PDB-5lmj: Llama nanobody PorM_19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lmj

タイトル

Llama nanobody PorM_19

要素

nanobody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / Porphyromonas gingivalis / Type-9 Secretion System (T9SS)

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Leone, P. / Cambillau, C. / Roussel, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Camelid nanobodies used as crystallization chaperones for different constructs of PorM, a component of the type IX secretion system from Porphyromonas gingivalis.
著者: Duhoo, Y. / Roche, J. / Trinh, T.T.N. / Desmyter, A. / Gaubert, A. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P.

履歴

登録	2016年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年4月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lmj.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lmj.ent.gz	180.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5fwoC 5lmwC 5lz0C 4hemS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nml-2 2m8d-d 3p0c-2 3d1p-d 3umn-3 5eli-2 5zn9-2 4xkl-1 2mnw-d 4dxz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nanobody

B: nanobody

C: nanobody

D: nanobody

ヘテロ分子

59.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.258, 113.258, 153.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	nanobody 分子量: 14597.071 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Hepes pH4.5-5.5 0.4-1.2M NaH2PO4 0.4-1.2M KH2PO4 PH範囲: 4.5-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07224 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07224 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.1 Å / Num. obs: 58799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 54.06 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 1.353 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.652 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HEM

4hem

解像度: 2.1→46.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.135 / SU R_free Blow DPI: 0.124 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.119

