PDB-5liv: Crystal structure of myxobacterial CYP260A1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5liv

タイトル

Crystal structure of myxobacterial CYP260A1

要素

Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 1-alpha-hydroxylase / steroid / Sorangium cellulosum / redox pool

機能・相同性

機能・相同性情報

C-19 steroid 1alpha-hydroxylase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sorangium cellulosum So ce56 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Carius, Y. / Khatri, Y. / Bernhardt, R. / Lancaster, C.R.D.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of CYP260A1 from Sorangium cellulosum to investigate the 1 alpha-hydroxylation of a mineralocorticoid.
著者: Khatri, Y. / Carius, Y. / Ringle, M. / Lancaster, C.R. / Bernhardt, R.

履歴

登録	2016年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5liv.cif.gz	329.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5liv.ent.gz	268 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5liv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5liv_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5liv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5liv_validation.xml.gz	64.9 KB	表示
CIF形式データ	5liv_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5liv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5liv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hiwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6m4p-1 3ofu-5 2yvo-1 2z3t-1 6f85-1 3ofu-4 3b4x-d 6p9n-d 5mnv-7 1ue8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

B: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

C: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

D: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

ヘテロ分子

205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	234.560, 234.560, 96.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- SO4
2	1	A-678- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	A	A	51 - 446	51 - 446
2	1	MET	MET	B	B	51 - 446	51 - 446
1	2	ASP	ASP	A	A	52 - 445	52 - 445
2	2	ASP	ASP	C	C	52 - 445	52 - 445
1	3	ASP	ASP	A	A	52 - 446	52 - 446
2	3	ASP	ASP	D	D	52 - 446	52 - 446
1	4	PHE	PHE	B	B	53 - 445	53 - 445
2	4	PHE	PHE	C	C	53 - 445	53 - 445
1	5	ASP	ASP	B	B	52 - 446	52 - 446
2	5	ASP	ASP	D	D	52 - 446	52 - 446
1	6	ASP	ASP	C	C	52 - 445	52 - 445
2	6	ASP	ASP	D	D	52 - 445	52 - 445

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1 分子量: 49816.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sorangium cellulosum So ce56 (バクテリア) 遺伝子: sce1588 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A9FDB7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

#1: タンパク質

Cytochrome P450 CYP260A1,Cytochrome P450 CYP260A1

分子量: 49816.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sorangium cellulosum So ce56 (バクテリア)
遺伝子: sce1588 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9FDB7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
非ポリマー , 6種, 376分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 MES monohydrate, pH 6.5, with 1.6 M magnesium sulphate heptahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→69.93 Å / Num. obs: 86158 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.6 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.67→2.72 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
iMOSFLM	7.1.1	データ削減
Aimless	0.3.11	データスケーリング
MOLREP	11.02.05	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HIW

5hiw

解像度: 2.67→69.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 9.064 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2232	4262	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18731	-	-	-
obs	0.1891	81873	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.066 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.24 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→69.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12130	0	359	337	12826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	12799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	12301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.92	2	17401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.583	3	28096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.575	5	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.753	21.951	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.158	15	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.607	15	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	14394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.895	4.08	6293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.89	4.08	6292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.976	6.108	7858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.976	6.109	7859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.983	4.667	6506
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.907	4.648	6474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.612	6.72	9495
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.882	32.571	14726
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.882	32.571	14727
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20854	0.16
1	2	B	20854	0.16
2	1	A	22602	0.14
2	2	C	22602	0.14
3	1	A	22093	0.15
3	2	D	22093	0.15
4	1	B	20823	0.17
4	2	C	20823	0.17
5	1	B	20903	0.16
5	2	D	20903	0.16
6	1	C	21713	0.15
6	2	D	21713	0.15

LS精密化シェル

解像度: 2.67→2.739 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	306	-
R_work	0.295	5894	-
obs	-	-	98.01 %

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