PDB-5lov: DZ-2384 tubulin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lov

タイトル

DZ-2384 tubulin complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Shore, G.C. / Brouhard, G. / Roulston, A.

資金援助

カナダ, 4件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: The synthetic diazonamide DZ-2384 has distinct effects on microtubule curvature and dynamics without neurotoxicity.
著者: Wieczorek, M. / Tcherkezian, J. / Bernier, C. / Prota, A.E. / Chaaban, S. / Rolland, Y. / Godbout, C. / Hancock, M.A. / Arezzo, J.C. / Ocal, O. / Rocha, C. / Olieric, N. / Hall, A. / Ding, H. ...

履歴

登録	2016年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lov.cif.gz	890.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lov.ent.gz	731.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lov_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lov_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5lov_validation.xml.gz	80.2 KB	表示
CIF形式データ	5lov_validation.cif.gz	106.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5lov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5lov	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i4tS 4i55 5j2t S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6pc4-d 6agk-d 6br1-d 5xkg-d 4yj2-d 6k9v-d 6fkl-d 5xi5-d 5yz3-d 5ylj-d 5yl2-d 5m8g-d 6brf-d 5xp3-d 5lyj-d 6y4n-d 5osk-d 4i50-d 6y6d-d 6bs2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.160, 154.700, 180.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 146分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-71E / DZ 2384 / optimized synthetic derivative of diazonamide AB-5 分子量: 645.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₆FN₅O₇
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 4-10% PEG 4000, 4-6% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/Imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→77.35 Å / Num. obs: 112935 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 4.07 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / CC_1/2: 0.33 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.4→77.35 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	5650	5 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1911	112921	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→77.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16832	0	214	135	17181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	17531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.788	23814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.001	6501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	2613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.383	186	0.3794	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4273-2.4558	0.3614	188	0.3335	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.4858	0.383	185	0.3305	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5173	0.3761	190	0.3295	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5173-2.5504	0.4024	184	0.3095	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5853	0.3246	187	0.2935	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6223	0.36	186	0.2837	3532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6223-2.6614	0.3396	187	0.2892	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.703	0.3779	185	0.2891	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.7473	0.3354	185	0.2717	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7947	0.31	187	0.2573	3549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7947-2.8455	0.2962	186	0.2492	3534	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8455-2.9002	0.3513	186	0.2552	3511	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9002-2.9594	0.3025	188	0.2437	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0238	0.3043	187	0.2251	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0238-3.0941	0.277	188	0.2106	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0941-3.1715	0.3136	188	0.2277	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.2573	0.318	188	0.2183	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2573-3.3531	0.2818	189	0.2106	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3531-3.4613	0.2717	188	0.2013	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4613-3.5851	0.269	189	0.1945	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5851-3.7286	0.2227	188	0.1872	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7286-3.8983	0.2147	189	0.168	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8983-4.1038	0.2209	190	0.1582	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1038-4.3609	0.2193	188	0.1572	3571	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3609-4.6976	0.2082	190	0.1383	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6976-5.1702	0.1755	192	0.1477	3641	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1702-5.9181	0.2252	190	0.1638	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9181-7.4552	0.228	194	0.1731	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4552-77.3902	0.1795	202	0.1597	3817	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0614	-0.2113	-0.9363	3.5516	1.5083	3.1349	0.1106	0.2197	0.0999	-0.6072	0.1575	-0.3024	-0.5612	0.3195	-0.2408	0.6409	-0.024	0.0834	0.5623	-0.1226	0.516	29.9206	86.6354	51.0835
