PDB-5ltq: Structure of the Yellow Fluorescent Protein lanYFP from Branchios...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ltq

タイトル

Structure of the Yellow Fluorescent Protein lanYFP from Branchiostoma lanceolatum at pH 7.5

要素

Green fluorescent protein blFP-Y3

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein blFP-Y3

機能・相同性情報

生物種

Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Clavel, D. / Gotthard, G. / Royant, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of the bright monomeric yellow-green fluorescent protein mNeonGreen obtained by directed evolution.
著者: Clavel, D. / Gotthard, G. / von Stetten, D. / De Sanctis, D. / Pasquier, H. / Lambert, G.G. / Shaner, N.C. / Royant, A.

履歴

登録	2016年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ltq.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ltq.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ltq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ltpC 5ltrC 4jf9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jf9-1 4jge-1 6m9z-1 4dkm-2 4jeo-1 4hvf-d 3zv6-1 2wdz-1 1zgq-2 3cgl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein blFP-Y3

D: Green fluorescent protein blFP-Y3

B: Green fluorescent protein blFP-Y3

C: Green fluorescent protein blFP-Y3

E: Green fluorescent protein blFP-Y3

H: Green fluorescent protein blFP-Y3

F: Green fluorescent protein blFP-Y3

G: Green fluorescent protein blFP-Y3

I: Green fluorescent protein blFP-Y3

L: Green fluorescent protein blFP-Y3

J: Green fluorescent protein blFP-Y3

K: Green fluorescent protein blFP-Y3

M: Green fluorescent protein blFP-Y3

P: Green fluorescent protein blFP-Y3

N: Green fluorescent protein blFP-Y3

O: Green fluorescent protein blFP-Y3

ヘテロ分子

486 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Green fluorescent protein blFP-Y3

D: Green fluorescent protein blFP-Y3

B: Green fluorescent protein blFP-Y3

C: Green fluorescent protein blFP-Y3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Green fluorescent protein blFP-Y3

H: Green fluorescent protein blFP-Y3

F: Green fluorescent protein blFP-Y3

G: Green fluorescent protein blFP-Y3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Green fluorescent protein blFP-Y3

L: Green fluorescent protein blFP-Y3

J: Green fluorescent protein blFP-Y3

K: Green fluorescent protein blFP-Y3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: Green fluorescent protein blFP-Y3

P: Green fluorescent protein blFP-Y3

N: Green fluorescent protein blFP-Y3

O: Green fluorescent protein blFP-Y3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.660, 197.160, 115.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Green fluorescent protein blFP-Y3 / lanYFP 分子量: 30329.949 Da / 分子数: 16 / 断片: Yellow Fluorescent Protein lanYFP / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mNeonGreen was engineered from lanYFP 由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物) 遺伝子: blFP-Y3 / Variant: V171A N174T / プラスミド: pNCS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PNC0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.19mM CYMAL-7, 40% PEG 400, 100mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→49.29 Å / Num. obs: 217268 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.092 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.54

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.1		0.585	2.4	0.718	1	99.6
2.1-2.15		0.519	2.67	0.759	1	99.5
2.15-2.2		0.444	3.1	0.82	1	99.5
2.2-2.3		0.364	3.66	0.879	1	99.5
2.3-2.4		0.286	4.53	0.913	1	99.3
2.4-2.5		0.22	5.58	0.943	1	98.9
2.5-3		0.134	9.35	0.982	1	99.6
3-4.5		0.044	25.79	0.998	1	99.3
4.5-7		0.028	39.24	0.999	1	99.1
	7	0.022	46.21	0.999	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化

