PDB-5lgq: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P2C3s

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lgq

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P2C3s

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1
Polyadenylate-binding protein 1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / translation activator activity / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone H3R2 methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / translation activator activity / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Estrogen-dependent gene expression / Deadenylation of mRNA / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / positive regulation of cytoplasmic translation / protein-arginine N-methyltransferase activity / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Translation initiation complex formation / histone methyltransferase activity / cell leading edge / nuclear replication fork / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to cAMP / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / catalytic step 2 spliceosome / nuclear receptor coactivator activity / mRNA 3'-UTR binding / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / lysine-acetylated histone binding / mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / RNA polymerase II transcription regulator complex / lamellipodium / methylation / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Transition state mimics are valuable mechanistic probes for structural studies with the arginine methyltransferase CARM1.
著者: van Haren, M.J. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cianciulli, A. / Sbardella, G. / Cavarelli, J. / Martin, N.I.

履歴

登録	2016年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2017年4月12日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lgq.cif.gz	821.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lgq.ent.gz	702.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lgq_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lgq_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5lgq_validation.xml.gz	58.4 KB	表示
CIF形式データ	5lgq_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lgpC 5lgrC 5lgsC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lgr-d 6s7c-d 2y1w-d 5lgs-d 5lv2-2 5dwq-d 5is7-d 6s7a-d 5isi-d 5dx0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (14) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (14)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

F: Polyadenylate-binding protein 1

E: Polyadenylate-binding protein 1

G: Polyadenylate-binding protein 1

H: Polyadenylate-binding protein 1

ヘテロ分子

171 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.706, 99.011, 207.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-838- HOH
2	1	C-791- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFEGH

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1 分子量: 1172.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1

分子量: 1172.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940

-
非ポリマー , 7種, 857分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-8ZB / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-propyl-oxolane-3,4-diol 分子量: 279.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₅O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5 14% PEG 3350 200 mM A.S.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.073 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.073 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→48.152 Å / Num. obs: 89266 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.74 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 2.021 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.11→48.152 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	4423	4.96 %	Random selection
R_work	0.1866	-	-	-
obs	0.189	89162	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.152 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11346	0	85	839	12270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11841
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.53	16040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.992	7035
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1737
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2105

