PDB-5lgs: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P2C3u

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lgs

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P2C3u

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1
Polyadenylate-binding protein 1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / translation activator activity / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone H3R2 methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / translation activator activity / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Estrogen-dependent gene expression / Deadenylation of mRNA / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / positive regulation of cytoplasmic translation / protein-arginine N-methyltransferase activity / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Translation initiation complex formation / histone methyltransferase activity / cell leading edge / nuclear replication fork / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to cAMP / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / catalytic step 2 spliceosome / nuclear receptor coactivator activity / mRNA 3'-UTR binding / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / lysine-acetylated histone binding / mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / RNA polymerase II transcription regulator complex / lamellipodium / methylation / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Transition state mimics are valuable mechanistic probes for structural studies with the arginine methyltransferase CARM1.
著者: van Haren, M.J. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cianciulli, A. / Sbardella, G. / Cavarelli, J. / Martin, N.I.

履歴

登録	2016年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5lgs.ent.gz	693.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lgs_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lgs_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
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CIF形式データ	5lgs_validation.cif.gz	76.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lgpC 5lgqC 5lgrC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lgp-d 5dwq-d 5lv2-2 5dx0-d 5is6-d 2y1w-d 5lv2-1 6s7c-d 5lgr-d 2y1x-d 5isg-d 5lv3-d 6s77-d 6arj-d 6s70-d 6s7a-d 6s79-d 5k8x-d 5lgq-d 5is7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (14) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (14)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

E: Polyadenylate-binding protein 1

F: Polyadenylate-binding protein 1

G: Polyadenylate-binding protein 1

H: Polyadenylate-binding protein 1

ヘテロ分子

169 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.986, 98.596, 208.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1 分子量: 940.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PABP1(456-466) PAAPRPPFSTM / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1

分子量: 940.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PABP1(456-466) PAAPRPPFSTM / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940

-
非ポリマー , 7種, 597分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-QVR / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol 分子量: 277.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.5 100 mM PEG 3350 20 % A.S. 200 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.971 Å / Num. obs: 90877 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.93 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 2.753 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.1→47.971 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2147	4503	4.96 %	Random selection
R_work	0.1863	-	-	-
obs	0.1877	90760	99.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11266	0	135	584	11985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.516	15913
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.443	6988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1729
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2089

