PDB-5ls0: Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ls0

タイトル

Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana

要素

Soluble inorganic pyrophosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / inorganic pyrophosphatase / OB-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity.
著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2016年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.2	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年9月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ls0.cif.gz	163.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ls0.ent.gz	129.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ls0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5ls0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5ls0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mt1C 6mt2C 4lugS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lug-2 4lug-1 6o7c-d 5o34-d 3x2x-d 6avh-3 4i0y-d 2xoa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.8166062 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

B: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

A: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

A: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

B: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

B: Soluble inorganic pyrophosphatase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.130, 81.130, 174.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-511- HOH

#1: タンパク質	Soluble inorganic pyrophosphatase 1 / Pyrophosphate phospho-hydrolase 1 / PPase 1 分子量: 20519.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPA1, At1g01050, T25K16.5 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93V56, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg / 参照: inorganic diphosphatase
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.07 M bicine, 7% (w/v) PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91814 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI -111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91814 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→40.564 Å / Num. obs: 40001 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.76 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/av σ(I): 21.9 / Net I/σ(I): 21.92

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.79-1.9	6.3	1.087	1.9	0.751	1	99
1.9-2.03		0.537	3.8	0.919	1	99.7
2.03-2.2		0.264	7.5	0.978	1	99.8
2.2-2.41		0.142	13.33	0.993	1	99.9
2.41-2.69		0.094	19.35	0.996	1	99.9
2.69-3.1		0.05	32.73	0.999	1	99.9
3.1-3.79		0.03	53.31	0.999	1	100
3.79-5.34		0.022	72.66	1	1	99.9
5.34-40.564		0.019	77.09	1	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4lug

4lug

解像度: 1.83→19.407 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 22.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	1000	2.65 %
R_work	0.1538	-	-
obs	0.1548	37724	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.66 Å² / B_iso mean: 43.5848 Å² / B_iso min: 18.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→19.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2858	0	16	187	3061
B_iso mean	-	-	68.37	41.24	-
残基数	-	-	-	-	354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	3988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	437
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.954	1122

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8301-1.9265	0.329	143	0.2949	5246	5389
1.9265-2.0471	0.2371	142	0.2083	5213	5355
2.0471-2.205	0.2034	143	0.1737	5261	5404
2.205-2.4265	0.1887	142	0.1593	5239	5381
2.4265-2.7767	0.2136	143	0.1658	5257	5400
2.7767-3.495	0.1963	143	0.1574	5251	5394
3.495-19.4077	0.1604	144	0.1245	5257	5401

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2318	0.3211	0.3255	1.6869	0.5443	1.3957	0.073	0.2254	-0.0062	-0.4145	-0.0227	0.2165	-0.1704	-0.4104	-0.0625	0.2984	0.0168	-0.0599	0.3571	0.0223	0.2553	29.1835	24.8392	143.1357
2	1.3514	0.1082	0.1829	1.8874	1.202	2.5325	0.1305	0.1081	-0.0574	-0.2427	-0.118	0.434	-0.0857	-0.6671	-0.0751	0.2774	-0.0098	-0.0773	0.4547	0.0253	0.3479	21.7961	21.2262	150.0919
3	2.7462	1.7054	-1.4657	7.5117	-2.6985	4.9566	0.2796	-0.1824	0.0996	0.0128	-0.0513	0.3864	-0.2343	-0.9481	-0.1709	0.2622	0.048	-0.0352	0.5355	0.0267	0.3681	16.7813	26.6346	160.6229
4	2.7788	2.4752	0.6887	4.3939	0.8233	1.528	0.0197	0.1787	0.4867	-0.2659	-0.2012	0.9573	-0.4675	-0.7212	0.1649	0.4132	0.1993	-0.0495	0.6342	0.0306	0.5644	15.231	34.0049	154.5222
5	3.3745	-0.0431	-2.2835	3.6944	-0.0375	2.7386	0.3517	0.5869	0.0427	-0.934	-0.2619	0.6969	-0.2106	-0.8499	-0.3456	0.5006	0.1074	-0.2719	0.8163	-0.0458	0.4882	15.0041	20.991	135.4566
6	1.443	0.1613	0.8248	2.0068	-0.2045	2.3599	0.1455	-0.1947	-0.1173	0.3032	0.0415	-0.1497	0.1527	0.1959	-0.1742	0.2185	0.0124	-0.045	0.3088	-0.0372	0.2846	11.9049	-1.9482	126.4568
7	1.1932	0.1174	0.1981	1.5751	-2.362	4.3387	-0.0371	-0.1963	0.1328	0.1708	0.0345	-0.1908	-0.4618	0.3397	-0.0832	0.3095	-0.0256	0.0169	0.3204	-0.063	0.3038	7.798	10.0146	126.0818
8	1.0169	0.2803	0.4374	1.7889	-0.7889	2.4686	0.0516	-0.0962	0.0347	0.2116	0.0878	-0.2671	-0.3135	0.3649	-0.1244	0.2076	-0.0083	-0.0115	0.297	-0.0613	0.2689	16.7607	4.5757	121.9065
9	1.4645	0.314	0.0597	1.6723	-0.5232	2.2088	0.0511	0.0995	-0.1104	-0.0054	0.0426	-0.3877	0.1077	0.6057	-0.0702	0.2524	0.0568	-0.0479	0.4419	-0.066	0.3863	19.7246	-5.1416	117.4463
10	2.5727	-1.6091	0.2254	3.6475	0.7638	2.0968	0.0155	0.1344	0.2768	-0.0599	0.0184	-0.4699	-0.3734	0.7786	-0.0108	0.2831	-0.0909	0.0193	0.5746	-0.051	0.3983	23.7999	8.4232	111.0005
11	2.172	0.6627	-0.0536	2.717	-0.2081	0.0173	0.0181	-0.2779	-0.0479	0.5873	-0.0554	-0.3883	0.3069	0.7077	-0.0878	0.2866	0.0426	-0.1773	0.597	-0.0239	0.4201	25.9592	-2.1612	131.6736

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 77 )	A	33 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 158 )	A	78 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 159 through 171 )	A	159 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 187 )	A	172 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 188 through 207 )	A	188 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 30 through 65 )	B	30 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 77 )	B	66 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 78 through 102 )	B	78 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 158 )	B	103 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 159 through 184 )	B	159 - 184
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 185 through 208 )	B	185 - 208

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