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.134	0.3402	134	0.3559	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.1591	0.3963	151	0.3308	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1591-2.1854	0.339	149	0.3288	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1854-2.2131	0.3553	155	0.3074	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2131-2.2422	0.3512	153	0.2938	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2422-2.2729	0.345	149	0.3028	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2729-2.3054	0.3239	142	0.275	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3054-2.3398	0.3509	145	0.2697	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3398-2.3764	0.3309	126	0.2507	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3764-2.4153	0.2896	146	0.2421	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4153-2.457	0.256	161	0.2374	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.457-2.5016	0.2815	133	0.2287	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5016-2.5498	0.3013	139	0.2246	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.6018	0.2671	152	0.2217	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6018-2.6584	0.2596	147	0.2108	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6584-2.7202	0.2968	150	0.219	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7202-2.7882	0.3103	133	0.2159	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7882-2.8636	0.2508	142	0.2046	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8636-2.9478	0.2627	140	0.1963	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9478-3.043	0.2275	144	0.1889	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.043-3.1517	0.2574	168	0.1936	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1517-3.2779	0.2166	148	0.1839	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2779-3.427	0.2177	132	0.1788	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.427-3.6077	0.2262	133	0.1559	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6077-3.8336	0.1915	161	0.138	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8336-4.1294	0.1705	162	0.1265	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1294-4.5447	0.1361	154	0.1147	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5447-5.2017	0.1878	134	0.1145	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2017-6.551	0.2048	163	0.1591	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
6.551-48.1641	0.2231	177	0.1811	3028	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1897	-0.1691	-0.1705	0.5786	0.0718	0.5104	-0.0597	-0.171	0.1166	0.1362	0.0039	0.029	-0.1512	0.0625	0	0.2932	-0.028	0.0234	0.2048	-0.0514	0.2801	54.7374	40.0357	133.553
2	0.3757	0.168	0.0211	0.0243	0.0307	0.3002	0.0065	0.0284	-0.0591	-0.0386	0.0306	0.0094	-0.0493	0.0866	0.0123	0.1523	0.003	0.0086	0.113	-0.0097	0.2975	47.8599	11.9811	119.3793
3	0.2427	-0.029	0.001	1.0356	-0.2227	0.3079	-0.0357	-0.0375	-0.0496	-0.1813	0.0404	-0.03	-0.0273	0.1254	-0.0004	0.1851	-0.0251	0.0471	0.1883	-0.0143	0.2818	60.0342	19.4684	119.3546
4	0.7771	-0.4106	-0.1744	0.7061	0.298	0.9378	0.0729	0.01	-0.0008	0.0042	0.025	0.0045	-0.216	-0.1521	0.1503	0.1891	0.0772	0.0119	0.1662	0.0378	0.2615	19.1485	19.8653	114.9702
5	0.2968	0.1306	0.0899	0.0302	0.0471	0.1382	0.1762	-0.1927	-0.138	0.2033	-0.0223	-0.0174	0.0682	0.1088	-0	0.4008	-0.019	0.0622	0.3523	-0.0181	0.2834	38.1701	28.6837	148.4847
6	0.2498	0.036	-0.0621	0.296	0.3115	0.3562	0.1457	-0.131	0.1121	-0.0672	-0.1322	-0.0495	0.1762	-0.1785	0	0.3736	0.0131	0.0549	0.3642	0.0367	0.3409	16.9844	21.677	137.6019
7	0.2828	-0.0853	-0.2548	0.0356	0.1223	0.3616	0.0717	-0.1978	-0.0251	0.0563	-0.0225	0.0401	-0.0724	-0.1231	0	0.3074	0.0136	0.0291	0.3134	0.0346	0.2799	16.9025	22.4894	140.0853
8	0.1801	-0.0594	0.1511	0.1634	0.0343	0.167	0.1284	-0.1664	-0.0337	-0.0272	-0.0313	-0.1275	-0.0961	0.0575	-0	0.429	-0.001	0.0735	0.4036	0.0027	0.4084	24.8074	29.2504	141.5051
9	0.7448	-0.1238	-0.4846	0.2658	-0.2323	0.7108	-0.0282	0.054	0.1237	0.0421	0.0404	-0.001	-0.2	-0.1248	0	0.4544	0.0544	0.0178	0.4499	0.0117	0.3374	23.1608	41.7521	175.38
10	0.2961	-0.0452	0.2016	0.0062	-0.0103	0.3718	0.0639	-0.068	-0.0786	0.0033	-0.0432	-0.0025	-0.0237	-0.1906	-0.002	0.3386	0.0336	0.0341	0.4079	-0.0156	0.27	25.9717	21.1027	191.103
11	0.3306	-0.0458	-0.3687	0.7042	-0.1343	0.4454	-0.0656	0.0577	-0.0769	0.0905	0.0184	0.0987	-0.0972	-0.1176	0	0.3747	0.0471	0.0667	0.4357	-0.0273	0.3046	16.237	20.1796	191.1103
12	0.7964	0.2651	-0.5183	0.6155	-0.0438	0.5243	0.111	-0.1024	-0.0224	0.0804	-0.1177	-0.0996	-0.1086	0.082	0	0.3437	-0.0749	-0.0057	0.3912	-0.0144	0.2817	57.1614	18.0997	196.1389
13	0.264	-0.2005	-0.1247	0.1357	0.0507	0.3558	0.2375	0.106	-0.0645	-0.1295	-0.1022	0.0101	0.002	0.0276	-0	0.458	-0.0095	0.0686	0.5001	-0.0496	0.3072	39.7884	27.4607	164.0807
14	0.1657	-0.0671	0.0467	0.1709	-0.1593	0.1485	0.0446	0.2497	-0.1365	-0.0855	-0.1696	-0.023	0.0513	0.2662	-0.0001	0.4597	-0.0107	0.0444	0.6215	0.0031	0.3705	63.4292	22.8891	175.1794
15	0.1413	0.0906	0.0236	0.0943	-0.0556	0.1071	0.0983	0.148	-0.1197	-0.0576	-0.0561	0.0082	0.0837	0.1773	0	0.4299	0.0602	0.0245	0.4742	-0.0255	0.2991	58.4389	17.2739	170.5111
16	0.3374	-0.2454	0.2231	0.206	-0.1034	0.2231	0.2213	0.1626	-0.0162	0.0365	-0.2258	0.0564	-0.1775	-0.0453	-0.0001	0.5015	0.0187	0.0496	0.6085	0.0048	0.3523	54.5271	29.1754	169.2136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFEGH

-
非ポリマー , 7種, 857分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFEGH

-非ポリマー , 7種, 857分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFEGH

-
非ポリマー , 7種, 857分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)