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- PDB-5ltn: Crystal structure of Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltn
タイトルCrystal structure of Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus endonuclease complexed with DPBA
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTRANSFERASE / Endonuclease / LCMV Arenavirus DPBA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-4-DIOXO-4-PHENYLBUTANOIC ACID / RNA-directed RNA polymerase L / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Saez-Ayala, M. / Yekwa, E.L. / Canard, B. / Alvarez, K. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR11-BSV8-0019 フランス
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of Lymphocytic choriomeningitis virusendonuclease domain complexed with diketo-acid ligands.
著者: Saez-Ayala, M. / Yekwa, E.L. / Carcelli, M. / Canard, B. / Alvarez, K. / Ferron, F.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / reflns / reflns_shell
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title ..._citation.journal_abbrev / _citation.title / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,43117
ポリマ－47,4442
非ポリマー98715
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area21150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.185, 107.185, 53.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L


分子量: 23722.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
遺伝子: L, KUE_IGS320002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A059U381, UniProt: P14240*PLUS, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 7種, 244分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-XI7 / 2-4-DIOXO-4-PHENYLBUTANOIC ACID / 2,4-ジオキソ-4-フェニル酪酸


分子量: 192.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0,1M pH 6,2, Isopropanol 3,5%, MgCl2 1mM, DPBA 2mM

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→53.593 Å / Num. obs: 241187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 37.53 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.54
反射 シェル解像度: 1.88→1.947 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / CC1/2: 0.416 / Rrim(I) all: 1.15 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTF

5ltf


解像度: 1.88→53.593 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.6 / 位相誤差: 23.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 2457 4.93 %
Rwork0.1903 --
obs0.1915 49844 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→53.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3042 0 60 229 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1014258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9321950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.91620.32891180.30552653X-RAY DIFFRACTION100
1.9162-1.95530.28211360.27622565X-RAY DIFFRACTION100
1.9553-1.99780.3031420.26062646X-RAY DIFFRACTION99
1.9978-2.04430.27441410.23862539X-RAY DIFFRACTION99
2.0443-2.09540.30081270.23832614X-RAY DIFFRACTION100
2.0954-2.15210.27561430.2282632X-RAY DIFFRACTION100
2.1521-2.21540.23261450.20932595X-RAY DIFFRACTION100
2.2154-2.28690.23711340.22192613X-RAY DIFFRACTION100
2.2869-2.36870.28341560.20922617X-RAY DIFFRACTION100
2.3687-2.46350.21971230.19682617X-RAY DIFFRACTION100
2.4635-2.57560.22061640.18982619X-RAY DIFFRACTION100
2.5756-2.71140.20151200.19772647X-RAY DIFFRACTION100
2.7114-2.88130.25811740.19832596X-RAY DIFFRACTION100
2.8813-3.10370.24681220.19272663X-RAY DIFFRACTION100
3.1037-3.4160.18731240.18142670X-RAY DIFFRACTION100
3.416-3.91020.20481110.17422687X-RAY DIFFRACTION100
3.9102-4.92590.16011420.1572671X-RAY DIFFRACTION100
4.9259-53.61430.20511350.18842743X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -55.7601 Å / Origin y: -15.3583 Å / Origin z: 2.1425 Å
111213212223313233
T0.2932 Å2-0.009 Å20.0497 Å2-0.2703 Å2-0.0014 Å2--0.2851 Å2
L0.406 °20.0305 °2-0.3325 °2--0.0054 °2-0.0794 °2--0.2566 °2
S-0.053 Å °-0.0052 Å °-0.0841 Å °-0.0456 Å °0.0211 Å °-0.0277 Å °0.0456 Å °0.014 Å °0.0029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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