PDB-5lrn: Structure of mono-zinc MCR-1 in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lrn

タイトル

Structure of mono-zinc MCR-1 in P21 space group

要素

Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

キーワード

TRANSFERASE / phosphotehanolamine / metalloenzyme / colistin / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Paterson, N.G. / Spencer, J.

資金援助

英国,

中国, 4件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (United Kingdom)	MR/P007295/1	英国
National Natural Science Foundation of China	31530076	中国
National Natural Science Foundation of China	8161101130	中国
National Natural Science Foundation of China	31422055	中国

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Insights into the Mechanistic Basis of Plasmid-Mediated Colistin Resistance from Crystal Structures of the Catalytic Domain of MCR-1.
著者: Hinchliffe, P. / Yang, Q.E. / Portal, E. / Young, T. / Li, H. / Tooke, C.L. / Carvalho, M.J. / Paterson, N.G. / Brem, J. / Niumsup, P.R. / Tansawai, U. / Lei, L. / Li, M. / Shen, Z. / Wang, Y. ...

履歴

登録	2016年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lrn.cif.gz	290.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lrn.ent.gz	234.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lrn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lrn_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lrn_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	5lrn_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	5lrn_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lrmSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6li6-2 6li5-1 6li4-1 7kn1-1 4e3k-1 4kg5-3 5ylf-d 4kz4-2 4e3j-1 2d7u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

B: Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.200, 82.330, 81.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1 分子量: 36270.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1, APZ14_31440 / プラスミド: popinF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): SoluBL21 参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 20% w/v PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97831 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97831 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50.56 Å / Num. obs: 94911 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC_1/2: 0.519 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRM

