PDB-5oh5: Legionella pneumophila RidL N-terminal retromer binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oh5

タイトル

Legionella pneumophila RidL N-terminal retromer binding domain

要素

RidL

キーワード

TOXIN / novel alpha helical fold

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Baerlocher, K. / Hutter, C.A.J. / Swart, A.L. / Steiner, B. / Welin, A. / Hohl, M. / Letourneur, F. / Seeger, M.A. / Hilbi, H.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into Legionella RidL-Vps29 retromer subunit interaction reveal displacement of the regulator TBC1D5.
著者: Barlocher, K. / Hutter, C.A.J. / Swart, A.L. / Steiner, B. / Welin, A. / Hohl, M. / Letourneur, F. / Seeger, M.A. / Hilbi, H.

履歴

登録	2017年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oh5.cif.gz	125 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oh5.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oh6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gc9-d 2ghw-2 4aby-1 4pck-d 1oul-d 6zaw-d 3vwb-d 4gc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RidL

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.140, 110.140, 98.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- HOH
2	1	A-382- HOH
3	1	A-470- HOH

#1: タンパク質	RidL 分子量: 32092.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_2303 / プラスミド: pBXNH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: G8UZ99
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→49.255 Å / Num. obs: 24155 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.919 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.958 / Net I/σ(I): 29.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	13.342	1.88	1.48	1735	0.655	1.954	99.9
1.95-2	13.128	1.261	2.15	1744	0.875	1.312	99.9
2-2.06	12.848	0.9	3.12	1635	0.887	0.938	100
2.06-2.12	12.26	0.64	4.33	1628	0.925	0.668	100
2.12-2.19	11.527	0.47	5.68	1584	0.949	0.492	100
2.19-2.27	12.344	0.362	7.59	1508	0.971	0.377	100
2.27-2.36	12.678	0.254	10.48	1488	0.986	0.265	100
2.36-2.45	13.922	0.199	14.1	1426	0.992	0.207	100
2.45-2.56	13.89	0.146	18.66	1363	0.996	0.152	100
2.56-2.69	13.807	0.117	22.89	1307	0.997	0.122	100
2.69-2.83	13.617	0.088	29.48	1239	0.998	0.092	100
2.83-3	13.439	0.063	38.93	1186	0.999	0.065	100
3-3.21	13.394	0.047	51.16	1113	0.999	0.049	100
3.21-3.47	12.94	0.035	64.47	1040	1	0.036	100
3.47-3.8	11.862	0.028	77	970	0.999	0.03	100
3.8-4.25	11.142	0.024	85.03	874	1	0.026	100
4.25-4.91	12.458	0.023	93.91	786	1	0.024	99.9
4.91-6.01	13.922	0.024	97.4	670	1	0.025	100
6.01-8.5	13.364	0.022	101.57	535	1	0.023	100
8.5-49.255	11.722	0.02	106.81	324	0.999	0.021	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.255 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.92

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2136	1206	4.99 %	Random selection
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.2045	24146	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.26 Å² / B_iso mean: 52.5412 Å² / B_iso min: 24.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→49.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2146	0	0	187	2333
B_iso mean	-	-	-	50.93	-
残基数	-	-	-	-	268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	2938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.048	1354

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.9761	0.3645	129	0.3419	2477	2606
1.9761-2.066	0.2753	133	0.2873	2519	2652
2.066-2.1749	0.2982	132	0.2641	2515	2647
2.1749-2.3112	0.2724	133	0.2454	2513	2646
2.3112-2.4896	0.2545	133	0.2348	2528	2661
2.4896-2.7402	0.2337	134	0.2326	2551	2685
2.7402-3.1366	0.2737	134	0.2236	2545	2679
3.1366-3.9516	0.1837	135	0.1872	2573	2708
3.9516-49.2715	0.1716	143	0.168	2719	2862

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4379	-0.268	0.3894	0.4264	0.2317	0.6458	-0.1146	0.0352	-0.1982	0.0899	0.1388	-0.0963	-0.2513	0.3297	-0.0062	0.398	-0.0123	0.0407	0.401	0.0267	0.4693	33.7647	49.0657	19.6523
2	0.2939	0.1487	-0.0501	0.1325	0.0411	0.5727	-0.15	-0.0066	-0.1727	0.2513	0.3431	0.0295	-0.2084	0.3338	0.0197	0.3929	0.0709	-0.0357	0.4102	0.016	0.7086	44.727	43.1224	26.1818
3	1.7341	0.5883	0.1673	0.4071	-0.3074	0.3021	-0.0443	0.0424	-0.3891	-0.163	0.0403	-0.2115	-0.034	-0.0757	-0.0209	0.3357	0.0305	0.0396	0.3282	-0.0407	0.3911	21.1111	43.6246	13.006
4	-0.1819	0.059	-0.211	0.6804	0.3363	0.7437	0.0768	0.1121	-0.0806	-0.1906	-0.1119	0.083	-0.1666	-0.0369	-0.002	0.3687	0.0285	0.0103	0.3504	0.0125	0.2488	12.5505	71.3942	13.9369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 50 )	A	7 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 90 )	A	51 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 183 )	A	91 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 184 through 274 )	A	184 - 274

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)