PDB-5lw8: NMR solution structure of Helicobacter pylori TonB-CTD (residues ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lw8

タイトル

NMR solution structure of Helicobacter pylori TonB-CTD (residues 194-285)

要素

Protein TonB

キーワード

METAL TRANSPORT / TonB-dependent iron uptake /

C-terminal domain (C末端) / proline rich domain

機能・相同性

機能・相同性情報

energy transducer activity / siderophore transport /

plasma membrane protein complex / transmembrane transport /

protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

溶液NMR /

molecular dynamics

データ登録者

Ciragan, A. / Aranko, A.S. / Tascon, I. / Iwai, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Salt-inducible Protein Splicing in cis and trans by Inteins from Extremely Halophilic Archaea as a Novel Protein-Engineering Tool.
著者: Ciragan, A. / Aranko, A.S. / Tascon, I. / Iwai, H.

履歴

登録	2016年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lw8.cif.gz	549.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lw8.ent.gz	471.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lrg-1 1yyx-d 1lwb-d 2e5e-d 3mzt-4 3j6m-d 1it5-d 6c7r-d 1faz-d 4pkl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34043Salt-inducible protein splicing by inteins from extremely halophilic archaea and application to scarless segmental labeling of TonB protein

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein TonB

10.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #11	lowest energy

#1: タンパク質	Protein TonB 分子量: 10151.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 遺伝子: tonB, HP_1341 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25899

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	3D HNCA
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D HNCO
1	4	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	isotropic	1	3D HN(CO)CA
1	9	1	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY
1	8	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	7	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	11	1	isotropic	1	3D (H)CCH-COSY
1	10	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	13	1	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	12	1	isotropic	1	3D HNCA
1	14	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH

NMR実験の詳細

Text: 3D 1H-15N NOESY and 3D 1H-13C NOESY spectra were recorded with a mixing time of 90 ms.

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TonB CTD, 90% H2O/10% D2O 詳細: 20 mM sodium phosphate buffer, pH 6.0 / Label: 15N13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: TonB CTD / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.02 mM / Label: 0 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CcpNmr Analysis	2.4.1	CCPN	chemical shift assignment
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Amber	14	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
PSVS	1.5	Bhattacharya and Montelione	データ解析
TALOS			chemical shift assignment

精密化

手法:

molecular dynamics / ソフトェア番号: 6

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)