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- PDB-5lu5: A quantum half-site enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lu5
タイトルA quantum half-site enzyme
要素Phosphoheptose isomerase
キーワードISOMERASE / Cooperativity / enzyme kinetics / hydrogen bonds / molecular modelling / quantum mechanics
機能・相同性
機能・相同性情報


D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoheptose isomerase / GmhA/DiaA / : / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-M7P / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phosphoheptose isomerase / Phosphoheptose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Vivoli, M. / Harmer, N.J. / Pang, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/H019685/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A half-site multimeric enzyme achieves its cooperativity without conformational changes.
著者: Vivoli, M. / Pang, J. / Harmer, N.J.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoheptose isomerase
B: Phosphoheptose isomerase
C: Phosphoheptose isomerase
D: Phosphoheptose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,30423
ポリマ－83,3354
非ポリマー2,96919
水14,646813
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19200 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.200, 83.810, 126.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Phosphoheptose isomerase / Sedoheptulose 7-phosphate isomerase


分子量: 20833.768 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: gmhA, DP49_467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A095TT41, UniProt: Q93UJ2*PLUS, D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase
#2: 糖
ChemComp-M7P / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / D-GLYCERO-D-MANNOPYRANOSE-7-PHOSPHATE / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-manno-heptose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 290.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O10P

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非ポリマー , 8種, 828分子

#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode
詳細: untagged GmhA 10 mg per mL 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→63.4 Å / Num. obs: 113107 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 17.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.55→63.39 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1872 5605 4.97 %
Rwork0.1611 --
obs0.1624 112695 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→63.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5695 0 191 813 6699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0318178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6812265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.56760.27421750.23853500X-RAY DIFFRACTION98
1.5676-1.58610.26691820.21263558X-RAY DIFFRACTION100
1.5861-1.60540.2281780.19363517X-RAY DIFFRACTION100
1.6054-1.62570.2212020.19173577X-RAY DIFFRACTION100
1.6257-1.64710.23191670.18063541X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.66970.22511870.17313609X-RAY DIFFRACTION100
1.6697-1.69360.2091890.17073530X-RAY DIFFRACTION100
1.6936-1.71880.2071780.1723541X-RAY DIFFRACTION100
1.7188-1.74570.20261990.16053574X-RAY DIFFRACTION100
1.7457-1.77430.16771790.15633563X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.80490.19181710.16093584X-RAY DIFFRACTION100
1.8049-1.83770.19282180.15873522X-RAY DIFFRACTION100
1.8377-1.87310.19151830.16143581X-RAY DIFFRACTION100
1.8731-1.91130.22431670.20913410X-RAY DIFFRACTION95
1.9113-1.95290.29451620.25423474X-RAY DIFFRACTION95
1.9529-1.99830.20481870.16113527X-RAY DIFFRACTION100
1.9983-2.04830.20741820.1573609X-RAY DIFFRACTION100
2.0483-2.10370.19571860.14983582X-RAY DIFFRACTION100
2.1037-2.16560.18312080.15153551X-RAY DIFFRACTION100
2.1656-2.23550.19871620.16473467X-RAY DIFFRACTION96
2.2355-2.31540.23151790.20593437X-RAY DIFFRACTION96
2.3154-2.40810.18481890.15583617X-RAY DIFFRACTION100
2.4081-2.51770.18291840.15173598X-RAY DIFFRACTION100
2.5177-2.65040.17372050.14973587X-RAY DIFFRACTION100
2.6504-2.81650.19022080.15133633X-RAY DIFFRACTION100
2.8165-3.0340.18691790.15693598X-RAY DIFFRACTION100
3.034-3.33930.17961730.15593684X-RAY DIFFRACTION100
3.3393-3.82240.16952160.14083614X-RAY DIFFRACTION99
3.8224-4.81560.13792170.12753648X-RAY DIFFRACTION99
4.8156-63.4430.17061930.16733857X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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