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- PDB-5loq: Structure of coproheme bound HemQ from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5loq
タイトルStructure of coproheme bound HemQ from Listeria monocytogenes
要素Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
キーワードOXIDOREDUCTASE / HemQ / heme biosynthesis / coproheme / heme b / Gram-positive pathogens
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme B biosynthetic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Apc35880; domain 1 / Coproheme decarboxylase / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FEC / Coproheme decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Puehringer, D. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Hydrogen peroxide-mediated conversion of coproheme to heme b by HemQ-lessons from the first crystal structure and kinetic studies.
著者: Hofbauer, S. / Mlynek, G. / Milazzo, L. / Puhringer, D. / Maresch, D. / Schaffner, I. / Furtmuller, P.G. / Smulevich, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
B: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
C: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
D: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
E: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,88819
ポリマ－143,7585
非ポリマー4,13014
水12,845713
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25920 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area45810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.687, 129.369, 77.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative heme-dependent peroxidase lmo2113 / UPF0447 protein lmo2113 / HemQ


分子量: 28751.527 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: lmo2113 / プラスミド: pET21(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8Y5F1, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III


分子量: 708.538 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H36FeN4O8
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M BICINE pH 9.0, 10% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.953721 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
詳細: Si(111) and Si (311) monochromators, cylindrical grazing incidence mirror bent to approximate to a toroidal curvature
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→49.004 Å / Num. obs: 162948 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26.81 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.1894 / Net I/σ(I): 2.93
反射 シェル解像度: 1.69→1.751 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.748 / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / CC1/2: 0.174 / % possible all: 98

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
XDSデータ削減
PHENIXdev_2443精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wws

