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- PDB-5lxv: Crystal structure of Ruminococcus flavefaciens scaffoldin C cohes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxv
タイトルCrystal structure of Ruminococcus flavefaciens scaffoldin C cohesin in complex with a dockerin from an uncharacterized CBM-containing protein
要素
  • Carbohydrate-binding protein WP_009985128
  • Scaffoldin C
キーワードPROTEIN BINDING / cellulosome / cohesin / dockerin / type I cohesin-dockerin / Coh-Doc / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily ...Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbohydrate-binding protein WP_009985128 / Scaffoldin C
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Najmudin, S. / Bule, P. / Fontes, C.M.G.A.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao Ciencia e TecnologiaPTDC/BIA-MIC/5947/2014 ポルトガル
Fundacao Ciencia e TecnologiaSFRH/BD/86821/2012 ポルトガル
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Single Binding Mode Integration of Hemicellulose-degrading Enzymes via Adaptor Scaffoldins in Ruminococcus flavefaciens Cellulosome.
著者: Bule, P. / Alves, V.D. / Leitao, A. / Ferreira, L.M. / Bayer, E.A. / Smith, S.P. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S. / Fontes, C.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Overexpression, crystallization and preliminary X-ray characterization of Ruminococcus flavefaciens scaffoldin C cohesin in complex with a dockerin from an uncharacterized CBM-containing protein.
著者: Bule, P. / Ruimy-Israeli, V. / Cardoso, V. / Bayer, E.A. / Fontes, C.M. / Najmudin, S.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32017年1月11日Group: Database references
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scaffoldin C
B: Carbohydrate-binding protein WP_009985128
C: Scaffoldin C
D: Carbohydrate-binding protein WP_009985128
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8868
ポリマ－56,7264
非ポリマー1604
水2,018112
1
A: Scaffoldin C
B: Carbohydrate-binding protein WP_009985128
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4434
ポリマ－28,3632
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
2
C: Scaffoldin C
D: Carbohydrate-binding protein WP_009985128
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4434
ポリマ－28,3632
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.590, 66.730, 109.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROAA3 - 1724 - 173
21GLUGLUPROPROCC3 - 1724 - 173
12VALVALTYRTYRBB889 - 95324 - 88
22VALVALTYRTYRDD889 - 95324 - 88

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Scaffoldin C


分子量: 18571.367 Da / 分子数: 2 / 断片: ScaC Type I cohesin domain, UNP residues 29-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
遺伝子: scaC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G9FCX2
#2: タンパク質 Carbohydrate-binding protein WP_009985128


分子量: 9791.689 Da / 分子数: 2 / 断片: Doc3: Type I dockerin domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L1QK37*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.59 Å / Num. obs: 17195 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 51.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.540.3210.936199.3
8.65-59.594.10.0330.964198.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.11 Å31.89 Å
Translation2.11 Å31.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CCL

2ccl


解像度: 2.4→57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 19.881 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.808 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 842 4.9 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2188 16238 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.22 Å2 / Biso mean: 35.648 Å2 / Biso min: 14.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å2-0 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3538 0 4 112 3654
Biso mean--31.03 30.18 -
残基数----475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.023593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9491.9534888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75537666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3725473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95726.4150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.52415583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.941158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8151.7871898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8131.7861897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4262.6742366
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A88620.1
12C88620.1
21B36330.06
22D36330.06
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 68 -
Rwork0.269 1175 -
all-1243 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3979-0.0186-0.19992.54560.8211.89790.0167-0.1610.7336-0.177-0.09210.0153-0.1743-0.09880.07530.03260.0162-0.02680.0197-0.02690.206563.38760.766119.414
24.01870.38261.1511.2249-0.06723.8766-0.0063-0.57680.69020.0399-0.0032-0.3373-0.07420.15180.00950.0197-0.0037-0.05770.115-0.13860.405582.80960.393127.645
32.742-0.0795-0.19612.0515-0.07631.3662-0.0599-0.0572-0.21250.0045-0.005-0.01840.1049-0.1010.06490.0241-0.0095-0.00220.03550.0680.192462.63493.876120.995
46.2949-0.14011.02942.65130.04523.10120.0486-0.26040.05030.1259-0.0841-0.40160.0850.21870.03550.0439-0.0035-0.04820.09090.11850.277382.27394.445128.457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2B889 - 953
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4D889 - 953

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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