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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lw6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Se-Met substituted Dictyostelium discoideum ADP-ribose binding macrodomain (residues 342-563) of DDB_G0293866 | ||||||
要素 | DDB_G0293866 | ||||||
キーワード | ADP-RIBOSE BINDING PROTEIN / Macrodomain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to cisplatin / : / poly-ADP-D-ribose binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / site of double-strand break / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Leys, D. / Barkauskaite, E. / Pinero, B.B. / Ahel, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2016 タイトル: The role of ADP-ribosylation in regulating DNA interstrand crosslink repair. 著者: Gunn, A.R. / Banos-Pinero, B. / Paschke, P. / Sanchez-Pulido, L. / Ariza, A. / Day, J. / Emrich, M. / Leys, D. / Ponting, C.P. / Ahel, I. / Lakin, N.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lw6.cif.gz | 58.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lw6.ent.gz | 44.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lw6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lw6_validation.pdf.gz | 424.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lw6_full_validation.pdf.gz | 425.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lw6_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lw6_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29474.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: DDB0192167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54B72 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Crystallization trials were performed with proteins at 25 mg/ml in buffer containing 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 25 mM Tris-HCl (pH 7.5), at 20 C with commercial screens using the sitting-drop ...詳細: Crystallization trials were performed with proteins at 25 mg/ml in buffer containing 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 25 mM Tris-HCl (pH 7.5), at 20 C with commercial screens using the sitting-drop vapour-diffusion method. Crystallization drops were set up with the aid of a Mosquito Crystal robot (TTP Labtech) using 200 nl of protein solution plus 200 nl of reservoir solution in MRC two-well crystallization microplates (Swissci) equilibrated against 75 microl of reservoir solution. Co-crystallisation trials were set up by adding 2 mM ADPr to the protein for at least 1 hour prior to setting up crystallisation drops. Crystals of the macrodomain proteins grew in 0.2 M Lithium sulphate, 0.1 M phosphate/citrate and 20% (w/v) PEG1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25.19 Å / Num. obs: 22050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.8 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 25.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.943 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.319 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.915 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→25.19 Å
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拘束条件 |
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