+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5oh5 | ||||||
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Title | Legionella pneumophila RidL N-terminal retromer binding domain | ||||||
Components | RidL | ||||||
Keywords | TOXIN / novel alpha helical fold | ||||||
Function / homology | : Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Baerlocher, K. / Hutter, C.A.J. / Swart, A.L. / Steiner, B. / Welin, A. / Hohl, M. / Letourneur, F. / Seeger, M.A. / Hilbi, H. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Structural insights into Legionella RidL-Vps29 retromer subunit interaction reveal displacement of the regulator TBC1D5. Authors: Barlocher, K. / Hutter, C.A.J. / Swart, A.L. / Steiner, B. / Welin, A. / Hohl, M. / Letourneur, F. / Seeger, M.A. / Hilbi, H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5oh5.cif.gz | 125 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5oh5.ent.gz | 96.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5oh5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5oh5_validation.pdf.gz | 421.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5oh5_full_validation.pdf.gz | 424.8 KB | Display | |
Data in XML | 5oh5_validation.xml.gz | 13.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5oh5_validation.cif.gz | 19 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oh5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32092.971 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (bacteria) Gene: lp12_2303 / Plasmid: pBXNH3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): MC1061 / References: UniProt: G8UZ99 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris, 20% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 21, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→49.255 Å / Num. obs: 24155 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12.919 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 29.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→49.255 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 172.26 Å2 / Biso mean: 52.5412 Å2 / Biso min: 24.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→49.255 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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