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- PDB-5lxf: Crystal structure of the human Macrophage Colony Stimulating Fact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxf
タイトルCrystal structure of the human Macrophage Colony Stimulating Factor M- CSF_C31S variant
要素Macrophage colony-stimulating factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Drug design / rational protein engineering / receptor tyrosine kinase / osteoporosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / monocyte activation / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of macrophage migration / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth ...regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / monocyte activation / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of macrophage migration / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of microglial cell migration / mammary duct terminal end bud growth / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / myeloid leukocyte migration / neutrophil homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of cell-matrix adhesion / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte differentiation / macrophage differentiation / regulation of ossification / positive regulation of protein kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein metabolic process / osteoclast differentiation / cytokine activity / response to ischemia / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Ras protein signal transduction / nuclear body / positive regulation of cell migration / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shahar, A. / Papo, N. / Zarivach, R. / Kosloff, M. / Bakhman, A. / Rosenfeld, L. / Zur, Y. / Levaot, N.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Engineering a monomeric variant of macrophage colony-stimulating factor (M-CSF) that antagonizes the c-FMS receptor.
著者: Zur, Y. / Rosenfeld, L. / Bakhman, A. / Ilic, S. / Hayun, H. / Shahar, A. / Akabayov, B. / Kosloff, M. / Levaot, N. / Papo, N.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1
B: Macrophage colony-stimulating factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7092
ポリマ－42,7092
非ポリマー00
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.271, 65.471, 158.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 / MCSF / Lanimostim


分子量: 21354.736 Da / 分子数: 2 / 変異: C31S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P09603
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.03M Bis-Tris pH 6.5; 0.17M Mg Formate; 16.67% PEG 3350; 0.07M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.66 Å / Num. obs: 20774 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 8.7 % / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.727 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UF2

3uf2


解像度: 2→39.66 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 1027 4.94 %Random selection
Rwork0.1885 ---
obs0.1917 20774 85.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2407 0 0 261 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1763367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0732147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10540.331810.23051417X-RAY DIFFRACTION44
2.1054-2.23730.26251190.24362256X-RAY DIFFRACTION70
2.2373-2.41010.36911510.23612863X-RAY DIFFRACTION89
2.4101-2.65260.3011500.21363158X-RAY DIFFRACTION96
2.6526-3.03630.27991800.20143265X-RAY DIFFRACTION99
3.0363-3.8250.2541700.17543307X-RAY DIFFRACTION99
3.825-41.14510.19441760.15953481X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04050.1210.42022.32293.42475.07590.17440.0185-0.26390.44290.1031-0.15080.8822-0.1941-0.11980.111-0.04120.02240.1488-0.02360.2088-5.4147-16.626811.9395
20.4681-0.49310.17540.5141-0.18740.0644-0.3831-0.05890.17160.22770.0391-0.1091-0.77920.1686-0.16090.6325-0.0153-0.08490.1349-0.0190.269-4.32381.320125.5752
32.6573-1.6681.32164.52993.15845.27160.3013-0.61490.42481.3899-0.39820.9586-0.6026-0.73870.17020.6650.05890.03530.6894-0.30560.5359-17.46723.680510.5941
43.9821-1.27141.86292.0193-0.02915.1636-0.45610.19450.07950.14280.3269-0.2063-0.92810.71630.17670.2946-0.09950.02570.2341-0.05960.2272-0.9362-3.988713.6565
50.84820.2338-0.28160.10560.12961.02780.06390.114-0.02010.01430.1864-0.0382-0.04210.39080.13170.026-0.05660.03250.3281-0.14920.2491.9602-12.159111.2943
64.12650.0572-0.92540.22790.43311.077-0.20060.83571.2021-0.8986-0.0064-0.9837-1.69630.10360.01530.8664-0.1206-0.0680.4110.1140.5167-6.77113.63430.0327
70.48940.28270.51291.90110.91444.2973-0.11690.04910.22020.0033-0.19220.2522-1.0163-0.38930.09770.25220.0382-0.0330.2184-0.04290.2593-11.3795-3.961410.5809
82.56170.35210.67331.5734-2.64186.56140.19830.0024-0.48590.5571-0.0031-0.33160.69350.70750.01050.59250.1519-0.11240.263-0.04780.366410.3604-16.331646.9336
97.2825-2.11310.08952.46633.7919.2043-0.4160.57010.7987-0.42630.3654-0.3587-1.65490.69560.00540.4733-0.1581-0.03170.4757-0.02180.18433.9015-1.675428.2453
101.767-0.69930.69611.7544-0.22883.6801-0.1074-0.08860.3450.0245-0.0841-0.2918-0.07040.20640.03770.29440.0786-0.02580.0943-0.03580.28918.93935.624846.9958
113.85-0.07762.96411.09141.1674.51190.198-0.2758-0.04220.5636-0.0328-0.21430.4998-0.1249-0.120.39990.0557-0.02780.1286-0.02650.28175.7948-3.557751.2563
125.26281.9443-0.97471.26060.47033.2614-0.0784-0.14910.2930.0732-0.0780.281-0.0475-0.47860.2170.26830.0508-0.00330.1597-0.02710.2018-5.3914-10.830537.4545
131.7246-0.81980.56651.105-1.66032.89720.0857-0.0876-0.11820.85090.0273-0.17560.0893-0.07470.09180.51250.0266-0.03840.1012-0.00840.26711.969-15.10847.8893
141.13190.25870.79932.07830.0661.2943-0.0063-0.1009-0.00650.62460.1375-0.26380.2270.2204-0.00540.43510.0859-0.09190.1897-0.04210.256210.3242-1.41252.8353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 45 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 71 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 90 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 91 through 102 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 103 through 147 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 24 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 25 through 31 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 45 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 46 through 63 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 64 through 71 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 72 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 150 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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