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- PDB-5lxi: GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxi
タイトルGABARAP-L1 ATG4B LIR Complex
要素
  • Cysteine protease ATG4B
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIR / GABARAP / ATG8 / LC3
機能・相同性
機能・相同性情報


otolith mineralization completed early in development / protein-phosphatidylethanolamide deconjugating activity / protein delipidation / microautophagy / glycophagy / aggrephagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus ...otolith mineralization completed early in development / protein-phosphatidylethanolamide deconjugating activity / protein delipidation / microautophagy / glycophagy / aggrephagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / mitophagy / cysteine-type peptidase activity / autophagosome / macroautophagy / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / protein processing / autophagy / protein transport / scaffold protein binding / cytoplasmic vesicle / endopeptidase activity / microtubule / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C54 / Peptidase C54, catalytic domain / Cysteine protease ATG4, F-type LIR motif / Peptidase family C54 / ATG4, F-type LIR motif / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Peptidase C54 / Peptidase C54, catalytic domain / Cysteine protease ATG4, F-type LIR motif / Peptidase family C54 / ATG4, F-type LIR motif / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PEROXIDE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Cysteine protease ATG4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Mouilleron, S. / Skytte Rasmussen, M. / Kumar Shrestha, B. / Wirth, M. / Bowitz Larsen, K. / Abudu Princely, Y. / Sjottem, E. / Tooze, S. / Lamark, T. / Johansen, T. / Lee, R.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2017
タイトル: ATG4B contains a C-terminal LIR motif important for binding and efficient cleavage of mammalian orthologs of yeast Atg8.
著者: Skytte Rasmussen, M. / Mouilleron, S. / Kumar Shrestha, B. / Wirth, M. / Lee, R. / Bowitz Larsen, K. / Abudu Princely, Y. / O'Reilly, N. / Sjttem, E. / Tooze, S.A. / Lamark, T. / Johansen, T.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
C: Cysteine protease ATG4B
E: Cysteine protease ATG4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,38113
ポリマ－31,7764
非ポリマー6059
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.888, 72.377, 30.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 DBCE

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular ...Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1


分子量: 14598.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL1, GEC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q9H0R8
#2: タンパク質・ペプチド Cysteine protease ATG4B / AUT-like 1 cysteine endopeptidase / Autophagin-1 / Autophagy-related cysteine endopeptidase 1 / ...AUT-like 1 cysteine endopeptidase / Autophagin-1 / Autophagy-related cysteine endopeptidase 1 / Autophagy-related protein 4 homolog B / hAPG4B


分子量: 1289.236 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 384-393 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9Y4P1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

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非ポリマー , 6種, 109分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MgCl2, 24.6 % PEG 400, 29.5 % PEG 8000, 0.1M TRIS 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→35 Å / Num. obs: 46217 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.44→1.47 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.74 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2r2q

2r2q


解像度: 1.44→31.207 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 2265 4.9 %
Rwork0.1969 --
obs0.1987 46205 94.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→31.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 38 100 2216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1593056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.708875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.47130.41771400.36372648X-RAY DIFFRACTION92
1.4713-1.50550.40551180.32852668X-RAY DIFFRACTION92
1.5055-1.54320.33811380.31022676X-RAY DIFFRACTION92
1.5432-1.58490.35631160.30142667X-RAY DIFFRACTION93
1.5849-1.63160.32421380.27532683X-RAY DIFFRACTION94
1.6316-1.68420.33451240.24872754X-RAY DIFFRACTION94
1.6842-1.74440.28061240.23422706X-RAY DIFFRACTION94
1.7444-1.81420.26441210.21922777X-RAY DIFFRACTION95
1.8142-1.89680.27091630.20012735X-RAY DIFFRACTION95
1.8968-1.99680.24851650.18952731X-RAY DIFFRACTION96
1.9968-2.12190.22951380.17722806X-RAY DIFFRACTION96
2.1219-2.28560.25961540.18322776X-RAY DIFFRACTION97
2.2856-2.51560.24531690.18962798X-RAY DIFFRACTION97
2.5156-2.87940.22921270.18992821X-RAY DIFFRACTION97
2.8794-3.62680.19421520.17552846X-RAY DIFFRACTION98
3.6268-31.21470.17171780.16442848X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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