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- PDB-5lw5: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS PROTEASE/DEUBIQUITINASE DOMAIN, DELTAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lw5
タイトルTURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS PROTEASE/DEUBIQUITINASE DOMAIN, DELTAC5 MUTANT
要素RNA replicase polyprotein
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE / DEUBIQUITINASE / VIRUS REPLICASE POLYPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Tymovirus endopeptidases / Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. ...Tymovirus endopeptidases / Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Cathepsin B; Chain A / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural replication polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.649 Å
データ登録者Ayach, M. / Bressanelli, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-011 フランス
引用
ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: A mobile loop near the active site acts as a switch between the dual activities of a viral protease/deubiquitinase.
著者: Jupin, I. / Ayach, M. / Jomat, L. / Fieulaine, S. / Bressanelli, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallization of mutants of Turnip yellow mosaic virus protease/ubiquitin hydrolase designed to prevent protease self-recognition.
著者: Ayach, M. / Bressanelli, S.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA replicase polyprotein
B: RNA replicase polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2402
ポリマ－34,2402
非ポリマー00
水2,702150
1
A: RNA replicase polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1201
ポリマ－17,1201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA replicase polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1201
ポリマ－17,1201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.460, 39.695, 72.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RNA replicase polyprotein / 206 kDa polyprotein


分子量: 17120.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P10358, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ...参照: UniProt: P10358, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M trisodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 15%(w/v) PEG 4000, 5%(v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.649→50 Å / Num. obs: 39006 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06178 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.649→1.708 Å / Rmerge(I) obs: 0.6237 / Num. unique all: 3797

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4a5u

4a5u


解像度: 1.649→37.452 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 2971 7.65 %
Rwork0.2003 --
obs0.2029 38838 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.649→37.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 0 150 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.813246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3891437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6493-1.67640.40961340.42571613X-RAY DIFFRACTION95
1.6764-1.70530.45921350.38711712X-RAY DIFFRACTION99
1.7053-1.73630.37321500.35721703X-RAY DIFFRACTION99
1.7363-1.76970.37091300.33321692X-RAY DIFFRACTION99
1.7697-1.80580.36841470.29411718X-RAY DIFFRACTION99
1.8058-1.84510.32231400.25321669X-RAY DIFFRACTION99
1.8451-1.8880.27581380.24961739X-RAY DIFFRACTION99
1.888-1.93520.27381440.22491672X-RAY DIFFRACTION99
1.9352-1.98750.28991370.22271721X-RAY DIFFRACTION99
1.9875-2.0460.23771330.21781673X-RAY DIFFRACTION99
2.046-2.11210.27371440.23091714X-RAY DIFFRACTION99
2.1121-2.18750.32411460.241704X-RAY DIFFRACTION98
2.1875-2.27510.26941430.24321650X-RAY DIFFRACTION98
2.2751-2.37860.24311380.23311708X-RAY DIFFRACTION98
2.3786-2.5040.25331440.21551693X-RAY DIFFRACTION98
2.504-2.66090.22611430.20781700X-RAY DIFFRACTION99
2.6609-2.86620.25291400.19811723X-RAY DIFFRACTION100
2.8662-3.15450.22871460.18551735X-RAY DIFFRACTION100
3.1545-3.61070.19471480.16391758X-RAY DIFFRACTION100
3.6107-4.54780.15981410.14941751X-RAY DIFFRACTION100
4.5478-37.46190.20121500.16431819X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2957-0.8303-0.25371.27590.3011.37570.08250.28350.0548-0.1364-0.0527-0.1712-0.04590.0982-0.03490.1810.00370.03180.1890.0210.236360.2616-22.6792-40.7896
24.71881.44120.1591.0529-0.40461.7670.1632-0.57330.245-0.0098-0.2336-0.0155-0.14860.28870.0470.2586-0.04340.04390.4224-0.03990.325577.4487-35.8727-13.6106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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