4wws


解像度: 1.69→49.004 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 1976 1.22 %
Rwork0.1836 --
obs0.184 161814 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.76 Å2 / Biso mean: 42.5406 Å2 / Biso min: 17.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→49.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9801 0 498 713 11012
Biso mean--75.79 41.48 -
残基数----1203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12114049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8216044
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6901-1.73240.43091300.4143104521058290
1.7324-1.77920.38611390.386112621140197
1.7792-1.83160.37581400.359112801142097
1.8316-1.89070.35371380.3151113731151197
1.8907-1.95830.29951480.2719114881163699
1.9583-2.03670.2891390.2341114821162199
2.0367-2.12940.23261410.2127115501169199
2.1294-2.24170.18581450.1842115621170799
2.2417-2.38210.2121430.1703114381158198
2.3821-2.5660.20551420.1668116121175499
2.566-2.82420.21711420.167115761171899
2.8242-3.23280.21371420.1632115921173499
3.2328-4.07270.18511420.1421115411168398
4.0727-49.02490.16231450.1545116301177598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63060.1752-0.46510.1411-0.14530.33460.1163-0.1379-0.03460.0373-0.163-0.02120.29690.24610.01710.3263-0.0282-0.00910.3017-0.01010.2279-24.46028.8013105.6802
20.49140.3893-0.11850.45690.03130.13280.0618-0.3122-0.0945-0.11040.16450.27720.3015-0.93610.00050.3079-0.12220.01180.44420.03350.3554-36.1103-0.3168103.5132
30.60330.13460.24960.236-0.07370.13990.2141-0.4840.0546-0.0135-0.11790.33050.1552-0.3275-0.05320.2838-0.06360.01220.35280.0090.2596-27.34338.2695110.6552
40.00290.0004-0.0170.06170.08110.17870.194-0.3135-0.0274-0.1890.0045-0.06060.3680.1316-00.3466-0.0671-0.02220.29450.03090.2993-22.269-1.8329104.611
50.0486-0.0703-0.03450.07750.02670.03810.0437-0.3282-0.19710.022-0.0163-0.01780.0521-0.1250.00010.2637-0.0719-0.01210.2674-0.03110.2284-22.57088.8727102.1791
60.33180.10220.13990.31010.03860.12280.1559-0.58510.19140.36210.01440.0563-0.07580.6203-0.00040.5398-0.05130.06670.7004-0.00150.3882-16.73.906132.6629
70.11790.0387-0.1083-0.00180.03090.1770.0563-0.3580.00980.1924-0.02180.09150.1445-0.077500.2852-0.04230.02540.4389-0.01950.2433-24.197714.4989118.174
80.2056-0.2379-0.0290.24210.0410.02650.1440.07120.02450.03660.121-0.0468-0.19410.5866-0.00010.2987-0.05340.01470.4247-0.0360.2315-0.655721.7931122.5603
90.0749-0.00070.07870.5530.02820.1041-0.0168-0.5334-0.07920.5245-0.08440.01770.3909-0.1382-0.0390.4329-0.10720.0360.6079-0.05410.2489-12.970520.9233132.3008
100.40190.43310.24340.59480.39760.93030.0758-0.4350.04070.1211-0.07370.03970.1071-0.21050.0950.2654-0.04720.02940.4509-0.04470.2067-20.966519.4321120.1067
110.25250.1177-0.21210.03160.02150.67650.0057-0.34050.04440.05790.00090.0171-0.0306-0.2457-0.00040.2195-0.03050.00760.4114-0.00150.2435-25.933418.5941111.7237
121.3457-0.0959-0.1110.6311-0.29980.1602-0.1779-0.24450.07430.2058-0.09320.10950.3725-0.18570.00640.2179-0.00890.00960.2944-0.04960.2752-29.958629.382395.2121
130.5619-0.4746-0.03830.38890.04640.00850.01990.10750.0140.0132-0.06280.08350.316-0.14800.2242-0.0128-0.00240.3494-0.04670.323-42.751230.216789.982
140.44350.12290.39560.04260.02840.44750.0088-0.11940.2631-0.0174-0.05210.0965-0.042-0.235600.23480.02360.00480.2838-0.0470.3805-32.100634.750398.2005
150.0850.0286-0.02360.12130.06540.0574-0.0549-0.3656-0.05270.0336-0.17610.14850.6052-0.589-0.00030.29350.0050.01330.4329-0.01030.3733-37.200623.171100.9252
160.3779-0.121-0.17290.1529-0.00940.10870.0705-0.2670.00570.0273-0.06580.06810.0937-0.34820.00020.24560.0049-0.01140.3235-0.06330.296-27.976326.173195.7679
170.0419-0.0309-0.01430.0777-0.05030.0721-0.17490.0044-0.42260.50480.0670.4594-0.31780.4568-0.0080.5476-0.00280.07420.5955-0.21930.6362-35.174442.2465117.3341
180.4776-0.10540.60120.4728-0.37270.7950.083-0.38520.21610.0665-0.07260.00540.0003-0.0756-0.00430.2550.00010.01050.3446-0.11680.3369-18.788438.9195110.5186
19-0.00180.04490.0440.38920.10240.8767-0.0259-0.15210.19670.1991-0.04210.0851-0.047-0.46050.02320.37910.03270.04090.445-0.33690.4611-17.033248.9756118.6607
200.6725-0.18250.03980.45220.47290.57140.0065-0.19210.19450.0657-0.03360.0679-0.0803-0.0853-0.02220.22640.0324-0.00410.2679-0.11320.3294-20.766243.2517105.4158
210.63630.1162-0.52350.93570.00990.4405-0.011-0.00140.2073-0.0491-0.01060.1672-0.1098-0.006200.21480.0450.00780.2326-0.06520.3647-22.716839.282696.7644
220.5681-0.0165-0.44590.90580.32560.36720.10090.0165-0.03530.007-0.0965-0.18730.26130.13910.00040.330.0018-0.01190.21770.02550.2628-3.92152.035396.076
230.821-0.0649-0.10040.4109-0.59990.86950.08750.0888-0.56290.11650.04340.27330.2289-0.2005-0.01770.41680.0162-0.06540.1584-0.02770.3353-8.1213-11.880888.8843
240.47350.26010.37060.3579-0.22710.9325-0.0255-0.0983-0.18720.08330.0039-0.05350.19110.151-00.30720.02790.0010.21890.03350.2757-2.8853-3.133898.756
251.47490.06011.1860.25760.11990.9911-0.04750.93140.0668-0.18440.0278-0.12330.15880.43660.0170.38590.0121-0.00230.2570.00620.29660.8459-1.336386.548
260.19740.035-0.15270.18990.18910.2759-0.07040.04270.0568-0.07190.09420.00470.070.0225-00.3084-0.0118-0.00990.1714-0.01060.2392-6.42393.94792.8518
270.66960.0017-0.40940.05480.26011.3865-0.1545-0.6056-0.489-0.0189-0.0665-0.21660.12850.84420.02880.53040.0853-0.04520.47290.15730.411611.5034-4.4873107.3848
280.4184-0.2204-0.12320.18870.04020.63410.2497-0.5046-0.03890.2015-0.2842-0.0707-0.0060.156300.2948-0.0306-0.01490.36970.00320.2356.618515.2551111.1417
290.1139-0.14030.13910.196-0.15420.15580.1885-0.0347-0.3378-0.0713-0.0606-0.24240.32730.44570.00010.39110.0169-0.06820.72020.04040.438113.87418.8874120.5486
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321.17570.1597-0.0360.29690.05870.9958-0.01970.07720.0403-0.04570.0553-0.03710.00770.1396-00.26180.00530.00870.2415-0.00760.21264.588115.948276.3839
330.07810.0695-0.04960.093-0.11090.157-0.11740.31080.4178-0.2140.04310.4043-0.2068-0.0865-0.00020.29430.0237-0.0070.2958-0.00150.2760.312624.003271.7875
340.1398-0.1679-0.21020.41090.08240.39520.008-0.1673-0.07460.0396-0.0413-0.0182-0.05790.029300.2162-0.0072-0.00790.2228-0.00510.2144-1.869818.102780.7499
350.3883-0.13870.16430.3259-0.11640.1021-0.0534-0.29640.73470.0867-0.015-0.2739-0.32630.50460.00010.4122-0.0437-0.00010.65440.02280.51425.990132.604482.8399