5lrm

解像度: 1.55→50.556 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1888	4428	4.67 %
R_work	0.1651	-	-
obs	0.1662	94874	97.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→50.556 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5090	0	20	868	5978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.227	7195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.693	1922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	789
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.3649	149	0.3394	2960	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5676-1.5861	0.3964	157	0.3196	2956	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5861-1.6054	0.3224	143	0.2898	2956	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6054-1.6257	0.3341	141	0.2828	3001	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6257-1.6471	0.3302	151	0.2788	2929	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6471-1.6697	0.3078	129	0.2693	2988	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6697-1.6935	0.2856	142	0.2531	2961	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6935-1.7188	0.3142	151	0.2489	2974	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7188-1.7457	0.2402	149	0.2287	3018	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7457-1.7743	0.2461	114	0.2282	2996	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7743-1.8049	0.2647	160	0.2185	2989	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8049-1.8377	0.2072	141	0.194	2974	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8377-1.8731	0.2049	131	0.1776	3046	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8731-1.9113	0.2088	153	0.1715	2964	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9113-1.9529	0.2003	142	0.1766	3028	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9529-1.9983	0.2038	146	0.1749	3015	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9983-2.0483	0.1804	148	0.1532	2985	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0483-2.1037	0.1955	143	0.1497	3054	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1037-2.1656	0.1722	156	0.1496	3007	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1656-2.2355	0.1845	151	0.1446	3037	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2355-2.3154	0.1735	155	0.1423	3033	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3154-2.4081	0.1844	144	0.1562	3044	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4081-2.5176	0.2011	158	0.1555	3044	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5176-2.6504	0.185	155	0.1525	3041	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6504-2.8164	0.1852	150	0.1523	3042	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8164-3.0338	0.1744	150	0.1493	3082	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0338-3.3391	0.1731	166	0.1404	3040	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3391-3.8221	0.131	169	0.1315	3060	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8221-4.8149	0.1174	150	0.1182	3093	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8149-50.5824	0.1527	134	0.1494	3129	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0607	-1.0126	-0.0311	1.9082	1.4018	3.0984	0.0432	-0.0687	-0.1004	0.0403	0.129	-0.1224	0.1694	0.3613	-0.1779	0.0893	-0.0249	0.0301	0.0734	0.0263	0.1323	36.8814	-72.9234	10.1839
2	2.7787	-0.4119	0.8007	2.3957	-0.0331	1.9222	0.0397	-0.03	-0.1152	-0.0773	0.0056	0.1828	0.0542	-0.1793	-0.0338	0.0916	-0.0271	0.0191	0.0945	0.0031	0.1138	8.1009	-71.5718	5.6068
3	1.0819	-0.0214	0.0024	0.3747	0.057	1.3264	-0.0086	-0.1429	0.0094	0.0588	-0.006	-0.0309	-0.0026	-0.0017	0.0147	0.1059	0.0026	-0.0026	0.0832	-0.0026	0.1071	28.1701	-64.258	17.5973
4	1.8346	-0.6478	1.0556	0.7654	-0.87	3.0151	-0.0489	-0.0627	0.1823	-0.0167	-0.037	-0.0765	-0.2208	0.0496	0.1065	0.1078	-0.0126	0.0063	0.0473	-0.0153	0.1448	28.5025	-54.6616	5.0166
5	6.1356	-4.5982	-0.3986	4.3104	0.5408	1.1688	0.282	0.2937	0.2401	-0.3085	-0.2319	-0.0795	-0.1159	0.0081	-0.035	0.1068	-0.015	0.014	0.0606	0.0154	0.0963	22.499	-57.4188	-4.2989
6	3.8579	-2.0502	0.4518	1.6012	-0.1758	0.4647	-0.0465	-0.0269	0.2088	0.0165	0.012	-0.0521	-0.0142	-0.0365	0.0129	0.0901	-0.0127	0.0142	0.039	-0.0007	0.0888	17.5148	-59.8078	2.7536
7	4.4676	-1.245	-1.4113	3.0126	0.609	7.6372	-0.0052	-0.481	0.6444	0.0778	-0.0402	0.1306	-0.7406	0.0393	0.0006	0.14	-0.0057	0.0102	0.1979	-0.0609	0.2273	-1.4961	-53.0284	6.6044
8	1.1528	-0.3222	0.3391	0.359	-0.1378	0.2962	-0.0407	-0.133	0.0395	0.0314	0.0187	0.0431	0.0078	-0.0897	0.0176	0.0939	-0.0049	0.0087	0.0807	-0.0065	0.113	13.4286	-65.1275	5.7511
9	2.4321	-1.6528	-2.3919	4.4172	4.6456	7.6886	-0.0512	-0.2525	-0.0461	0.3427	-0.0671	0.1819	0.2331	-0.3489	0.1244	0.11	-0.0004	0.0072	0.1446	0.0186	0.0969	13.1717	-68.251	16.5366
10	4.4697	-0.5364	-2.6012	3.6018	0.757	4.3172	-0.1082	0.194	-0.3923	-0.1051	-0.1089	-0.0166	0.4832	-0.1507	0.2144	0.139	0.0049	-0.0095	0.0673	0.0048	0.1417	20.6937	-81.7488	9.0827
11	3.9141	-0.0306	-1.0922	1.4651	0.8972	3.385	0.0103	-0.2847	-0.2522	0.1759	0.0323	-0.049	0.3541	0.1129	-0.0952	0.1523	0.0112	-0.0091	0.0678	0.0319	0.1415	29.2168	-77.0527	16.1401
12	2.2081	0.4576	-0.6526	0.1037	0.0676	3.9674	0.0602	-0.0019	0.071	-0.0811	0.0171	0.1161	-0.2352	-0.472	-0.0852	0.1357	0.0214	-0.0052	0.0652	-0.0212	0.1545	-0.6826	-62.1957	-29.5597
13	1.7553	0.1611	0.4056	1.7596	-0.3017	1.0689	0.0957	-0.0646	-0.2144	0.0721	0.0266	-0.0683	0.1857	0.0626	-0.0672	0.1691	0.0393	-0.0219	0.0904	-0.0298	0.1259	18.8421	-82.2504	-21.3806
14	1.1013	-0.0539	0.5212	0.6776	-0.1261	1.868	0.0027	0.1982	-0.0161	-0.1207	-0.0054	-0.0196	0.0186	0.1053	0.0173	0.1055	0.0128	-0.002	0.1272	-0.0117	0.0964	9.8782	-66.0055	-37.9309
15	3.6605	-0.6165	3.2234	0.7678	-0.3494	5.6287	-0.1354	0.2436	0.2682	-0.0241	-0.0152	-0.0611	-0.355	0.4254	0.1521	0.1501	-0.0319	0.0127	0.1206	0.0272	0.1478	19.4352	-56.8625	-29.1815
16	9.0383	-2.3408	-0.4126	1.4769	0.0564	1.5076	-0.1307	-0.2876	0.4217	0.1005	0.1213	-0.2138	-0.0764	0.1648	0.0018	0.1101	-0.0187	-0.0115	0.0947	-0.0138	0.1061	22.3895	-60.2033	-18.7403
17	4.7376	-1.8578	0.1844	1.1796	0.0453	1.3165	0.0742	0.209	0.1343	-0.0237	-0.0838	-0.1128	0.021	0.1486	-0.0034	0.0874	-0.0136	0.002	0.0737	-0.0119	0.0931	22.6033	-67.5708	-23.7128
18	3.5875	-0.227	-3.5179	2.7465	0.4151	4.0134	0.0835	0.4551	-0.0043	-0.2729	0.0189	-0.5543	0.1635	0.5188	-0.1652	0.2057	0.0882	0.0087	0.4172	-0.0675	0.2812	38.7855	-79.5203	-26.7236
19	0.8705	-0.3263	0.3334	0.5188	0.0082	0.8843	0.0715	0.2246	-0.1246	-0.0484	-0.0568	-0.0259	0.1609	0.1579	0.0031	0.1263	0.034	-0.0057	0.1197	-0.0357	0.1162	20.5196	-75.0414	-25.9197
20	3.9639	-0.5746	-0.4911	3.2876	0.6009	2.9218	-0.2139	-0.0674	-0.3793	0.1293	-0.0051	0.2631	0.4791	-0.0689	0.2662	0.0956	0.0133	-0.0424	0.0456	-0.0084	0.1207	11.3249	-77.6658	-25.486
21	1.9934	-0.8633	-0.2519	3.8295	0.2031	2.2676	0.0516	0.0225	-0.23	-0.0525	-0.0323	0.1697	0.2221	-0.0753	-0.0038	0.1153	0.0009	-0.0323	0.1141	-0.0207	0.1368	3.5255	-76.0519	-29.6479
22	4.6962	-2.4929	1.1856	4.9397	-0.0313	6.5051	0.1713	0.0943	-0.2988	-0.2732	0.017	0.3431	0.3369	-0.448	-0.2132	0.1031	-0.0543	-0.0204	0.1432	-0.0187	0.1644	-2.5808	-73.4684	-33.9287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 216 through 244 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 245 through 274 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 275 through 326 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 327 through 355 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 356 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 406 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 407 through 422 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 423 through 480 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 481 through 497 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 498 through 513 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 514 through 540 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 216 through 244 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 245 through 274 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 275 through 326 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 327 through 355 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 356 through 379 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 380 through 406 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 407 through 422 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 423 through 485 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 486 through 501 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 502 through 525 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 526 through 540 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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