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万見
- PDB-5lg3: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lg3
タイトルX-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with chlorpromazine
要素Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z80 / Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.567 Å
データ登録者Nys, M. / Wijckmans, E. / Farinha, A. / Brams, M. / Spurny, R. / Ulens, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Allosteric binding site in a Cys-loop receptor ligand-binding domain unveiled in the crystal structure of ELIC in complex with chlorpromazine.
著者: Nys, M. / Wijckmans, E. / Farinha, A. / Yoluk, O. / Andersson, M. / Brams, M. / Spurny, R. / Peigneur, S. / Tytgat, J. / Lindahl, E. / Ulens, C.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,02220
ポリマ－353,83410
非ポリマー3,18910
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50910 Å2
ΔGint-296 kcal/mol
Surface area128340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.200, 266.650, 111.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1


分子量: 35383.367 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア)
株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4
#2: 化合物
ChemComp-Z80 / 3-(2-chloro-10H-phenothiazin-10-yl)-N,N-dimethylpropan-1-amine / Chlorpromazine / クロルプロマジン


分子量: 318.864 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN2S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM ammonium sulfate 50 mM ADA (N-(2-acetamido)iminodiacetic acid) pH 6.5 9-12 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.16 Å / Num. obs: 67372 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.0371

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4a97

4a97


解像度: 3.567→44.746 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 3412 5.06 %
Rwork0.22 --
obs0.2217 67372 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.567→44.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25045 0 210 0 25255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00525954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93335381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.14115083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5674-3.61830.37441070.35311944X-RAY DIFFRACTION71
3.6183-3.67230.40341430.36192621X-RAY DIFFRACTION98
3.6723-3.72970.33741490.30982693X-RAY DIFFRACTION98
3.7297-3.79080.32431370.29232707X-RAY DIFFRACTION98
3.7908-3.85610.30451400.28332702X-RAY DIFFRACTION99
3.8561-3.92620.35391430.31082635X-RAY DIFFRACTION97
3.9262-4.00170.30461410.2592690X-RAY DIFFRACTION99
4.0017-4.08330.24481560.2362674X-RAY DIFFRACTION99
4.0833-4.1720.27281400.22332677X-RAY DIFFRACTION99
4.172-4.2690.25511290.21412742X-RAY DIFFRACTION99
4.269-4.37570.20481430.20332688X-RAY DIFFRACTION99
4.3757-4.49390.24051270.19222703X-RAY DIFFRACTION99
4.4939-4.6260.20721480.1782725X-RAY DIFFRACTION99
4.626-4.77510.19621310.16062695X-RAY DIFFRACTION99
4.7751-4.94560.18421430.17052685X-RAY DIFFRACTION99
4.9456-5.14330.20821470.16922708X-RAY DIFFRACTION99
5.1433-5.3770.20721640.17832671X-RAY DIFFRACTION99
5.377-5.660.22511520.18762708X-RAY DIFFRACTION99
5.66-6.01380.21711520.1982709X-RAY DIFFRACTION99
6.0138-6.47690.24611440.21082728X-RAY DIFFRACTION99
6.4769-7.12630.28451410.22522694X-RAY DIFFRACTION99
7.1263-8.15210.24951510.21092728X-RAY DIFFRACTION99
8.1521-10.25040.20481500.17742722X-RAY DIFFRACTION99
10.2504-44.7490.30161340.25632711X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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