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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lu6 | ||||||
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タイトル | Heptose isomerase mutant - H64Q | ||||||
![]() | Phosphoheptose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Cooperativity / enzyme kinetics / hydrogen bonds / molecular modelling / quantum mechanics | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vivoli, M. / Harmer, N.J. / Pang, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A half-site multimeric enzyme achieves its cooperativity without conformational changes. 著者: Vivoli, M. / Pang, J. / Harmer, N.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 20696.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gmhA, DP49_467 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A095TT41, UniProt: Q93UJ2*PLUS, D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase |
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-非ポリマー , 5種, 712分子 ![](data/chem/img/I22.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-I22 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode 詳細: untagge GmhA 10 mg per ml 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, 8% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→63.7 Å / Num. obs: 1322870 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 7.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.67→42.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.458 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.814 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→42.31 Å
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拘束条件 |
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