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- PDB-5lwy: Revised crystal structure of the human adiponectin receptor 2 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lwy
タイトルRevised crystal structure of the human adiponectin receptor 2 in complex with a C18 free fatty acid
要素
  • Adiponectin receptor protein 2
  • V REGION HEAVY CHAIN
  • V REGION LIGHT CHAIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROGESTIN AND ADIPOQ RECEPTOR FAMILY / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / 7TM / CERAMIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / signaling receptor activity ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / signaling receptor activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AdipoR/Haemolysin-III-related / Haemolysin-III related / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Adiponectin receptor protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Leyrat, C. / Vasiliauskaite-Brooks, I. / Granier, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council647687 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural insights into adiponectin receptors suggest ceramidase activity.
著者: Vasiliauskaite-Brooks, I. / Sounier, R. / Rochaix, P. / Bellot, G. / Fortier, M. / Hoh, F. / De Colibus, L. / Bechara, C. / Saied, E.M. / Arenz, C. / Leyrat, C. / Granier, S.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年3月22日ID: 3WXW
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年4月19日Group: Atomic model / Structure summary
改定 1.42018年2月7日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52018年12月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref
Item: _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code
改定 1.62019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.72024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adiponectin receptor protein 2
H: V REGION HEAVY CHAIN
L: V REGION LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,19914
ポリマ－57,9063
非ポリマー3,29211
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.580, 101.030, 108.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adiponectin receptor protein 2 / Progestin and adipoQ receptor family member 2 / Progestin and adipoQ receptor family member II


分子量: 33097.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADIPOR2, PAQR2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86V24

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 V REGION HEAVY CHAIN


分子量: 13160.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: E.COLI CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 V REGION LIGHT CHAIN


分子量: 11647.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: E.COLI CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
非ポリマー , 5種, 325分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100mM Na-Citrate, 400mM K-Citrate, 30% PEG400, pH 6.0, Lipidic mesophase method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→101.03 Å / Num. obs: 32174 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52.25 Å2 / Net I/σ(I): 8.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WXW

3wxw
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→19.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.204
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1609 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 32174 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4084 Å20 Å20 Å2
2--7.9477 Å20 Å2
3----11.3561 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 221 314 4579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084422HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.025943HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1538SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes643HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4422HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4988SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 148 4.99 %
Rwork0.231 2815 -
all0.233 2963 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1124-1.96340.33545.806-0.28260.6134-0.17040.11680.83550.0091-0.118-0.6248-0.2304-0.02130.2884-0.4259-0.0171-0.0938-0.39970.07070.675314.9251-5.2766-27.2531
23.83351.5363-2.10065.80141.70550.763-0.0081-0.0219-0.07430.00860.0111-0.0636-0.284-0.2394-0.003-0.0456-0.0432-0.03520.2701-0.05280.13721.02130.5561-23.8804
32.7481-0.42490.38275.35520.06641.49370.11270.238-0.2158-0.36310.00030.26630.2379-0.0069-0.113-0.50950.0159-0.0349-0.5133-0.01420.386123.2636-54.29-28.3298
42.06380.04671.10861.1441-0.67452.3670.0978-0.14410.21340.13770.0029-0.06440.1297-0.0188-0.1007-0.5652-0.0098-0.0083-0.554-0.00810.332729.3286-43.0653-10.3451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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