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- PDB-5lxq: Structure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxq
タイトルStructure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2
要素
  • Metal transporter CNNM2
  • Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
キーワードMETAL TRANSPORT / Cyclin M / Magnesium transport / ACDP
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / spindle / basolateral plasma membrane ...magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / spindle / basolateral plasma membrane / early endosome / endosome / positive regulation of cell migration / synapse / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / : / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain ...Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / : / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / RmlC-like jelly roll fold / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Metal transporter CNNM2 / Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.335 Å
データ登録者GIMENEZ-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-ORBEA, J. / Martinez-Chantar, M.L. ...GIMENEZ-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-ORBEA, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / Claverie-Martin, F. / Muller, D. / Tremblay, M. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of the Oncogenic Interaction of Phosphatase PRL-1 with the Magnesium Transporter CNNM2.
著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / ...著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / Claverie-Martin, F. / Muller, D. / Tremblay, M.L. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年2月1日Group: Database references
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
A: Metal transporter CNNM2
C: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
H: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1728
ポリマ－81,0274
非ポリマー1,1454
水00
1
B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0864
ポリマ－40,5142
非ポリマー5732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
H: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0864
ポリマ－40,5142
非ポリマー5732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.930, 125.560, 61.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 / Protein-tyrosine phosphatase 4a1 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 1 / PRL-1


分子量: 22647.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptp4a1, Prl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63739, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / mACDP2 / Cyclin-M2


分子量: 17866.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnnm2, Acdp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TWN3
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2837 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→97.64 Å / Num. obs: 10602 / % possible obs: 99.16 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.331→3.342 Å / Rmerge(I) obs: 0.999

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IY0 and 1ZCK

4iy0

1zck


解像度: 3.335→47.882 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1540 10.06 %
Rwork0.2027 --
obs0.2056 15312 89.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.335→47.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 64 0 4712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6766557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8331758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3349-3.44250.268570.2933483X-RAY DIFFRACTION34
3.4425-3.56550.3222960.2616880X-RAY DIFFRACTION63
3.5655-3.70820.31151350.26151211X-RAY DIFFRACTION88
3.7082-3.87690.29831570.25061422X-RAY DIFFRACTION100
3.8769-4.08120.25911520.22791382X-RAY DIFFRACTION100
4.0812-4.33670.19611600.19071396X-RAY DIFFRACTION100
4.3367-4.67130.20821540.1641402X-RAY DIFFRACTION100
4.6713-5.14090.21921540.16761372X-RAY DIFFRACTION100
5.1409-5.88360.22021590.19931426X-RAY DIFFRACTION100
5.8836-7.40830.26221560.21911394X-RAY DIFFRACTION100
7.4083-47.88710.17991600.17821404X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 481.594 Å / Origin y: -57.3341 Å / Origin z: 123.6086 Å
111213212223313233
T0.358 Å2-0.0274 Å20.0593 Å2-0.3981 Å20.0934 Å2--0.3307 Å2
L0.6526 °2-0.366 °2-0.0158 °2-1.8945 °20.7644 °2--0.6782 °2
S0.1001 Å °-0.0294 Å °-0.0057 Å °-0.0242 Å °-0.1604 Å °0.0446 Å °0.0049 Å °0.0369 Å °-0.0055 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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