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万見
- PDB-5lkf: Bovine beta-lactoglobulin complex with myristic acid at high pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lkf
タイトルBovine beta-lactoglobulin complex with myristic acid at high pressure (0.55 GPa)
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA-LACTOGLOBULIN / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kurpiewska, K. / Lewinski, K. / Garbacz, K.
引用ジャーナル: Food Chem / 年: 2019
タイトル: Towards understanding the effect of high pressure on food protein allergenicity: beta-lactoglobulin structural studies.
著者: Kurpiewska, K. / Biela, A. / Loch, J.I. / Lipowska, J. / Siuda, M. / Lewinski, K.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_remark / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_PDB_remark.text
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5302
ポリマ－18,3011
非ポリマー2281
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.757, 52.757, 110.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.34 M CITRIC SODIUM, 0.1 M TRIS-HCL,

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: high pressure, 550 MPa
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 0.7107 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→7.36 Å / Num. obs: 5846 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 23.1 % / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.48 / Rpim(I) all: 0.167 / Rrim(I) all: 0.0858 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 135275 / Scaling rejects: 32
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 24.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6174 / Num. measured all: 23687 / Num. unique all: 954 / CC1/2: 0.381 / Rpim(I) all: 1.214 / Rrim(I) all: 0.6302 / Net I/σ(I) obs: 0.8 / Rejects: 0 / % possible all: 93.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å7.36 Å
Translation2.5 Å7.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrysalisProデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UEV

3uev


解像度: 2.5→7.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.685 / SU B: 24.526 / SU ML: 0.535 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.56 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3975 800 13.7 %RANDOM
Rwork0.2557 ---
obs0.275 5045 89.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.8 Å2 / Biso mean: 32.013 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→7.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 16 30 1326
Biso mean--28.5 17.76 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5542.0031814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84433096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9075167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.56626.84257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.10915257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.295153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0673.204656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0663.201655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5944.793821
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 65 -
Rwork0.408 309 -
all-374 -
obs--91.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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