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.377	133	0.3386	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.3509	153	0.3227	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.3111	158	0.3186	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.3444	142	0.3104	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.3642	173	0.309	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2622	0.3199	144	0.2896	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2945	0.2828	155	0.276	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.2533	140	0.2555	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.3178	123	0.2484	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2659	149	0.2417	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.24	161	0.2265	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.247	151	0.2253	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2559	127	0.2143	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2473	165	0.215	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2331	143	0.211	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7073	0.2349	157	0.2058	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.2682	130	0.215	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.85	0.2484	156	0.2062	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9339	0.2281	143	0.1931	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.0286	0.2151	148	0.1943	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0286-3.1368	0.2016	167	0.1984	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1368-3.2624	0.2175	138	0.1884	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2624-3.4108	0.22	150	0.185	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4108-3.5906	0.2089	133	0.1698	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5906-3.8154	0.1898	155	0.15	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8154-4.1099	0.1606	173	0.137	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1099-4.5232	0.1519	155	0.1281	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5232-5.1771	0.1605	136	0.1214	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1771-6.5199	0.1856	168	0.1614	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5199-47.9837	0.1949	177	0.1766	3072	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4065	0.0896	-0.2279	0.8177	-0.0296	0.9611	0.0051	-0.1664	0.1668	0.0824	-0.0362	0.016	-0.0495	0.09	0	0.3192	-0.0485	0.0288	0.206	-0.0766	0.3172	55.1006	40.0472	134.3161
2	0.9707	0.3872	0.3154	-0.4467	0.1055	0.4057	0.0047	-0.0168	-0.0198	0.0099	0.0171	0.0451	-0.0069	0.0627	0	0.2066	0.0053	-0.0072	0.1432	-0.0168	0.3522	48.0014	11.9541	119.8569
3	0.3004	-0.1235	-0.1742	1.3876	0.0711	1.2527	-0.0377	-0.0348	-0.059	-0.1052	0.0044	-0.051	0.0001	0.0854	-0	0.206	-0.0389	0.0441	0.1917	-0.0213	0.3167	60.3955	19.3536	119.847
4	1.066	-0.258	-0.138	0.9503	0.2875	1.3643	0.1041	0.0265	-0.0068	0.006	0.0076	-0.0042	-0.1816	-0.1524	0.001	0.2527	0.0746	0.0274	0.1943	0.0389	0.3186	19.0083	19.8713	115.5947
5	0.4165	0.3083	0.2177	-0.1118	-0.0188	0.0565	0.1788	-0.1321	0.002	0.1298	-0.0257	0.0241	0.0021	0.0192	0	0.4328	-0.0262	0.0605	0.4458	-0.0306	0.3729	38.315	28.6263	149.103
6	0.4951	0.1117	0.1206	0.6746	0.6419	0.5531	0.1146	-0.2393	0.2125	0.0029	-0.1169	-0.0673	0.0943	-0.1909	0.0002	0.3364	0.0299	0.0697	0.3903	0.047	0.3571	17.1578	21.5234	138.592
7	0.7135	-0.0809	-0.2408	-0.1092	0.3789	0.729	0.0738	-0.2641	-0.0556	0.0765	0.0223	0.072	0.0146	-0.1503	0	0.3295	0.0252	0.0489	0.3505	0.0475	0.3401	16.9992	22.3698	140.7299
8	0.548	-0.0869	0.5749	0.1403	0.0168	0.4422	0.0618	-0.1693	-0.1969	0.021	-0.0039	-0.1863	-0.1205	0.1432	0	0.4055	0.0094	0.07	0.3726	0.038	0.4346	24.5583	29.7736	142.4957
9	1.0554	0.0505	-0.4158	0.3419	-0.5695	0.8046	-0.0213	0.0736	0.1018	0.0348	0.1034	0.0268	-0.2851	-0.2119	0.0001	0.5698	0.1107	0.0452	0.5541	-0.0005	0.3363	23.2214	41.7341	176.0899
10	0.1345	-0.1094	0.2761	0.1687	-0.0957	0.2974	0.1227	-0.0071	-0.1411	0.0131	-0.0747	0.0539	-0.0933	-0.177	0.0348	0.381	0.0567	0.0486	0.5197	-0.015	0.3086	26.0674	21.0556	191.9072
11	0.3482	-0.2046	-0.7359	0.8114	-0.0367	0.6779	-0.0717	0.0331	-0.0592	0.0467	0.0148	0.0422	-0.0336	-0.2222	-0.0009	0.3775	0.0609	0.0743	0.5753	-0.027	0.3303	16.1715	20.1191	191.9946
12	1.0329	0.5104	-0.3521	1.1326	-0.1946	1.2265	0.1861	-0.1468	-0.0388	0.1135	-0.1335	-0.0577	-0.2067	0.2311	0	0.4266	-0.1248	0.0208	0.5669	-0.0489	0.3257	57.4159	18.141	196.8741
13	0.3378	-0.5348	0.2688	0.0611	0.0278	0.3366	0.1643	0.1022	-0.0447	0.0914	-0.0941	0.0322	-0.0529	0.0276	-0	0.4874	0.0016	0.0674	0.5712	-0.0207	0.3569	39.9202	27.4807	164.7858
14	0.1005	0.0597	0.1435	0.1231	-0.1601	0.3006	-0.025	0.3304	-0.0794	0.0831	-0.045	0.0807	-0.0887	0.5074	-0	0.4929	-0.0125	0.0259	0.6768	-0.039	0.3685	63.654	23.0724	176.1786
15	0.4433	0.3417	-0.4254	0.2244	-0.4206	0.3514	0.1389	0.1241	-0.0652	-0.0484	-0.1067	-0.0389	-0.01	0.2325	-0	0.4655	0.0288	0.0174	0.5787	-0.0524	0.3751	58.6013	17.2488	171.2267
16	0.4512	-0.2362	0.4286	0.4589	-0.4026	0.4105	0.3067	0.0752	0.0306	0.1559	-0.1231	0.0943	-0.2596	-0.0007	0	0.5494	-0.0323	0.0517	0.6448	-0.0361	0.4038	54.6581	29.1229	169.8354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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