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- PDB-5lt9: Ligand binding domain of Pseudomonas aeruginosa PAO1 amino acid c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lt9
タイトルLigand binding domain of Pseudomonas aeruginosa PAO1 amino acid chemoreceptors PctB in complex with L-Arg
要素Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / CHEMOTACTIC TRANSDUCER
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / response to amino acid / chemotaxis / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / HAMP domain-containing protein / Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Conejero-Muriel, M. / Zhulin, I. / Krell, T.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MICINNBIO2013-4297-P スペイン
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities
著者: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2013
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ligand-binding regions of the PctA and PctB chemoreceptors from Pseudomonas aeruginosa in complex with amino acids.
著者: Rico-Jimenez, M. / Munoz-Martinez, F. / Krell, T. / Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32018年12月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _struct.title
改定 1.42020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.52020年4月29日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.62024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
B: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1116
ポリマ－63,6452
非ポリマー4664
水905
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0213
ポリマ－31,8231
非ポリマー1982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0903
ポリマ－31,8231
非ポリマー2672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.729, 111.729, 117.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein PctB


分子量: 31822.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pctB_2, AOY09_01347 / プラスミド: PET28B PLUS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6UK01, UniProt: Q9HW91*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5
詳細: Capillary counterdiffusion: 1.25 M sodium citrate & 0.1 M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→117.55 Å / Num. obs: 17440 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 86.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 157570 / Scaling rejects: 3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3-3.186.60.9370.6921100
9-117.558.10.0470.998199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.14データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T65

5t65


解像度: 3→37.353 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 879 5.06 %Random
Rwork0.2147 ---
obs0.2164 17385 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 197.05 Å2 / Biso mean: 86.1166 Å2 / Biso min: 34.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→37.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 43 5 3791
Biso mean--84.57 76.87 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6385348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2352352
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0004-3.18830.33251440.340727152859100
3.1883-3.43430.31611530.281526972850100
3.4343-3.77960.29141470.247527292876100
3.7796-4.32580.25791390.202227312870100
4.3258-5.44730.22421520.175827592911100
5.4473-37.35620.20861440.19962875301999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.83361.82284.67562.1084-0.35084.5296-0.661-0.39320.97380.0002-0.53720.028-0.1640.1521.20560.42580.03940.1040.8055-0.02090.5885-11.157240.104835.5474
22.25511.14022.96676.85171.79168.4219-0.36280.18560.1306-0.4519-0.5010.16090.7346-0.47550.86820.54030.00830.14330.5967-0.00860.5281-19.339835.24812.5923
33.8416-1.12590.21232.967-1.29887.3195-0.19370.094-0.3497-0.7455-0.0753-0.46011.47950.54720.36490.72670.04430.22080.4923-0.02240.7442-11.846324.768917.369
46.80.89615.53214.88444.56538.49190.0752-0.0292-0.3333-0.2220.0774-0.35020.23440.2252-0.0960.4562-0.00780.24950.43140.07360.5448-14.167131.336723.3361
53.69140.6073.81789.3216-1.098.6512-0.0564-0.0085-0.5122-0.15910.0088-1.08770.28030.96360.12760.5070.0890.21850.72270.09370.67922.899631.756735.3927
64.62232.44083.8372.42361.46763.44740.7975-1.8191-0.81320.3014-0.6938-0.1881.02280.0076-0.06210.8425-0.0350.11061.31620.16431.27674.244826.624746.9876
75.8254.90853.35134.69530.85927.22850.4295-0.2118-1.10810.4646-0.1943-0.68710.34250.834-0.07150.44070.08570.11980.76790.09440.72983.725736.025943.8838
85.40283.40154.33544.59723.34648.7537-0.3682-0.0770.89160.73390.7749-0.36920.02171.6314-0.68580.42260.0333-0.04470.7689-0.14540.6679-18.274661.995929.2053
92.0928-0.32620.70788.0277-0.38884.9114-0.03220.2931-0.1356-0.63160.12950.30250.0907-0.2709-0.17390.3754-0.03890.00750.79050.01110.4694-32.609253.456510.87
101.65891.0765-0.21117.1465.27273.8784-0.0305-0.05790.44590.1957-0.20510.3466-0.30950.07390.08120.49560.0126-0.03720.77010.01120.6135-29.738568.55928.5094
115.6712-0.74450.96962.9172.457.1465-0.1625-0.7590.8872-0.83550.5089-0.3981-0.5909-0.3203-0.47380.7853-0.0609-0.01160.7968-0.17780.934-24.242182.092232.9716
124.6552-0.75011.44899.48414.08825.0980.052-0.67060.28770.45981.2067-1.0956-0.94011.2322-0.46960.44470.0248-0.05320.7855-0.08030.7767-21.270473.052836.1161
138.5503-1.9421-0.11952.7225-4.17439.33671.52321.0738-0.91480.9904-0.18560.89141.8559-0.271-1.18790.96050.0512-0.10430.8676-0.08420.6446-9.809181.768263.7917
142.51840.18660.28041.3491-3.0066.8989-0.5728-0.18830.7982-2.3945-0.48631.4822-0.8706-0.321.11491.1251-0.46560.16890.1367-1.10340.6575-9.846427.463614.0372
150.20550.4833-0.13911.1075-0.33880.1006-0.0279-0.10340.34440.09740.1873-0.2667-0.03860.31050.34280.29010.1912-0.09051.1479-0.07660.5348-38.476355.975714.3734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 39 through 77 )A39 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 104 )A78 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 152 )A105 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 183 )A153 - 183
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 184 through 219 )A184 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 220 through 231 )A220 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 232 through 272 )A232 - 272
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 40 through 74 )B40 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 75 through 167 )B75 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 168 through 219 )B168 - 219
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 220 through 247 )B220 - 247
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 248 through 273 )B248 - 273
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 274 through 292 )B274 - 292
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 301 through 301 )A301
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 301 through 301 )B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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