360.9566-0.1436-0.00350.0421-0.04730.0493-0.0424-0.11670.0723-0.03870.0406-0.03230.06450.15450.00010.26050.00950.00540.298-0.02060.263313.132325.338394.4263
370.4250.00170.26550.15240.02560.1574-0.10470.04110.2489-0.13380.2116-0.403-0.0740.352-0.00010.2929-0.00690.01380.4918-0.03950.427824.632527.782499.5127
380.49450.16020.31290.1650.29010.6630.02580.07820.2175-0.03680.0207-0.25490.00410.1752-00.22380.01550.01140.2722-0.00180.257513.675621.786189.3847
390.4303-0.11470.20550.28430.33570.52790.0872-0.21450.0838-0.05950.0015-0.1363-0.03980.16790.00010.25270.0075-0.00350.345-0.00360.259615.482618.7909101.2792
400.5367-0.07650.13980.1930.11520.16750.04260.2335-0.15710.24030.2726-0.22230.34730.49180.00280.26190.03510.02950.2686-0.01790.24565.41245.100379.9634
410.7146-0.30630.10930.4655-0.26450.14160.04570.00340.2125-0.2502-0.0197-0.1579-0.3187-0.11470.02420.25030.0123-0.01320.1745-0.00090.2596-13.500433.925679.7591
420.16150.25190.16830.5720.03140.4375-0.07740.34070.3523-0.6837-0.00450.1293-0.14440.09970.00660.3827-0.008-0.08210.26710.06780.2921-18.83237.095967.3613
430.32870.23180.34270.19520.21440.4180.01110.04330.3894-0.4682-0.0574-0.0344-0.1577-0.02240.0030.25070.0155-0.03560.17210.03210.3413-10.512239.595978.7242
440.05390.0125-0.05350.1712-0.05940.05330.02360.16350.0680.0474-0.2060.40550.0692-0.45570.00030.27450.0414-0.01220.28740.01380.3461-23.225938.986980.473
451.1312-0.3902-0.51980.1817-0.02150.80660.10460.00150.46410.0676-0.0653-0.0436-0.24750.01470.00590.28150.008-0.03220.18030.01590.4087-9.787146.386784.1895
460.41640.23550.15480.12760.09050.0990.036-0.25940.1196-0.00780.03750.0021-0.02270.1972-00.2547-0.0028-0.00430.307-0.0620.3343-1.10242.0805100.7287
470.12310.08160.07240.2791-0.16730.24460.0004-0.38190.3486-0.22010.01230.1363-0.53330.1571-0.00010.4514-0.0571-0.03440.3963-0.0690.6376.173553.047898.5076
480.5993-0.15650.31450.30250.00350.22570.0116-0.13570.3099-0.02380.00150.0699-0.11610.043-00.2732-0.02330.00450.1748-0.01670.3458-3.233244.115588.6527
490.40870.12740.30960.14420.04970.21430.04580.0120.4171-0.05650.0575-0.081-0.19140.14780.00010.2727-0.0209-0.00180.2497-0.03520.38137.346240.744294.153
500.3914-0.2609-0.07060.37710.17370.3189-0.0930.11320.1932-0.0279-0.0272-0.1124-0.17210.4847-0.02230.29450.02390.02710.24140.04630.2639-5.230732.573971.3947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 29 )A4 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 52 )A30 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 78 )A53 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 92 )A79 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 107 )A93 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 108 through 134 )A108 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 151 )A135 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 152 through 163 )A152 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 164 through 181 )A164 - 181
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 182 through 221 )A182 - 221
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 222 through 251 )A222 - 251
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 6 through 29 )B6 - 29
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 30 through 52 )B30 - 52
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 53 through 78 )B53 - 78
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 79 through 92 )B79 - 92
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 93 through 107 )B93 - 107
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 108 through 134 )B108 - 134
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 135 through 163 )B135 - 163
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 164 through 181 )B164 - 181
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 182 through 221 )B182 - 221
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 222 through 251 )B222 - 251
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 3 through 29 )C3 - 29
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 30 through 52 )C30 - 52
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 53 through 78 )C53 - 78
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 79 through 92 )C79 - 92
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 93 through 107 )C93 - 107
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 108 through 142 )C108 - 142
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 143 through 163 )C143 - 163
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 164 through 180 )C164 - 180
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 181 through 239 )C181 - 239
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 240 through 251 )C240 - 251
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 2 through 78 )D2 - 78
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 79 through 92 )D79 - 92
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 93 through 107 )D93 - 107
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 108 through 134 )D108 - 134
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 135 through 163 )D135 - 163
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 164 through 181 )D164 - 181
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 182 through 208 )D182 - 208
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 209 through 233 )D209 - 233
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 234 through 251 )D234 - 251
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 6 through 29 )E6 - 29
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 30 through 52 )E30 - 52
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 53 through 78 )E53 - 78
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 79 through 92 )E79 - 92
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'E' and (resid 93 through 142 )E93 - 142
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'E' and (resid 143 through 163 )E143 - 163
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'E' and (resid 164 through 181 )E164 - 181
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'E' and (resid 182 through 208 )E182 - 208
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'E' and (resid 209 through 233 )E209 - 233
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'E' and (resid 234 through 251 )E234 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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