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- PDB-5lli: pVHL:EloB:EloC in complex with VH298 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lli
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with VH298
要素
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
  • Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / protein complex / ubiquitin ligase / hypoxia inducible factor / chemical probe
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Z3 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gadd, M.S. / Soares, P. / Galdeano, C. / Ciulli, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Potent and selective chemical probe of hypoxic signalling downstream of HIF-alpha hydroxylation via VHL inhibition.
著者: Frost, J. / Galdeano, C. / Soares, P. / Gadd, M.S. / Grzes, K.M. / Ellis, L. / Epemolu, O. / Shimamura, S. / Bantscheff, M. / Grandi, P. / Read, K.D. / Cantrell, D.A. / Rocha, S. / Ciulli, A.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Transcription elongation factor B polypeptide 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 1
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,04416
ポリマ－166,94912
非ポリマー2,0954
水13,295738
1
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2614
ポリマ－41,7373
非ポリマー5241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2614
ポリマ－41,7373
非ポリマー5241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Transcription elongation factor B polypeptide 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 1
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2614
ポリマ－41,7373
非ポリマー5241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2614
ポリマ－41,7373
非ポリマー5241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.643, 94.643, 368.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
12B
22E
32H
42K
13C
23F
33I
43L
14C
24F
34I
15C
25F
35I
45L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 999
2114D1 - 999
3114G1 - 999
4114J1 - 999
1124B1 - 999
2124E1 - 999
3124H1 - 999
4124K1 - 999
1134C1 - 169
2134F1 - 169
3134I1 - 169
4134L1 - 169
1144C170 - 186
2144F170 - 186
3144I170 - 186
1154C186 - 999
2154F186 - 999
3154I186 - 999
4154L186 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999655, 0.023274, -0.012205), (-0.023219, 0.99972, 0.004598), (0.012309, -0.004313, 0.999915)-3.69526, 48.726471, -0.50762
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4given(0.998883, -0.040249, 0.024761), (0.041813, 0.996927, -0.06625), (-0.022018, 0.067211, 0.997496)47.56818, 7.53619, -4.04942
5given(1), (1), (1)
6given(0.999797, 0.018161, -0.00871), (-0.01815, 0.999834, 0.001276), (0.008732, -0.001117, 0.999961)-3.96956, 48.630138, -0.40735
7given(0.998483, -0.049892, 0.023303), (0.052109, 0.992899, -0.106944), (-0.017802, 0.107996, 0.993992)41.633438, 57.469551, -0.64636
8given(0.998994, -0.028179, 0.034878), (0.031314, 0.995184, -0.092883), (-0.032093, 0.093882, 0.995066)46.373852, 8.94362, -5.40245
9given(1), (1), (1)
10given(0.999895, -0.014446, 0.001288), (0.01447, 0.999667, -0.021388), (-0.000979, 0.021404, 0.99977)-4.52628, 48.859539, -0.03576
11given(0.998241, -0.054905, 0.02239), (0.055865, 0.997433, -0.044798), (-0.019872, 0.04597, 0.998745)41.390491, 52.584339, -0.68518
12given(0.998625, -0.044268, 0.028072), (0.04511, 0.998528, -0.030119), (-0.026697, 0.031344, 0.999152)47.504589, 3.94316, -2.45202
13given(1), (1), (1)
14given(0.999971, -0.004676, -0.005988), (0.004539, 0.999735, -0.022557), (0.006092, 0.022529, 0.999728)-4.08267, 49.206131, -0.31264
15given(0.992634, -0.090672, -0.080353), (0.087776, 0.995381, -0.038877), (0.083507, 0.031537, 0.996008)49.365601, 52.722179, -0.98137
16given(1), (1), (1)
17given(0.999652, -0.023796, 0.011387), (0.023814, 0.999715, -0.001422), (-0.01135, 0.001692, 0.999934)-5.44658, 46.56852, 0.45162
18given(0.995671, -0.086468, 0.034109), (0.087978, 0.995079, -0.04559), (-0.029999, 0.048394, 0.998378)40.340691, 52.619019, -0.67889
19given(0.999179, -0.020607, 0.034881), (0.021551, 0.999406, -0.026903), (-0.034306, 0.027633, 0.999029)45.544991, 3.13672, -2.33902

-
要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-6Z3 / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(1-cyanocyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 523.647 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N5O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: PEG 3350, MgOAc, Sodium cacodylate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.55 Å / Num. obs: 66540 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.4670.852.30.804199.5
11.26-49.555.90.02637.11198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0073位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VCB

