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- PDB-5lst: Crystal structure of the human RecQL4 helicase. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lst
タイトルCrystal structure of the human RecQL4 helicase.
要素ATP-dependent DNA helicase Q4
キーワードHYDROLASE / RecQ4 / helicase / Rothmund-Thomson-Syndrome / RAPADILINO-Syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomeric D-loop disassembly / bubble DNA binding / oxidized purine DNA binding / DNA 3'-5' helicase / telomere maintenance / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination ...telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomeric D-loop disassembly / bubble DNA binding / oxidized purine DNA binding / DNA 3'-5' helicase / telomere maintenance / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA replication/checkpoint protein / DNA replication and checkpoint protein / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...DNA replication/checkpoint protein / DNA replication and checkpoint protein / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase Q4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kaiser, S. / Sauer, F. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The structural and functional characterization of human RecQ4 reveals insights into its helicase mechanism.
著者: Kaiser, S. / Sauer, F. / Kisker, C.
履歴
登録2016年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4792
ポリマ－76,4141
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.001, 131.001, 96.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q4 / DNA helicase / RecQ-like type 4 / RecQ4 / RTS / RecQ protein-like 4


分子量: 76413.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL4, RECQ4 / プラスミド: pETM-22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: O94761, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: Imidazole, Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→44.34 Å / Num. obs: 25149 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 1.894 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→44.34 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 2459 5.12 %
Rwork0.1828 --
obs0.1853 47984 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 108.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4692 0 1 0 4693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6816510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6551757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006854
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7502-2.80310.35071400.32822578X-RAY DIFFRACTION100
2.8031-2.86030.35881340.31462524X-RAY DIFFRACTION100
2.8603-2.92250.28911390.2872519X-RAY DIFFRACTION100
2.9225-2.99040.39191320.28842529X-RAY DIFFRACTION100
2.9904-3.06520.33691650.26352555X-RAY DIFFRACTION100
3.0652-3.14810.28251190.26212514X-RAY DIFFRACTION100
3.1481-3.24070.3481390.25562575X-RAY DIFFRACTION100
3.2407-3.34520.34211120.25382507X-RAY DIFFRACTION100
3.3452-3.46480.36061230.22772559X-RAY DIFFRACTION100
3.4648-3.60340.25171500.20272521X-RAY DIFFRACTION100
3.6034-3.76730.23071330.19482539X-RAY DIFFRACTION100
3.7673-3.96580.27781550.18562534X-RAY DIFFRACTION100
3.9658-4.21410.16951470.16672489X-RAY DIFFRACTION100
4.2141-4.53920.21981450.14522496X-RAY DIFFRACTION99
4.5392-4.99550.19051230.14252512X-RAY DIFFRACTION99
4.9955-5.7170.26031410.17242522X-RAY DIFFRACTION99
5.717-7.19780.19081320.18982522X-RAY DIFFRACTION99
7.1978-44.34620.17161300.14792530X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.68462.84191.74046.67242.71146.1540.3951-0.3081-0.93390.107-0.3063-0.29360.4534-0.4587-0.11740.6797-0.00470.07350.62760.06610.832454.6387-32.78177.1764
22.655-0.6235-0.8613.32480.4092.492-0.0524-0.0078-0.09480.1703-0.00540.073-0.0352-0.22130.06270.7261-0.0747-0.0260.55030.02440.74941.2115-12.827615.9272
39.049-1.7181-0.31850.78270.3820.91650.0314-0.40280.0081-0.07-0.0057-0.26770.0805-0.0352-0.01130.83740.0897-0.0670.54210.07550.701155.0923-7.223411.2897
42.9699-1.35721.19541.2011-0.57370.7598-0.0405-0.08320.0225-0.07440.0805-0.1610.04140.012-0.06760.86410.08280.01670.7654-0.04120.911775.3541-17.607313.5949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 449 through 630 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 631 through 771 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 772 through 884 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 885 through 1111 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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