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- PDB-5lkq: Protease domain of RadA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lkq
タイトルProtease domain of RadA
要素DNA repair protein RadA
キーワードHYDROLASE / Helicase / recombination / DNA-binding / Lon-protease
機能・相同性
機能・相同性情報


recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein RadA / Subunit ChlI of Mg-chelatase / AAA domain / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RadA / DNA repair protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Rapisarda, C. / Fronzes, R.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European Research CouncilMolStrucTransfo 281149 フランス
French National Research AgencyANR-10-BLAN-1331 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Bacterial RadA is a DnaB-type helicase interacting with RecA to promote bidirectional D-loop extension.
著者: Marie, L. / Rapisarda, C. / Morales, V. / Berge, M. / Perry, T. / Soulet, A.L. / Gruget, C. / Remaut, H. / Fronzes, R. / Polard, P.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6172
ポリマ－42,6172
非ポリマー00
水1,838102
1
A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA

A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA

A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8516
ポリマ－127,8516
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area11280 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area40930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.457, 88.457, 127.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RadA


分子量: 21308.561 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 243-432 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Variant: R800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0T7K9X0, UniProt: Q8DRP0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 9% PEG4000, 100 mM Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49 Å / Num. all: 75391 / Num. obs: 12915 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.236 / Rsym value: 0.05944 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 2.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured obs: 8172 / Num. unique all: 1452 / CC1/2: 0.39 / Rpim(I) all: 1.597 / Rrim(I) all: 2.783 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2474: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.498→49.003 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 654 5.07 %
Rwork0.1861 --
obs0.1891 12908 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→49.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2680 0 0 102 2782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0263665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.461673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4978-2.69070.30961290.23722448X-RAY DIFFRACTION99
2.6907-2.96140.26471260.21852455X-RAY DIFFRACTION100
2.9614-3.38990.26761300.21672444X-RAY DIFFRACTION100
3.3899-4.27050.2461380.17862447X-RAY DIFFRACTION100
4.2705-49.01260.21451310.15992460X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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