northwest A University Startup FundingZ101021102 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis reveals a "molecular calipers" mechanism for a LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN transcription factor protein from wheat.
著者: Chen, W.F. / Wei, X.B. / Rety, S. / Huang, L.Y. / Liu, N.N. / Dou, S.X. / Xi, X.G.
履歴
登録2016年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOB family transfactor Ramosa2.1
B: LOB family transfactor Ramosa2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2134
ポリマ－28,0822
非ポリマー1312
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.345, 85.206, 93.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LOB family transfactor Ramosa2.1


分子量: 14041.186 Da / 分子数: 2 / 断片: LOB domain, UNP residues 17-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum turgidum (植物) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 2566 / 参照: UniProt: D9MPF3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Sodium Citrate tribasic dihydrate 0.1M ph 5.5 PEG 1000 22%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.877→46.67 Å / Num. obs: 19838 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05241 / Net I/σ(I): 20.82
反射 シェル解像度: 1.877→1.944 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / CC1/2: 0.745 / % possible all: 99.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2443: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.877→46.667 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 965 4.86 %5%
Rwork0.201 ---
obs0.2024 19838 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.877→46.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1677 0 2 132 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5252330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9011057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8766-1.97550.34291350.30142647X-RAY DIFFRACTION99
1.9755-2.09930.27281380.24782630X-RAY DIFFRACTION100
2.0993-2.26140.24691450.2182662X-RAY DIFFRACTION100
2.2614-2.4890.24291390.20532658X-RAY DIFFRACTION100
2.489-2.84910.23631410.21072684X-RAY DIFFRACTION100
2.8491-3.58940.22251240.20192742X-RAY DIFFRACTION100
3.5894-46.68140.21291430.17852850X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9299-2.2965-2.52836.3254-0.38995.38920.0376-0.02630.3465-0.09050.0575-0.1293-0.50570.0143-0.0470.26390.0034-0.01020.1734-0.04260.26875.921361.739423.5767
25.62925.37535.2445.82525.08215.3323-0.0806-0.2679-0.0148-0.0875-0.0091-0.094-0.0590.0019-0.14310.29540.01440.03320.2548-0.01250.31528.888451.408524.5661
32.9435-1.326-2.15186.87794.23637.36410.09890.23660.1511-0.0562-0.31060.1582-0.1559-0.7350.12170.133-0.0177-0.02830.21850.01340.2178-0.88347.435325.3744
41.76251.4158-1.53667.916-5.36014.7813-0.3241-0.2148-0.3729-0.1737-0.0086-0.47180.3884-0.27220.49020.2794-0.0248-0.02520.28820.06610.341-1.748519.97942.9933
54.8823-0.6781-0.61783.48612.56686.99950.09210.9241-0.031-0.6462-0.3152-0.0007-0.3108-0.3520.28460.32570.0531-0.00010.3270.01630.2674-3.296937.272211.3371
63.1686-4.98074.90865.6869-4.48033.3309-0.5633-0.31770.07710.8320.3912-0.3144-0.8401-0.51630.07330.37220.0052-0.03320.26350.0520.3263-0.288126.541847.8597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 100 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 101 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 27 through 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 101 through 133 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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