PDB-5lxc: Crystal structure of DYRK2 in complex with EHT 5372 (Compound 1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lxc

タイトル

Crystal structure of DYRK2 in complex with EHT 5372 (Compound 1)

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / kinase / inhibitor / unusual binding mode / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / smoothened signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / positive regulation of glycogen biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / manganese ion binding / protein tyrosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Besson, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: An Unusual Binding Model of the Methyl 9-Anilinothiazolo[5,4-f] quinazoline-2-carbimidates (EHT 1610 and EHT 5372) Confers High Selectivity for Dual-Specificity Tyrosine Phosphorylation-Regulated Kinases.
著者: Chaikuad, A. / Diharce, J. / Schroder, M. / Foucourt, A. / Leblond, B. / Casagrande, A.S. / Desire, L. / Bonnet, P. / Knapp, S. / Besson, T.

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5lxc.ent.gz	275.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lxc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lxc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5lxc_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	5lxc_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lxdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hra-d 4nb4-4 4ek9-d 5lxd-1 3hvq-2 5uwa-d 6awi-1 4nb4-3 3wmc-d 3nm7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

ヘテロ分子

95.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.220, 60.980, 148.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-687- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	B
2	3	A
1	4	B
2	4	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	81 - 110
2	1	1	2	B	81 - 110
1	2	1	4	A	111 - 144
2	2	1	4	B	111 - 144
1	1	2	2	A	145 - 390
2	1	2	2	B	145 - 390
1	1	3	4	B	391 - 420
2	1	3	4	A	391 - 420
1	1	4	2	B	421 - 464
2	1	4	2	A	421 - 464

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.020111, 0.509966, -0.859959), (0.677581, -0.625523, -0.386788), (-0.735173, -0.59047, -0.332964)	81.692833, -9.08403, 90.697693
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(0.009743, 0.568123, -0.822886), (0.637234, -0.637711, -0.432732), (-0.770608, -0.520155, -0.368241)	77.363777, -3.67951, 94.869568
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(-0.028827, 0.631161, -0.775116), (0.574354, -0.624191, -0.529626), (-0.8181, -0.460458, -0.344516)	77.39283, 2.9148, 96.982986
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(0.005589, 0.633686, -0.77357), (0.573182, -0.63592, -0.516786), (-0.819409, -0.440508, -0.366772)	75.005257, 2.64265, 97.018356

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2 分子量: 46969.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92630, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-7AA / methyl 9-[(2,4-dichlorophenyl)amino]-[1,3]thiazolo[5,4-f]quinazoline-2-carboximidate 分子量: 404.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₁Cl₂N₅OS
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl and 0.1 M bis-tris, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.43 Å / Num. obs: 60094 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 26.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→49.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 13.049 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25401	3047	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20564	-	-	-
obs	0.20808	57045	97.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8 Å²	0 Å²	1.67 Å²
2-	-	-2.92 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.73 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.318 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→49.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6215	0	96	396	6707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.978	8784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	3.001	14400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.243	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.028	23.269	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.797	15	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.918	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.64	2.401	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.639	2.401	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.526	3.596	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.525	3.596	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.14	2.674	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.136	2.674	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.315	3.897	4901
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.959	20.265	7751
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.959	20.271	7752
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	788	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
1	A	178	TIGHT THERMAL	1.58	0.5
1	A	788	MEDIUM THERMAL	2.51	2
2	A	2537	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
2	A	1447	TIGHT THERMAL	2.06	0.5
2	A	2537	MEDIUM THERMAL	3.24	2
3	B	421	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
3	B	421	MEDIUM THERMAL	3.82	2
4	B	420	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
4	B	249	TIGHT THERMAL	1.93	0.5
4	B	420	MEDIUM THERMAL	2.34	2

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	220	-
R_work	0.305	4278	-
obs	-	-	98.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.345	1.8306	-0.1274	8.8679	-1.1267	2.7516	-0.1853	0.1281	-0.373	-0.3595	0.1768	-0.488	0.2359	-0.0426	0.0085	0.1063	-0.0208	0.028	0.0223	0.0142	0.0982	33.3243	-8.3638	16.3025
2	4.5692	1.8511	-0.3578	3.7181	-0.0053	1.2309	-0.0765	-0.1209	0.1158	-0.1398	0.0511	0.0196	0.1726	-0.0645	0.0254	0.0657	0.0066	-0.0209	0.0285	-0.0025	0.0673	41.3675	17.6096	17.8013
3	3.8844	-0.2029	1.1368	2.1533	-0.159	1.6564	-0.161	-0.3552	0.6872	0.1939	-0.056	-0.1371	-0.2337	0.1339	0.217	0.0699	-0.0118	-0.0313	0.0831	-0.0636	0.3129	60.3852	32.6448	28.1881
4	4.1006	-0.2859	-0.299	1.4305	0.1486	4.8508	0.3053	-0.4792	0.554	0.0613	-0.0631	0.039	-0.5944	-0.1742	-0.2422	0.6212	-0.0003	0.3565	0.6478	-0.0198	0.533	56.8483	18.5329	64.8652
5	6.481	-1.124	-4.5433	5.7346	1.8944	3.579	0.2785	-0.2066	0.1058	0.2671	-0.1122	0.2928	-0.0793	-0.1595	-0.1663	0.4335	-0.0457	0.1196	0.5856	0.1666	0.2279	66.9503	5.6155	55.725
6	2.4338	-0.1275	0.2534	1.909	-0.342	2.6686	-0.0204	-0.2793	-0.1777	0.0157	0.0134	0.009	0.1585	-0.031	0.007	0.0297	0.011	0.0279	0.0382	0.0271	0.0553	75.9561	3.1991	29.7048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	80 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	155 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	308 - 464
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	80 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	162 - 230
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	231 - 465

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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