PDB-5lq4: The Structure of ThcOx, the First Oxidase Protein from the Cyanob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lq4

タイトル

The Structure of ThcOx, the First Oxidase Protein from the Cyanobactin Pathways

要素

(CyaGox) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cyanobactins Oxidase S-SAD RIPPs

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanothece sp.

Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Bent, A.F. / Wagner, A. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structure of the cyanobactin oxidase ThcOx from Cyanothece sp. PCC 7425, the first structure to be solved at Diamond Light Source beamline I23 by means of S-SAD.
著者: Bent, A.F. / Mann, G. / Houssen, W.E. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Thomas, L. / Jaspars, M. / Wagner, A. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2016年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lq4.cif.gz	382.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lq4.ent.gz	313.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lq4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lq4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5lq4_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	5lq4_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fhj-d 4kxt-d 4qcl-d 5mbt-d 5ki6-d 4rxp-d 1x7y-1 1x7x-1 4mz7-d 1x7z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CyaGox

B: CyaGox

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.300, 109.300, 195.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 468

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
1	A	A	1 - 466
2	B	B	3 - 468

#1: タンパク質	CyaGox 分子量: 52297.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア) 株: PCC 7425 / ATCC 29141 / 遺伝子: Cyan7425_0520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: B8HTZ1
#2: タンパク質	CyaGox 分子量: 53013.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア) 株: PCC 7425 / ATCC 29141 / 遺伝子: Cyan7425_0520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: B8HTZ1
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P 由来: (組換発現) Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア) 株: PCC 7425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: 6,7-dihydropteridine reductase
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.65	53.65	Two molecules per asymmetric unit.
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.75	1.0 M sodium citrate, 0.1 M CHES pH 7.75
293	2	蒸気拡散法	7.75	1.0 M sodium citrate, 0.1 M CHES pH 7.75

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Ambient temp details
1	100	1
2	50	2	An accurate temperature calibration is still outstanding; this value is based on a temperature of 44 K at the goniometer head assuming a temperature rise of around 6 K through the sample mount

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I03	1	1.7712
シンクロトロン	Diamond	I23	2	3.0955

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS3 S 6M	1	PIXEL	2015年4月20日
DECTRIS PILATUS 12M	2	PIXEL	2016年2月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.7712	1
2	3.0955	1

反射

B_iso Wilson estimate: 60.235 Å² / Entry-ID: 5LQ4

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.65-72.84	35204	100	8.1	0.083	1	17.9
3.15-217.55	575020	91.6	25.8		2	28.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.65-2.72	8.5	0.836	2.7	1	99.6
3.15-3.37	25		2.3	2	80.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→72.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 23.318 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.722 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22838	1751	5 %	RANDOM
R_work	0.19664	-	-	-
obs	0.19815	33383	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.681 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→72.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7344	0	0	4	7348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	7527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.983	10277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.056	3	16555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.711	5	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.047	24.308	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.562	15	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.459	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.919	4.409	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.919	4.409	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.755	6.613	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.755	6.614	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.218	4.727	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.217	4.727	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.199	6.967	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.67	35.228	8081
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.67	35.23	8082
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 54310 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	113	-
R_work	0.283	2423	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6795	-2.9763	-5.1213	5.0209	2.2629	11.6511	0.0564	0.3482	-0.0201	-0.5557	-0.4481	-0.8892	0.2134	1.0487	0.3917	0.4322	0.0775	-0.0244	0.5854	0.1782	0.5602	130.923	140.49	26.648
2	1.1991	-0.4816	0.2814	1.2232	-3.1073	9.3458	-0.1085	0.2479	0.2504	-0.1581	-0.057	-0.0321	0.3332	0.0244	0.1654	0.2593	0.0005	-0.0636	0.2758	0.0672	0.3395	120.434	140.826	35.768
3	6.2596	-2.1703	0.3171	3.7075	0.7093	3.9041	-0.1783	-0.3793	0.0046	0.3733	0.238	0.4867	-0.2195	-0.3615	-0.0597	0.2072	0.0992	-0.0629	0.3053	0.0129	0.3117	113.718	140.649	52.565
4	3.8773	0.0116	0.2765	2.1458	0.035	2.3354	0.07	-0.1864	-0.1308	0.1442	0.0363	-0.2544	0.084	0.2338	-0.1062	0.0178	0.009	-0.0141	0.0833	-0.0729	0.1593	152.898	118.366	62.791
5	4.6507	2.0323	-2.9207	9.4454	-4.2909	7.8249	0.1475	0.0232	-0.2084	0.0437	-0.1109	-0.4315	-0.0357	0.0144	-0.0366	0.1201	0.039	-0.0493	0.2369	-0.0472	0.2788	124.947	143.397	83.411
6	1.4352	-0.3281	-0.6619	1.3609	0.3829	11.32	0.0268	-0.2182	-0.2905	0.2817	0.0438	-0.0027	0.9349	0.1006	-0.0706	0.1471	-0.005	-0.0291	0.1933	-0.0229	0.321	124.487	142.294	89.678
7	3.1888	-0.3195	0.6383	6.614	1.9202	7.6827	0.209	0.081	0.4865	-0.5241	0.0206	-0.3756	-0.8438	0.3316	-0.2296	0.1895	0.0471	0.0523	0.218	-0.071	0.2912	131.099	150.027	64.711
8	2.8679	0.356	0.1923	3.2279	1.1736	2.3657	-0.0199	0.2829	-0.3422	-0.1272	0.0498	0.1525	0.3568	-0.2138	-0.0299	0.0924	-0.0555	-0.0384	0.0996	-0.0664	0.2314	137.547	108.686	48.644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	136 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	208 - 472
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	18 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	103 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	208 - 473

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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