1vcb


解像度: 2.4→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 17.013 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.3935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.263
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 3358 5.1 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.199 63122 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.49 Å2 / Biso mean: 48.182 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10619 0 148 738 11505
Biso mean--40.63 43.33 -
残基数----1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01911017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3272.00214992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7873.00424205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.10551323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55623.347484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.705151807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0191588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8971.5845352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8961.5845351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.143.5456655
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1584MEDIUM POSITIONAL0.310.5
12D1584MEDIUM POSITIONAL0.290.5
13G1584MEDIUM POSITIONAL0.330.5
14J1584MEDIUM POSITIONAL0.330.5
11A1584MEDIUM THERMAL3.692
12D1584MEDIUM THERMAL4.092
13G1584MEDIUM THERMAL5.832
14J1584MEDIUM THERMAL4.452
21B1358MEDIUM POSITIONAL0.40.5
22E1358MEDIUM POSITIONAL0.370.5
23H1358MEDIUM POSITIONAL0.40.5
24K1358MEDIUM POSITIONAL0.40.5
21B1358MEDIUM THERMAL6.432
22E1358MEDIUM THERMAL4.382
23H1358MEDIUM THERMAL6.12
24K1358MEDIUM THERMAL4.552
31C1674MEDIUM POSITIONAL0.340.5
32F1674MEDIUM POSITIONAL0.380.5
33I1674MEDIUM POSITIONAL0.360.5
34L1674MEDIUM POSITIONAL0.360.5
31C1674MEDIUM THERMAL3.122
32F1674MEDIUM THERMAL4.012
33I1674MEDIUM THERMAL3.512
34L1674MEDIUM THERMAL4.382
41C252MEDIUM POSITIONAL0.40.5
42F252MEDIUM POSITIONAL0.370.5
43I252MEDIUM POSITIONAL0.710.5
41C252MEDIUM THERMAL8.582
42F252MEDIUM THERMAL2.962
43I252MEDIUM THERMAL9.732
51C236MEDIUM POSITIONAL0.510.5
52F236MEDIUM POSITIONAL0.450.5
53I236MEDIUM POSITIONAL0.490.5
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51C236MEDIUM THERMAL5.852
52F236MEDIUM THERMAL7.192
53I236MEDIUM THERMAL6.052
54L236MEDIUM THERMAL7.162
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 252 -
Rwork0.26 4531 -
all-4783 -
obs--98.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8071-0.83940.85823.0267-2.02543.49920.0770.27580.0439-0.4579-0.2552-0.15390.19020.35240.17820.18220.02260.02270.1710.0150.010744.71464.80647.6
22.6948-0.30130.28031.6453-0.80793.4199-0.0832-0.01210.01470.0024-0.019-0.1975-0.03620.02430.10220.07130.02610.00420.19390.02440.026448.32561.13165.186
34.5325-0.9942-1.76781.61340.74971.4423-0.0373-0.053-0.05970.1404-0.018-0.01620.0314-0.00540.05530.1244-0.0509-0.02050.27340.08020.027427.31654.33182.344
42.9078-0.60713.08861.6389-1.37826.4609-0.11830.94620.1523-0.2669-0.0710.0837-0.6991.6790.18930.3272-0.2226-0.01580.70780.03860.047148.2718.07447.317
54.69210.12772.63110.4523-0.8424.5575-0.17930.839-0.01430.09940.1064-0.0519-0.22660.66820.0730.1611-0.04340.02540.4467-0.03330.018552.814.08865.121
65.1537-0.8323-1.01661.91780.57641.824-0.0337-0.0235-0.11510.1050.0225-0.087-0.0189-0.09220.01120.129-0.0279-0.01380.2040.02930.013831.7917.7582.037
74.3267-1.29580.55891.944-1.02593.1436-0.01980.36980.1697-0.1828-0.04210.0294-0.21630.31160.06190.2095-0.06990.00730.42570.05060.0213.13412.98347.459
85.69951.2904-1.24971.8795-0.91782.0598-0.2601-0.84290.17240.05180.08120.0096-0.25880.53460.17890.2233-0.0026-0.00630.71430.01350.04466.76910.83565.243
93.2488-0.7225-1.85421.5399-0.15444.6451-0.0861-0.3005-0.05270.0149-0.10260.03230.09420.8320.18870.073-0.0169-0.00570.39390.03310.0107-14.4736.78982.326
103.0315-0.9111-0.7962.4217-0.57862.81990.00020.1947-0.0131-0.1881-0.1240.1019-0.050.24090.12380.1722-0.0278-0.01710.22510.0440.0202-0.88760.62347.726
113.07230.08260.15870.9022-0.76872.8039-0.1465-0.18670.05090.11-0.0092-0.0191-0.10610.370.15570.1206-0.00850.00920.32380.05250.01672.12658.50665.494
122.8403-0.4179-1.66521.38880.04793.3203-0.1264-0.23450.0135-0.0043-0.04670.02250.10970.36720.17310.0913-0.0184-0.01270.27510.06520.0269-19.06653.9682.603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3C62 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5E16 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F62 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H16 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9I62 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11K16 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12L62 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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