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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ls0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | Soluble inorganic pyrophosphatase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / inorganic pyrophosphatase / OB-fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus ...regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grzechowiak, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity. 著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. #1: ![]() タイトル: Characterization of two soluble inorganic pyrophosphatases from Arabidopsis thaliana 著者: Navarro-De la Sancha, E. / Coello-Coutino, M. / Valencia-Turcotte, L.G. / Hernandez-Dominguez, E.E. / Trejo-Yepes, G. / Rodriguez-Sotres, R. #2: ![]() タイトル: Structure of inorganic pyrophosphatase from Helicobacter pylori. 著者: Wu, C.A. / Lokanath, N.K. / Kim, D.Y. / Park, H.J. / Hwang, H.Y. / Kim, S.T. / Suh, S.W. / Kim, K.K. #3: ![]() タイトル: A complete structural description of the catalytic cycle of yeast pyrophosphatase. 著者: Oksanen, E. / Ahonen, A.K. / Tuominen, H. / Tuominen, V. / Lahti, R. / Goldman, A. / Heikinheimo, P. #4: ![]() タイトル: Reversible inhibition of Escherichia coli inorganic pyrophosphatase by fluoride: trapped catalytic intermediates in cryo-crystallographic studies. 著者: Samygina, V.R. / Moiseev, V.M. / Rodina, E.V. / Vorobyeva, N.N. / Popov, A.N. / Kurilova, S.A. / Nazarova, T.I. / Avaeva, S.M. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6mt1C ![]() 6mt2C ![]() 4lugS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20519.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PPA1, At1g01050, T25K16.5 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.07 M bicine, 7% (w/v) PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI -111 CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91814 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.79→40.564 Å / Num. obs: 40001 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 30.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/av σ(I): 21.9 / Net I/σ(I): 21.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4lug 解像度: 1.83→19.407 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 22.71
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.66 Å2 / Biso mean: 43.5848 Å2 / Biso min: 18.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→19.407 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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