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Yorodumi- PDB-5lgw: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor D394A mutant co-cryst... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lgw | ||||||||||||
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Title | GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor D394A mutant co-crystallised with maltodextrin | ||||||||||||
Components | Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha-glucan biosynthesis / glycoside hydrolase family 13_3 / transferase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / oligosaccharide catabolic process / hexosyltransferase activity / alpha-amylase activity Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||||||||
Authors | Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Mia, F. / Barclay, J.E. / Tang, M. / Gorelik, A. / Rashid, A.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S. | ||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 3items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Ligand-bound structures and site-directed mutagenesis identify the acceptor and secondary binding sites of Streptomyces coelicolor maltosyltransferase GlgE. Authors: Syson, K. / Stevenson, C.E. / Miah, F. / Barclay, J.E. / Tang, M. / Gorelik, A. / Rashid, A.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lgw.cif.gz | 554 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lgw.ent.gz | 456.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lgw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5cvsC 5lgvC 3zstS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 15 - 662 / Label seq-ID: 35 - 682
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 77520.836 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D394A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: D394A variant expressed with a twenty residue nickel affinity tag with sequence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH appended to the N-terminus of the full-length amino acid sequence being derived from the pET-15b vector Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor (bacteria) / Gene: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): pLysS References: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring) |
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-Sugars , 4 types, 6 molecules
#2: Polysaccharide | #3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-[alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 3 types, 1097 molecules
#6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-CIT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.02 % / Description: NULL |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: NULL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2011 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→81.4 Å / Num. obs: 147828 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/av σ(I): 17.5 / Net I/σ(I): 17.5 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ZST Resolution: 1.95→81.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.806 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1507 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.113 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.47 Å2 / Biso mean: 33.996 Å2 / Biso min: 7.08 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→81.4 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 43810 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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