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- PDB-4gc9: Crystal structure of murine TFB1M in complex with SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gc9
タイトルCrystal structure of murine TFB1M in complex with SAM
要素Dimethyladenosine transferase 1, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase fold / rRNA methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / Methylation / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / rRNA methylation / mitochondrial nucleoid / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mitochondrion / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / Dimethyladenosine transferase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Guja, K.E. / Yakubovskaya, E. / Shi, H. / Mejia, E. / Hambardjieva, E. / Venkataraman, K. / Karzai, A.W. / Garcia-Diaz, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for S-adenosylmethionine binding and methyltransferase activity by mitochondrial transcription factor B1.
著者: Guja, K.E. / Venkataraman, K. / Yakubovskaya, E. / Shi, H. / Mejia, E. / Hambardjieva, E. / Karzai, A.W. / Garcia-Diaz, M.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethyladenosine transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8053
ポリマ－39,3481
非ポリマー4572
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Dimethyladenosine transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Dimethyladenosine transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6116
ポリマ－78,6962
非ポリマー9154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.700, 101.680, 211.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Dimethyladenosine transferase 1, mitochondrial / Mitochondrial 12S rRNA dimethylase 1 / Mitochondrial transcription factor B1 / mtTFB1 / S- ...Mitochondrial 12S rRNA dimethylase 1 / Mitochondrial transcription factor B1 / mtTFB1 / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase 1


分子量: 39347.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tfb1m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express RIL (DE3)
参照: UniProt: Q8JZM0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.9 M Sodium Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.103→40 Å / Num. obs: 23216

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4GC5

4gc5


解像度: 2.103→33.467 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 1189 5.12 %Random
Rwork0.2052 ---
obs0.2067 23216 76.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→33.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 31 149 2661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6833577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.77998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.103-2.19850.1794370.1965870X-RAY DIFFRACTION24
2.1985-2.31440.2634920.23261650X-RAY DIFFRACTION46
2.3144-2.45930.29491210.25312328X-RAY DIFFRACTION65
2.4593-2.64920.27831780.26162963X-RAY DIFFRACTION83
2.6492-2.91560.28632020.25753529X-RAY DIFFRACTION99
2.9156-3.33720.24622080.233579X-RAY DIFFRACTION99
3.3372-4.20320.18671920.16743618X-RAY DIFFRACTION99
4.2032-33.4670.21711590.17583490X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5721-0.32030.18780.35310.06930.18780.120.36390.0705-0.05710.4054-0.1703-0.040.4626-0.00740.5792-0.2550.06870.4067-0.1410.4795-21.3517-59.6021-8.9854
21.16480.25490.06421.0482-0.16672.4741-0.0094-0.2182-0.01320.24190.12220.15320.151-0.2282-0.03780.1997-0.13550.02910.20970.00510.1166-15.997-24.4571-21.9196
31.7154-0.2202-0.24660.81150.09791.57640.8248-0.0431-0.1431-0.7781-0.66140.14120.96530.9442-0.0166-0.3176-0.53450.2557-0.42720.3127-0.01314.3259-25.599-46.5852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 241 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 242 through 327 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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