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	2966	5.05 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.189	58723	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.8657 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.8657 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.7315 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3741	0	55	404	4200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3969	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	5388	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1324	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		84	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		597	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3969	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.04
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.94
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		488	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		4	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4509	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	196	4.61 %
R_work	0.228	4056	-
all	0.229	4252	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6693	-4.9867	1.1107	0.0012	1.1581	0.6113	0.063	-0.5937	-0.1475	0.1428	0.0247	-0.4069	0.0845	-0.2662	-0.0876	-0.1566	-0.0738	-0.0427	0.1042	0.1571	0.0329	9.597	-31.7585	-20.223
2	0	0.0797	-0.7954	1.9132	-1.5372	4.0777	0.0515	-0.7135	-1.1589	-0.0403	-0.0473	0.002	0.8546	-0.2943	-0.0042	0.0283	-0.174	-0.0553	0.2737	0.2992	0.479	7.8058	-45.0938	-18.384
3	0	-2.029	-0.0088	0.0282	0.8619	2.8871	0.1194	-0.0507	0.1207	0.0325	-0.1104	-0.0588	-0.0609	-0.4075	-0.009	-0.1983	-0.0335	0.0316	0.2258	0.1311	-0.0535	-0.9795	-24.4583	-25.9627
4	6.0868	-2.451	-0.8027	3.4371	-0.8665	5.0531	-0.0453	-0.0048	-0.7333	-0.2377	0.006	-0.0579	0.3884	-0.3271	0.0394	-0.2874	-0.1139	-0.0342	-0.0956	0.0948	-0.0186	8.3803	-36.7823	-30.5204
5	0	-4.5897	-3.5271	3.4118	1.9761	0	0.018	-0.1432	-0.3842	-0.8034	-0.3522	-0.2471	0.6127	0.185	0.3342	-0.1479	0.013	0.0512	-0.0286	0.0345	0.2888	16.7089	-40.2333	-34.8572
6	0.2859	2.6555	1.0555	4.2931	1.0507	3.0332	0.1225	0.2824	-0.956	-0.0279	0.0554	0.1745	0.3972	-0.6314	-0.178	-0.2948	-0.1627	-0.074	0.0597	0.0965	0.0119	-1.1651	-39.5577	-32.6968
7	1.2905	-3.7575	2.0835	3.5882	2.3638	3.5142	0.1246	0.0191	-0.659	-0.2088	0.2038	-0.1171	0.6348	-0.0697	-0.3285	-0.0872	-0.2285	-0.1227	-0.0711	0.0354	0.409	4.7894	-49.0502	-30.5406
8	3.2608	1.1882	0.2476	0	-1.5472	1.7812	0.1454	-0.2704	-0.7387	-0.1414	0.0062	0.0914	0.2808	-0.5396	-0.1516	-0.2277	-0.1574	-0.0371	0.1387	0.2048	0.0399	0.2039	-38.5824	-22.2736
9	1.448	1.7207	0.4179	2.5219	-1.4243	3.9962	0.0173	0.0075	-0.6531	-0.3046	0.0576	-0.2455	0.4753	-0.2318	-0.0748	-0.1874	-0.0853	0.0032	-0.0525	0.0407	0.0174	10.1285	-38.0548	-33.4973
10	3.4369	0.1944	0.2613	5.7761	-1.7554	4.6096	-0.0641	-0.1909	-0.7933	0.0096	0.1539	-0.2027	0.0937	-0.2769	-0.0898	-0.3347	-0.0941	0.02	-0.102	0.088	-0.0254	11.3243	-35.8811	-29.4003
11	0.1952	-4.6329	7.5376	6.9862	0.612	0.5704	0.2704	-0.4682	-0.6474	-0.5692	-0.2808	0.0854	0.313	0.006	0.0104	-0.3062	-0.0404	-0.0375	-0.0563	0.2568	0.0647	24.6471	-40.7728	-21.2741
12	1.2252	-0.7885	-1.1325	0.7583	1.1321	3.6704	-0.0386	-1.5993	-0.8099	0.4678	0.1807	0.3013	0.3589	-0.2158	-0.1421	-0.1492	-0.0639	0.0163	0.7616	0.6233	0.1751	21.9108	-42.726	-3.2677
13	0	0.9914	-1.4716	0	-0.0008	0	0.0143	0.2521	-0.0706	-0.5421	0.1353	-0.2236	0.2902	0.2095	-0.1496	-0.295	-0.0312	-0.117	0.2661	0.2395	0.4319	30.8809	-46.5757	-24.7113
14	7.2835	-0.4633	1.9072	0	-2.6543	0.1037	0.0386	-1.3287	-0.8355	0.1996	0.0279	-0.0278	0.217	0.2231	-0.0664	-0.5089	-0.0646	-0.0272	0.2572	0.3268	-0.3027	30.993	-34.2376	-11.8851
15	3.9855	-1.498	-0.903	4.1177	-1.4602	0.0527	0.1875	-0.3929	-0.8103	0.0276	-0.0101	-0.1146	0.484	0.2213	-0.1775	-0.2627	0.001	-0.0695	0.4404	0.5085	0.0491	40.0157	-41.9664	-9.6271
16	8.8417	0.2471	1.0971	0.4653	0.4747	5.2774	0.0351	-1.6906	-1.046	0.1605	-0.1833	0.065	0.1981	0.3729	0.1482	-0.3824	-0.021	-0.0963	0.3966	0.5892	-0.097	33.5241	-42.2544	-6.1994
17	4.8547	-0.6993	2.3426	3.8054	-0.9575	0.0262	-0.0105	-1.0918	-1.2454	-0.0008	0.2237	0.0769	0.4053	0.0066	-0.2132	-0.471	-0.0588	-0.0513	0.2833	0.6673	0.0019	28.4228	-45.4911	-7.6334
18	0.5508	3.1933	-0.1034	0	-0.8197	3.4439	-0.0006	-0.1618	-0.1784	0.203	0.0474	-0.0494	0.0848	-0.0579	-0.0468	-0.328	-0.0199	-0.0485	0.9681	0.3473	-0.4552	26.4476	-34.2551	4.1526
19	10.0958	-0.6298	-1.8672	0	-0.2083	2.6761	0.0828	0.154	-0.315	0.0514	0.0794	0.0402	0.5602	0.1299	-0.1621	-0.4813	-0.0083	-0.0084	0.1183	0.2566	-0.2675	31.7703	-32.7566	-18.8396
20	3.1508	-0.6636	1.5012	1.4408	-1.6696	5.5043	0.0598	-1.0002	-0.5561	0.2024	-0.0871	0.0263	0.0194	-0.057	0.0273	-0.3869	-0.0628	-0.0233	0.155	0.2368	-0.2097	26.9588	-33.6568	-13.4094
21	2.8007	1.7829	4.0934	2.5034	3.1668	2.0416	0.2252	0.4026	-0.0913	0.1094	-0.2331	-0.1268	0.3644	0.0254	0.0079	-0.3536	0.0815	-0.0634	0.1274	0.0274	-0.2377	59.8771	-39.3883	-25.2625
22	6.2137	-0.5097	-7.7355	0.7566	-1.6828	3.356	-0.0403	0.0255	-0.0103	-0.6053	0.061	-0.0001	0.0179	0.0926	-0.0207	-0.1811	0.0797	0.0457	0.9436	0.3703	-0.2856	64.546	-25.1474	-44.0128
23	8.508	-3.8299	3.1741	5.0082	-0.0804	0.048	0.1181	0.6132	-0.5065	-0.2087	0.051	0.3832	0.1237	0.0359	-0.1691	-0.3934	0.0427	-0.0849	0.2785	-0.0873	-0.3311	57.5334	-39.9492	-31.6661
