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- PDB-5lxo: Coiled-coil protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxo
タイトルCoiled-coil protein
要素Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TACC3 / coiled-coil / helix / fgfr fusion / fgfr / growth factors / cancer / fusion / parallel helix
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / centriolar satellite / regulation of mitotic spindle organization / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / mitotic spindle organization / Negative regulation of NOTCH4 signaling / mitotic spindle / cerebral cortex development / spindle pole ...microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / centriolar satellite / regulation of mitotic spindle organization / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / mitotic spindle organization / Negative regulation of NOTCH4 signaling / mitotic spindle / cerebral cortex development / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / cell population proliferation / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transforming acidic coiled-coil-containing protein, C-terminal / TACC family / Transforming acidic coiled-coil-containing protein (TACC), C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.179 Å
データ登録者Thiyagarajan, N. / Bunney, T.D. / Katan, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKA16567 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coiled-coil protein
著者: Thiyagarajan, N. / Bunney, T.D. / Katan, M.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
B: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
C: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
D: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
E: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
F: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
G: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
H: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,07813
ポリマ－75,5878
非ポリマー4915
水6,972387
1
A: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
B: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2025
ポリマ－18,8972
非ポリマー3053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
D: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9323
ポリマ－18,8972
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
F: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0473
ポリマ－18,8972
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
H: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8972
ポリマ－18,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.250, 76.460, 86.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3 / ERIC-1


分子量: 9448.420 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Coiled-coil 2 domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TACC3, ERIC1 / プラスミド: pJ821 / 詳細 (発現宿主): Rhamnose induced / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9Y6A5

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非ポリマー , 5種, 392分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 35 % PEG 400, 0.05 M Sodium sulphate, 0.05 M Lithium sulphate, 0.05 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9681 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9681 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.179→28.964 Å / Num. obs: 37534 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 67.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSNov 3, 2014データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LXN

5lxn


解像度: 2.179→28.964 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 1844 4.91 %Random selection
Rwork0.2333 ---
obs0.2352 37524 95.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.179→28.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5094 0 30 387 5511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0667017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.372197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1804-2.23930.39251190.33651944X-RAY DIFFRACTION66
2.2393-2.3050.39041130.31952366X-RAY DIFFRACTION78
2.305-2.37930.36541200.29772656X-RAY DIFFRACTION89
2.3793-2.46410.39981270.29962855X-RAY DIFFRACTION95
2.4641-2.56250.37561400.28912824X-RAY DIFFRACTION95
2.5625-2.67870.35731310.27992867X-RAY DIFFRACTION96
2.6787-2.81950.31781360.27152894X-RAY DIFFRACTION96
2.8195-2.99540.36111460.26592866X-RAY DIFFRACTION95
2.9954-3.22540.27691510.24032845X-RAY DIFFRACTION95
3.2254-3.54770.27451230.22662877X-RAY DIFFRACTION96
3.5477-4.05590.23661510.18492878X-RAY DIFFRACTION95
4.0559-5.09060.23381610.17672884X-RAY DIFFRACTION95
5.0906-17.94480.25251560.21782929X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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