精密化

開始モデル: pdbid 4JF9

4jf9

解像度: 2.05→49.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 13.562 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25371	10864	5 %	RANDOM
R_work	0.22535	-	-	-
obs	0.22677	206403	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27660	0	16	553	28229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	28668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	25857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.939	38788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.828	3	59650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.205	5	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.226	24.182	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.462	15	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.227	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	32454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7083
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.173	1.847	13795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.173	1.847	13794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.324	2.769	17198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.324	2.769	17199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.095	1.854	14873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.095	1.854	14874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.18	2.774	21566
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.314	14.624	30446
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.291	14.555	30253
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	803	-
R_work	0.303	15252	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.907	0.1981	-0.2117	0.6602	0.0105	0.8312	0.0408	0.0068	0.0039	0.0286	0.033	0.0546	-0.0752	-0.0559	-0.0738	0.0315	0.0104	0.009	0.1694	0.0233	0.2602	15.4159	11.9449	4.3903
2	1.0723	-0.1582	-0.1497	0.8417	-0.1991	0.7937	0.0527	-0.0484	-0.0563	-0.018	-0.0235	-0.0305	-0.0369	0.0352	-0.0292	0.0193	-0.0041	-0.0095	0.1732	0.0236	0.2551	57.4951	11.8322	-0.4101
3	1.145	0.2137	0.0449	0.8759	-0.0116	0.6302	0.0303	-0.1914	-0.0464	0.1617	-0.0549	-0.0369	-0.0093	0.0171	0.0246	0.0622	-0.023	-0.0095	0.2266	0.048	0.2003	37.5578	6.1743	23.1506
4	0.9266	-0.1611	-0.0675	0.8582	-0.1768	0.7659	0.0043	0.1386	0.0299	-0.0827	-0.0362	-0.0413	0.0312	-0.0199	0.0319	0.0411	0.0051	-0.0021	0.1961	0.0022	0.2305	35.3097	5.8208	-19.0397
5	0.9013	0.3083	-0.0805	1.1627	-0.2026	1.5905	-0.0359	0.0147	0.0944	-0.0617	0.1574	0.1821	0.1068	-0.3228	-0.1215	0.0351	-0.0161	0.0007	0.2037	0.0604	0.2173	20.3403	58.3197	2.5646
6	0.5816	0.0492	0.244	0.8449	-0.4002	1.9862	0.0164	-0.0375	-0.0036	0.0772	-0.152	-0.1553	-0.0648	0.3916	0.1357	0.0178	-0.0081	-0.0179	0.2462	0.0632	0.2141	57.6446	63.7756	20.8228
7	1.0452	0.3085	0.168	1.1777	-0.3499	1.3028	0.0115	-0.1286	-0.0646	0.199	0.0263	0.0819	0.0931	-0.1146	-0.0378	0.1128	-0.0118	0.0517	0.1782	0.0334	0.1494	30.7655	52.4117	30.1175
8	1.2106	0.0941	0.1897	1.2593	-0.1308	1.1806	-0.043	0.1239	-0.0458	-0.146	0.0525	-0.1157	0.1141	0.1397	-0.0095	0.1106	0.0336	0.0758	0.1542	-0.0096	0.1776	50.1368	57.6987	-6.9118
9	0.768	-0.0814	0.1502	1.3079	-0.5513	2.3977	0.0447	0.0373	-0.0092	-0.481	-0.2379	-0.3193	0.4445	0.5257	0.1932	0.2897	0.2362	0.2192	0.2713	0.17	0.1924	95.5798	35.7135	-54.8658
10	1.0626	-0.0783	0.134	0.9172	-0.5704	2.0776	0.1015	-0.1153	0.005	-0.2807	0.0574	0.1345	0.4155	-0.1719	-0.1589	0.1805	-0.0171	-0.0366	0.1103	0.0543	0.1538	58.1084	28.7316	-36.6364
11	1.0592	0.0263	-0.1938	1.3758	-0.4391	1.0761	0.0759	-0.0439	0.0634	0.0334	-0.1962	-0.1673	-0.0373	0.2272	0.1202	0.0382	0.0285	0.0317	0.2246	0.0704	0.1787	84.7127	40.9516	-27.3604
12	1.5303	-0.0368	-0.5433	1.1076	-0.3468	1.5875	0.0071	0.1689	0.1128	-0.5346	0.0345	0.0635	0.397	-0.1322	-0.0416	0.4981	0.0158	-0.0128	0.0991	0.0698	0.0554	65.8545	35.2232	-64.3849
13	1.3518	-0.4813	0.6531	0.666	-0.4018	3.5345	-0.0182	0.2609	0.0866	-0.1885	-0.1133	-0.0985	-0.7849	0.6149	0.1315	0.4032	-0.1197	0.1105	0.13	0.0389	0.1249	80.6008	88.9442	-74.7136
14	1.0564	0.1498	-0.0808	1.1839	0.6255	2.2107	0.0369	-0.3172	0.0598	0.1119	0.0213	-0.091	-0.3582	0.2256	-0.0582	0.1697	-0.0817	0.0466	0.2004	-0.0751	0.1357	75.2813	86.5551	-33.1043
15	0.6461	0.1279	-0.0635	0.996	0.3313	3.1971	0.1352	-0.0267	0.0287	-0.2059	-0.0057	0.1256	-0.3577	-0.5254	-0.1295	0.1831	0.0796	0.0227	0.1671	0.0141	0.1416	57.9608	80.6321	-58.1239
16	0.8173	0.2348	0.242	1.241	0.0742	2.1682	0.0005	-0.1903	0.0827	-0.2496	0.1377	-0.3273	-0.1278	1.0367	-0.1382	0.0753	-0.1258	0.1087	0.7037	-0.1171	0.3061	98.812	81.9739	-49.7474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	-1 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	3 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	3 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	G	2 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	3 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	1 - 219
11	X-RAY DIFFRACTION	11	J	2 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	K	3 - 219
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	4 - 216
14	X-RAY DIFFRACTION	14	P	1 - 219
15	X-RAY DIFFRACTION	15	N	4 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	O	4 - 216

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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