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- PDB-5ls0: Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ls0 | ||||||
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Title | Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | Soluble inorganic pyrophosphatase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / inorganic pyrophosphatase / OB-fold | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus ...regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grzechowiak, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity. Authors: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. #1: ![]() Title: Characterization of two soluble inorganic pyrophosphatases from Arabidopsis thaliana Authors: Navarro-De la Sancha, E. / Coello-Coutino, M. / Valencia-Turcotte, L.G. / Hernandez-Dominguez, E.E. / Trejo-Yepes, G. / Rodriguez-Sotres, R. #2: ![]() Title: Structure of inorganic pyrophosphatase from Helicobacter pylori. Authors: Wu, C.A. / Lokanath, N.K. / Kim, D.Y. / Park, H.J. / Hwang, H.Y. / Kim, S.T. / Suh, S.W. / Kim, K.K. #3: ![]() Title: A complete structural description of the catalytic cycle of yeast pyrophosphatase. Authors: Oksanen, E. / Ahonen, A.K. / Tuominen, H. / Tuominen, V. / Lahti, R. / Goldman, A. / Heikinheimo, P. #4: ![]() Title: Reversible inhibition of Escherichia coli inorganic pyrophosphatase by fluoride: trapped catalytic intermediates in cryo-crystallographic studies. Authors: Samygina, V.R. / Moiseev, V.M. / Rodina, E.V. / Vorobyeva, N.N. / Popov, A.N. / Kurilova, S.A. / Nazarova, T.I. / Avaeva, S.M. / Bartunik, H.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6mt1C ![]() 6mt2C ![]() 4lugS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20519.486 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.07 M bicine, 7% (w/v) PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI -111 CRYSTAL Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91814 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→40.564 Å / Num. obs: 40001 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 30.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/av σ(I): 21.9 / Net I/σ(I): 21.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4lug Resolution: 1.83→19.407 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / Phase error: 22.71
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.66 Å2 / Biso mean: 43.5848 Å2 / Biso min: 18.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.83→19.407 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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