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万見
- PDB-5lue: Minor form of the recombinant cytotoxin-1 from N. oxiana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lue
タイトルMinor form of the recombinant cytotoxin-1 from N. oxiana
要素VC-1=CYTOTOXIN
キーワードTOXIN / cytolytic peptide / all-beta sheet protein / cobra venom / Structure from MOLMOL
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxin 1 / VC-1=CYTOTOXIN
類似検索 - 構成要素
生物種Naja oxiana (コブラ)
手法溶液NMR / restrained Rosetta minimization
データ登録者Dubovskii, P.V. / Dubinnyi, M.A. / Shulepko, M.A. / Lyukmanova, E.N. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Efremov, R.G.
資金援助 ロシア, 6件
組織認可番号国
RFBR13-04-02128 ロシア
RFBR14-14-00255 ロシア
RFBR16-04-01479 ロシア
RFBR16-04-00578 ロシア
President of Russian FederationSP-2663.2015.4 ロシア
Russian Academy of SciencesProgram "Molecular and Cellular Biology" ロシア
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Dynamic "Portraits" of Recombinant and Native Cytotoxin I from Naja oxiana: How Close Are They?
著者: Dubovskii, P.V. / Dubinnyi, M.A. / Konshina, A.G. / Kazakova, E.D. / Sorokoumova, G.M. / Ilyasova, T.M. / Shulepko, M.A. / Chertkova, R.V. / Lyukmanova, E.N. / Dolgikh, D.A. / Arseniev, A.S. / Efremov, R.G.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Towards universal approach for bacterial production of three-finger Ly6/uPAR proteins: case study of Cytotoxin I from cobra N. oxiana
著者: Shulepko, M.A. / Lyukmanova, E.N. / Shenkarev, Z.O. / Dubovskii, P.V. / Astapova, M.V. / Feofanov, A.V. / Arseniev, A.S. / Utkin, Y.N. / Kirpichnikov, M.P. / Dolgikh, D.A.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VC-1=CYTOTOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9631
ポリマ－6,9631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4290 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #17quality score

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要素

#1: タンパク質 VC-1=CYTOTOXIN / cytotoxin-1


分子量: 6962.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The toxin gene encoding 60 amino acid residues with additional ATG codon at the 5(prime)-end was constructed from six overlapping synthetic oligonucleotides using PCR
由来: (組換発現) Naja oxiana (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PS33, UniProt: P01451*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(COCA)CB
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1101isotropic21D WATERGATE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] recombinant cytotoxin-1, 95 v/v non-labeled H2O, 5 v/v 99.9%-2H D2O, 3 uM non-labeled NaOH, 1 uM non-labeled HCl, 95% H2O/5% D2O
詳細: uniformly labeled 13C-15N recombinant toxin was dissolved in H2O/D2O(95:5 v/v) mixture and pH was adjusted with small additions of concentrated NaOH, HCl solutions
Label: 13C-15N sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMrecombinant cytotoxin-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
95 v/vH2Onon-labeled1
5 v/vD2O99.9%-2H1
3 uMNaOHnon-labeled1
1 uMHClnon-labeled1
試料状態詳細: identical to those used at the investigation of the native toxin (deposited under code of 1RL5)
イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: 0.1 / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 101325 Pa / Pressure err: 100 / 温度: 303 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.0.aBruker Biospincollection
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA1.0.6Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
Rosetta3.3David Baker精密化
精密化手法: restrained Rosetta minimization / ソフトェア番号: 4
詳細: as in: J Am Chem Soc. 2014 Feb 5;136(5):1893-906. Protein NMR structures refined with Rosetta have higher accuracy relative to corresponding X-ray crystal structures. Mao B, Tejero R, Baker D, Montelione GT.
代表構造選択基準: quality score
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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