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- PDB-5lgv: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor E423A mutant soaked i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lgv
タイトルGlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor E423A mutant soaked in maltooctaose
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / hydrolase / alpha-glucan biosynthesis / glycoside hydrolase family 13_3
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltopentaose / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Mia, F. / Barclay, J.E. / Tang, M. / Gorelik, A. / Rashid, A.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I012850/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilDoctoral Training Partnership 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Ligand-bound structures and site-directed mutagenesis identify the acceptor and secondary binding sites of Streptomyces coelicolor maltosyltransferase GlgE.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E. / Miah, F. / Barclay, J.E. / Tang, M. / Gorelik, A. / Rashid, A.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3016
ポリマ－155,0142
非ポリマー4,2884
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13200 Å2
ΔGint64 kcal/mol
Surface area50620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.611, 113.611, 313.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1


分子量: 77506.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: E423A variant expressed with a twenty residue nickel affinity tag with sequence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH appended to the N-terminus of the full-length amino acid sequence being derived from the pET-15b vector
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.33 % / 解説: NULL
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.92 Å / Num. obs: 72101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/av σ(I): 17.9 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.568.20.9042.30.6281100
11.18-49.9213.50.0310.999199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
REFMAC位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4CN6

4cn6


解像度: 2.5→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 16.796 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.3029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.212
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 3560 4.9 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1805 68441 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.66 Å2 / Biso mean: 65.669 Å2 / Biso min: 30.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.56 Å20 Å20 Å2
2--2.56 Å20 Å2
3----5.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10144 0 290 447 10881
Biso mean--93.32 53.79 -
残基数----1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.93414883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.948322813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24351314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3422.39498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.227151526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2415103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.282.1335208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2782.1325207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0983.1956511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0983.1966512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2742.6555626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2742.6575627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.473.9378364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.60928.44411773
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.60327.68811623
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 274 -
Rwork0.314 4966 -
all-5240 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50730.11090.38510.31490.23626.7609-0.00110.2856-0.014-0.1134-0.1061-0.09210.4060.49130.10720.40510.13040.11510.237-0.00890.456542.6042-32.1084-4.9192
21.3335-0.431-2.39570.16380.75114.3998-0.4649-0.1502-0.13660.03370.088-0.00161.03570.45190.3770.87770.23440.16520.9317-0.20240.792152.1653-42.8038-17.3091
30.9242-0.8728-0.39244.2212-0.15171.8999-0.028-0.14290.06630.37970.0034-0.0483-0.07850.03540.02450.4895-0.0396-0.02010.052-0.03350.377234.7714-22.582439.2535
41.16790.18980.17792.318-0.99752.19260.17770.1221-0.2271-0.239-0.02870.12780.594-0.0584-0.1490.52930.019-0.02090.0207-0.01990.435528.883-43.283222.7329
51.4095-0.1849-0.25831.62560.27516.9547-0.05230.05690.01260.0042-0.1420.0602-0.1346-0.18610.19430.35240.04520.00320.0337-0.07140.424921.105-10.28423.8364
60.3428-0.6181-0.97381.39442.64416.26440.0938-0.02450.082-0.0917-0.29320.1265-0.3459-1.41730.19940.5340.080.08690.6613-0.06230.70811.1518-0.948116.1662
74.8002-0.809-0.13781.29120.47622.0677-0.04410.3831-0.1776-0.3648-0.0586-0.01220.03320.01450.10270.582-0.03490.03930.3882-0.08440.400725.6114-23.374-42.1945
81.622-0.10080.95911.30070.31782.7766-0.0451-0.1367-0.2159-0.0282-0.07080.26320.1134-0.81220.11590.416-0.00210.01030.4279-0.11160.484311.1968-25.3267-22.9884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3A214 - 395
4X-RAY DIFFRACTION4A396 - 663
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6B116 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7B215 - 361
8X-RAY DIFFRACTION8B362 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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