24	3.2611	-2.5239	2.3647	3.2051	2.3178	3.8543	0.2197	1.0198	-0.2773	-0.5132	-0.1272	-0.2306	0.1354	-0.2605	-0.0924	-0.4325	0.0985	-0.0184	0.3417	0.1866	-0.2773	54.0516	-31.3944	-27.784
25	0	0.4801	-2.2675	0	4.5005	7.4487	0.1006	0.3308	0.6581	-0.2557	0.1259	0.1585	-0.0395	-0.2828	-0.2265	-0.4741	0.1319	-0.0147	0.3155	0.362	-0.1439	54.6068	-21.5013	-26.1376
26	9.847	1.0473	0.6901	0.3232	-1.5607	4.6829	0.3513	1.6692	0.0083	-0.5455	-0.121	-0.018	-0.1914	-0.6778	-0.2304	-0.5047	0.0897	-0.05	0.6018	0.1834	-0.4321	45.8122	-31.6422	-33.5641
27	6.2403	-1.09	1.3797	1.3789	-0.0559	2.2501	0.2292	1.4233	-0.0411	-0.3778	0.1162	0.1836	0.1909	-0.5876	-0.3454	-0.494	0.1011	-0.0849	0.7556	0.0998	-0.4681	51.0938	-34.9391	-37.812
28	2.9576	-0.3235	2.4336	0	1.613	2.9576	0.1815	1.383	-0.1028	-0.2206	-0.0015	0.1604	-0.1107	0.0704	-0.18	-0.4659	0.1282	-0.0398	0.6007	0.0736	-0.434	55.5265	-34.7046	-38.6516
29	1.7417	1.8461	-1.0768	0	-3.7663	0.7635	-0.0453	0.0678	-0.0414	-0.1206	0.0416	-0.1183	-0.3389	0.1153	0.0037	-0.2901	0.0983	0.0534	0.5892	0.4991	-0.1385	58.9801	-19.7334	-39.252
30	5.7909	-0.5781	2.0009	0	0.176	0.9971	0.2143	0.8009	0.0005	-0.1778	0.0374	0.057	0.1007	-0.2238	-0.2517	-0.4689	0.0459	-0.0062	0.0855	0.1898	-0.316	54.4923	-30.9856	-23.893
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33	4.8924	0.1942	-0.2635	2.2446	-0.4645	2.4422	0.223	-0.512	0.2191	0.0364	-0.0814	-0.0902	-0.1859	0.1011	-0.1416	-0.192	-0.0778	-0.0034	0.053	0.0274	-0.1342	22.5709	-20.3134	-24.9893
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35	4.5747	8.8509	0.5752	5.6957	1.6516	6.0633	0.0482	-0.5136	0.5229	0.5134	0.1333	-0.7383	-0.4737	0.4127	-0.1815	-0.1874	-0.1466	0.0036	0.088	0.0026	-0.0692	30.2115	-12.218	-23.9867
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37	5.2549	0.8021	0.0731	1.3273	-0.0771	4.2141	0.3746	-1.1213	0.8533	0.2912	-0.0772	0.0592	-0.4497	0.0676	-0.2974	-0.1698	-0.1274	0.0932	0.135	-0.1582	-0.1059	16.5667	-11.1169	-14.4655
38	2.4435	1.0634	-1.9052	0.0021	-3.2886	3.713	-0.1149	-0.3355	-0.0547	-0.2583	0.0134	-0.0499	0.0653	0.2528	0.1014	-0.0707	-0.0768	0.0367	-0.1779	0.0078	-0.1482	25.7807	-15.9613	-38.0666
39	3.2291	2.2153	-1.2522	5.4092	0.1402	2.989	0.0772	-0.4315	0.2441	-0.2108	0.2363	0.145	-0.2503	0.0332	-0.3134	-0.2144	-0.0443	0.0116	-0.0888	0.0231	-0.1708	19.8725	-19.4	-30.9989
40	2.7452	-0.0997	-0.7457	0	-3.6889	3.9358	-0.0527	-0.7055	0.4524	0.4219	0.0959	0.2026	-0.3153	-0.0992	-0.0432	-0.17	-0.0627	0.0676	0.3421	-0.1292	0.0038	10.6088	-13.5813	-11.3934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - 12 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|13 - 22 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|23 - 31 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|32 - 41 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|42 - 46 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|47 - 60 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|61 - 69 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|70 - 86 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|87 - 106 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|107 - 113 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|1 - 6 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|7 - 24 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|25 - 30 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ B\|31 - 53 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ B\|54 - 60 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ B\|61 - 76 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ B\|77 - 84 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ B\|85 - 90 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ B\|91 - 106 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ B\|107 - 113 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ C\|1 - 7 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ C\|8 - 16 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ C\|17 - 29 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ C\|30 - 42 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ C\|43 - 47 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ C\|48 - 63 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ C\|64 - 76 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ C\|77 - 85 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ C\|86 - 92 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ C\|93 - 113 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{ D\|1 - 12 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{ D\|13 - 22 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{ D\|23 - 42 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{ D\|43 - 48 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{ D\|49 - 60 }
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{ D\|61 - 80 }
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{ D\|81 - 96 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{ D\|97 - 100 }
39	X-RAY DIFFRACTION	39	{ D\|101 - 105 }
40	X-RAY DIFFRACTION	40	{ D\|106 - 113 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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