2	1.3136	-1.112	-0.789	4.4417	1.8043	4.3999	0.0483	-0.0643	0.1133	0.3833	-0.0383	0.2975	-0.0305	-0.1384	-0.0235	0.5454	0.064	0.0819	0.5427	-0.1148	0.555	18.1802	80.1022	65.3453
3	1.0559	-0.6464	-0.249	4.5612	1.983	1.9504	-0.0512	-0.2049	0.1967	0.6771	0.0402	0.3308	0.1876	-0.1514	0.0432	0.7844	0.0384	0.1284	0.6864	-0.1361	0.6018	17.9652	81.1849	72.918
4	2.1826	0.5887	-0.6832	2.7043	1.9017	6.5387	-0.272	-0.2814	-0.2104	0.6361	0.1671	-0.6099	0.6019	0.8096	0.1398	0.635	0.2193	-0.1375	0.6861	-0.0977	0.6888	32.9868	60.6187	60.0303
5	1.6486	0.1542	-0.2543	1.5757	0.6977	0.5679	-0.1282	0.6989	-0.0691	-0.1632	-0.1054	-0.3061	0.155	-0.09	0.1835	0.5901	0.1131	0.0885	0.4689	-0.1246	0.7506	22.4698	72.4696	54.1988
6	3.8988	-1.3836	-0.927	3.923	0.005	3.1679	0.1085	0.2398	0.767	-0.7115	-0.28	0.7026	-0.9155	-0.6307	0.134	0.9637	0.2148	-0.1571	0.6652	-0.0956	0.8578	13.9421	66.5921	19.1641
7	2.9611	0.0941	0.4747	3.7794	0.76	3.6808	0.108	0.2424	0.1891	-0.7315	-0.0542	-0.2724	-0.9094	0.3634	-0.0371	0.9011	0.0234	0.0714	0.7583	-0.0379	0.5985	27.9722	54.1653	13.919
8	2.0091	1.5315	-0.0564	3.4213	0.6264	3.8555	-0.0552	-0.2834	0.1769	-0.2153	0.0184	-0.0034	-0.4067	0.1293	0.0306	0.4614	0.0406	0.03	0.5287	-0.1074	0.4844	24.1633	50.8723	25.945
9	6.4621	-0.3847	1.6956	2.5837	-0.3111	3.0226	-0.3094	-1.1639	-0.0858	-0.2174	-0.2026	0.6833	-0.0787	-1.3099	0.5866	0.5604	0.0728	0.0137	0.8713	-0.2377	0.5888	5.1015	47.252	29.1945
10	1.5663	0.5133	0.8013	0.789	0.4283	1.8163	0.104	0.0643	0.1298	-0.004	-0.3807	0.479	-0.3884	-0.2052	0.2321	0.579	0.1494	-0.0101	0.6591	-0.3001	0.7399	11.2911	58.2165	36.1089
11	3.1044	0.1564	0.1922	3.5546	1.0298	1.685	-0.0395	-0.0205	-0.1356	0.5875	-0.3123	1.1676	-0.0627	-1.0437	0.3584	0.7931	0.0454	0.1049	0.9725	-0.2623	0.752	6.3249	56.8319	45.0171
12	1.8966	-0.7778	-1.1058	2.5015	2.4888	4.3761	-0.2281	-0.3025	-0.0608	0.7458	-0.1445	0.6708	0.8548	-0.2507	0.2733	0.5164	-0.025	0.0441	0.6965	-0.1225	0.5287	16.9948	39.0569	34.2879
13	1.605	0.0734	-1.0664	2.5982	1.6348	3.2122	-0.0685	-0.0783	-0.2702	0.7126	0.0185	-0.1663	0.6674	0.4099	0.036	0.6922	0.0198	-0.029	0.5648	-0.0124	0.5861	26.2951	36.8797	28.5181
14	1.5506	-0.4614	-0.4931	3.1613	0.344	1.7813	-0.0687	0.3269	0.1314	-0.2577	0.0303	-0.034	-0.2119	0.1057	0.0415	0.4197	-0.1129	-0.0001	0.5749	-0.025	0.4587	21.4505	31.6964	-12.3775
15	1.5161	-0.3736	-0.3009	2.0473	1.2558	2.6063	-0.0591	0.0411	-0.0039	0.0236	-0.01	0.2797	-0.0164	-0.2318	0.0658	0.3721	-0.0843	0.0119	0.4285	-0.0096	0.4133	9.3436	25.0692	3.0571
16	3.543	-0.8895	-0.268	3.4793	-0.0652	1.8092	-0.0996	0.6675	0.0601	-0.5588	0.0499	-0.0278	0.1134	-0.0616	0.0365	0.9251	-0.148	0.0824	1.2732	-0.1479	0.5845	17.3564	8.2213	-44.1598
17	2.0589	-0.0632	-0.37	1.7145	0.2661	2.2049	-0.07	0.6403	-0.3518	-0.4334	0.121	-0.21	0.332	0.1721	-0.0562	0.7898	-0.0623	0.0988	0.8505	-0.2781	0.6782	21.0087	-3.6323	-33.6996
18	1.8198	0.2225	0.2013	1.4697	0.624	2.3683	-0.2369	0.5274	-0.3814	0.0102	0.1528	0.0445	0.4011	-0.1436	0.1003	0.6405	-0.1413	0.0942	0.7094	-0.1682	0.617	9.2068	-4.9329	-21.0904
19	3.6674	-0.8918	-2.2084	1.837	0.1105	3.7983	-0.394	0.1441	-0.9298	0.3758	0.2537	-0.117	1.4524	1.1759	0.0528	1.1266	0.1367	-0.0012	1.0758	-0.3929	1.0753	30.1544	-17.8199	-24.4295
20	3.462	-0.3756	-1.1915	0.6913	0.8252	2.3613	-0.0619	-0.4984	0.8873	0.1691	0.4865	-0.3467	0.1129	0.4485	-0.448	1.1394	-0.0998	-0.0047	0.9899	-0.3231	0.8621	26.407	92.0688	79.4898
21	0.1093	-0.4752	-0.6169	3.8987	4.3254	5.0363	-0.1128	-0.0265	-0.0889	0.6827	0.5317	-0.3397	0.8476	0.7477	-0.5393	0.6778	0.0489	0.0085	0.958	-0.2563	0.84	43.2578	27.5267	4.4036
22	3.267	0.346	-1.2165	3.7496	0.6702	2.8274	-0.5577	0.3503	-0.7562	0.4118	0.4025	0.003	1.168	-0.213	0.1631	1.3366	-0.1022	0.2498	0.8599	-0.1709	1.007	6.4658	52.0985	69.7296
23	2.3956	0.1781	-1.0435	3.8061	-1.0915	3.7846	0.0582	-0.9249	-0.4868	0.588	-0.3113	-0.964	0.206	1.2935	0.2215	1.0877	0.1681	-0.1117	1.2119	0.1741	1.0942	13.8221	56.983	104.8125
24	1.8134	0.8594	-0.9781	1.5976	0.5035	2.7689	-0.3374	-0.1027	-0.7207	0.3003	0.1491	0.0424	0.5905	-0.0791	0.1945	1.2102	0.1058	0.274	0.6363	0.095	0.9945	-3.1475	53.8581	91.4601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 437)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 128 through 197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 198 through 223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 224 through 295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 296 through 373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 374 through 401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 402 through 436)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 198 through 440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 2 through 88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 89 through 295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 296 through 401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 402 through 441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 8 through 46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 47 through 141)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 1 through 66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 67 through 198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 199 through 380)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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