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- PDB-5lwe: Crystal structure of the human CC chemokine receptor type 9 (CCR9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lwe
タイトルCrystal structure of the human CC chemokine receptor type 9 (CCR9) in complex with vercirnon
要素C-C chemokine receptor type 9
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CD8-positive, gamma-delta intraepithelial T cell differentiation / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / plasma membrane => GO:0005886 / cellular defense response / viral process / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling ...CD8-positive, gamma-delta intraepithelial T cell differentiation / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / plasma membrane => GO:0005886 / cellular defense response / viral process / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 9 / Chemokine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vercirnon / CHOLESTEROL / MALONATE ION / OLEIC ACID / C-C chemokine receptor type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Oswald, C. / Rappas, M. / Kean, J. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Bennett, K. / Deflorian, F. / Christopher, J.A. / Jazayeri, A. / Mason, J.S. ...Oswald, C. / Rappas, M. / Kean, J. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Bennett, K. / Deflorian, F. / Christopher, J.A. / Jazayeri, A. / Mason, J.S. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Intracellular allosteric antagonism of the CCR9 receptor.
著者: Oswald, C. / Rappas, M. / Kean, J. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Bennett, K. / Deflorian, F. / Christopher, J.A. / Jazayeri, A. / Mason, J.S. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2016年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22016年12月28日Group: Database references
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 9
B: C-C chemokine receptor type 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,14535
ポリマ－75,7562
非ポリマー9,39033
水93752
1
A: C-C chemokine receptor type 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,04819
ポリマ－37,8781
非ポリマー5,17118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C-C chemokine receptor type 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,09716
ポリマ－37,8781
非ポリマー4,21915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.571, 66.197, 68.424
Angle α, β, γ (deg.)74.02, 64.72, 62.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-C chemokine receptor type 9 / CCR-9 / G-protein coupled receptor 28 / GPR-9-6


分子量: 37877.879 Da / 分子数: 2
変異: T34E, T77A, V79A, M82A, S141C, T216A, V255A, N294A, T304A, C337A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCR9, GPR28
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51686

-
非ポリマー , 5種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-79K / Vercirnon


分子量: 444.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClN2O4S
#3: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 % / 解説: ROD SHAPED
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M BICINE 0.2 M SODIUM MALONATE 28-43% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→58.34 Å / Num. obs: 21320 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49.97 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.51 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS

4mbs


解像度: 2.8→19.974 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 1133 5.33 %Random selection
Rwork0.2153 ---
obs0.2167 21254 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4453 0 536 52 5041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.496787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5462744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8004-2.92750.30521450.28462507X-RAY DIFFRACTION98
2.9275-3.08130.29141660.26022514X-RAY DIFFRACTION100
3.0813-3.27360.26421190.24172548X-RAY DIFFRACTION99
3.2736-3.5250.28311640.22062506X-RAY DIFFRACTION99
3.525-3.87740.24161460.20682521X-RAY DIFFRACTION99
3.8774-4.43320.19991260.18822529X-RAY DIFFRACTION99
4.4332-5.56520.21371110.19912532X-RAY DIFFRACTION99
5.5652-19.97420.2331560.20872464X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88650.4659-0.04070.39810.21970.8429-0.02580.1617-0.0207-0.03190.2161-0.00940.3744-0.44160.36890.2929-0.0304-0.01010.1613-0.00330.13169.356461.695556.1198
22.4957-0.4075-1.63340.11120.32481.76460.89830.65610.61010.1360.62740.70590.6072-0.35051.06470.7195-0.168-0.49510.44090.23150.3722164.712375.004441.4694
3-0.03020.00820.0213-0.0172-0.00540.0116-0.037-0.073-0.20960.0969-0.1010.1431-0.0269-0.1765-0.00011.587-0.0787-0.16210.6694-0.27440.8578169.035844.724539.3328
40.5576-0.10640.01080.1589-0.16060.1022-0.11540.0075-0.0765-0.43240.0888-0.32180.39810.3367-0.01830.46990.10350.10470.3003-0.06750.3441181.490257.762747.5534
50.12230.04290.20490.30060.21640.42680.08550.21840.4437-0.07410.1939-0.3715-0.68210.20870.01290.4160.0558-0.00530.2178-0.01120.3324168.531179.695464.9367
60.0141-0.007-0.0013-0.00460.00170.00010.2139-0.1461-0.0081-0.1678-0.1165-0.0245-0.13310.1404-0.00010.9255-0.0195-0.09650.75330.14980.8328136.53224.309829.8271
70.7080.45420.0320.7382-0.33821.14840.0481-0.12880.0654-0.08320.128-0.27270.16310.25570.0170.2366-0.0104-0.02510.2784-0.0210.2713147.568862.289527.0598
80.6854-0.14350.45040.86520.38970.64840.0088-0.073-0.0550.06730.13020.196-0.0358-0.1530.00040.26730.00820.00680.2750.01930.2852138.81960.096730.5965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 149 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 179 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 223 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 224 through 311 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 312 through 345 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 41 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 42 through 184 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 185 through 344 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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