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万見
- PDB-5lef: Rab6A:Kif20A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lef
タイトルRab6A:Kif20A complex
要素
  • Kinesin-like protein KIF20A
  • Ras-related protein Rab-6A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / kinesin / motor / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / Mitotic Telophase/Cytokinesis / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Kinesins / acrosomal membrane / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / Mitotic Telophase/Cytokinesis / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Kinesins / acrosomal membrane / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / midbody abscission / MHC class II antigen presentation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / microtubule bundle formation / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / TBC/RABGAPs / microtubule motor activity / microtubule-based movement / antigen processing and presentation / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / intercellular bridge / endomembrane system / secretory granule membrane / regulation of cytokinesis / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / spindle / neuron projection development / mitotic spindle / protein transport / midbody / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / microtubule / ciliary basal body / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Small GTPase Rab domain profile. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...: / : / Small GTPase Rab domain profile. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ISOPROPYL ALCOHOL / Ras-related protein Rab-6A / Kinesin-like protein KIF20A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.088 Å
データ登録者Bressanelli, G. / Pylypenko, O. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Coupling fission and exit of RAB6 vesicles at Golgi hotspots through kinesin-myosin interactions.
著者: Miserey-Lenkei, S. / Bousquet, H. / Pylypenko, O. / Bardin, S. / Dimitrov, A. / Bressanelli, G. / Bonifay, R. / Fraisier, V. / Guillou, C. / Bougeret, C. / Houdusse, A. / Echard, A. / Goud, B.
履歴
登録2016年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6A
B: Ras-related protein Rab-6A
C: Kinesin-like protein KIF20A
D: Kinesin-like protein KIF20A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,20713
ポリマ－59,6724
非ポリマー1,5359
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.250, 128.190, 36.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-6A / Rab-6


分子量: 21866.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB6A, RAB6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20340
#2: タンパク質 Kinesin-like protein KIF20A / Kinesin-like protein 174 / Rab6-interacting kinesin-like protein / Rabkinesin-6


分子量: 7968.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif20a, Rab6kifl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97329

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非ポリマー , 6種, 260分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Hepes 0.1M, Ammonium Sulfate 0.2M, PEG 8K 24%, Isopropanol 2%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976273 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976273 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.088→44.8 Å / Num. obs: 34406 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 14.11
反射 シェル解像度: 2.088→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.733

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GIL

2gil


解像度: 2.088→44.793 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 1721 5 %
Rwork0.1764 --
obs0.1778 34405 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.088→44.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 91 251 3696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7334801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9071336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0883-2.14970.27041360.25662572X-RAY DIFFRACTION93
2.1497-2.21910.24841420.22972713X-RAY DIFFRACTION99
2.2191-2.29840.23211440.20512727X-RAY DIFFRACTION99
2.2984-2.39050.24041440.1962729X-RAY DIFFRACTION99
2.3905-2.49920.20081410.19142680X-RAY DIFFRACTION97
2.4992-2.6310.19681440.18242745X-RAY DIFFRACTION98
2.631-2.79580.21341450.18542748X-RAY DIFFRACTION98
2.7958-3.01160.1941450.1682752X-RAY DIFFRACTION98
3.0116-3.31460.19291410.16932689X-RAY DIFFRACTION96
3.3146-3.7940.17341450.15182753X-RAY DIFFRACTION98
3.794-4.77920.1831440.14342735X-RAY DIFFRACTION95
4.7792-44.80350.22951500.19662841X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4059-0.1103-0.45170.60540.18950.49070.13540.11760.4803-0.0808-0.0512-0.0682-0.3461-0.15590.00010.34670.0259-0.00120.33240.04520.327443.483912.9677-0.9194
20.22920.0495-0.19150.3334-0.21541.14120.00280.66710.0490.16880.00360.44580.4964-0.56190.02270.50940.0201-0.04180.71-0.03720.556931.98038.3291-5.6236
30.268-0.4459-0.00950.6651-0.16070.59370.0012-0.00420.1630.06620.00820.011-0.2024-0.0859-00.25530.03870.01870.2974-0.03060.290739.197610.67847.508
40.3916-0.3706-0.15230.9472-0.23240.3230.0398-0.13890.13010.1680.00150.0332-0.0426-0.0202-00.2359-0.02210.01620.2974-0.01630.199447.8262.86618.9251
50.2911-0.1684-0.01830.4754-0.2670.1620.0233-0.0108-0.1202-0.0444-0.1178-0.14170.10830.0425-00.2762-0.04870.0010.3131-0.00490.239449.4913-2.85272.8694
60.07130.10380.1140.14820.16580.1744-0.05550.0643-0.0489-0.15140.03280.13370.0327-0.030900.2635-0.02970.0140.3621-0.00780.247337.9232-0.2686-4.2963
70.5025-0.0848-0.97250.50270.40522.28580.51750.0367-0.49060.00410.19530.3120.46450.31250.47060.49410.1147-0.15760.27950.03650.410421.293839.415616.6463
80.095-0.0963-0.00880.155-0.02950.02940.0759-0.4249-0.06340.60220.2367-0.59030.84460.6226-0.00220.54630.2286-0.06780.5096-0.05210.499530.359742.303318.9355
90.10190.1027-0.2441.89712.10843.74460.8461-0.1151-0.6341-0.38270.31170.56610.179-0.25441.14930.59760.158-0.13060.46610.32090.835816.43530.535222.4908
101.8494-0.0485-0.81780.4971-0.63172.32941.00820.3883-0.7136-0.6194-0.27630.330.03950.30990.57510.91370.3075-0.20040.4143-0.13030.505424.299233.67468.8975
111.2336-0.22240.0391.0283-0.12160.99420.45320.3963-0.5559-0.6260.02560.20730.56030.44381.11490.58220.1472-0.27620.2578-0.08980.457316.28340.10915.2035
120.4977-0.60180.2170.7263-0.47380.68150.17940.0592-0.07440.07290.10840.37080.13840.11130.09320.31360.0358-0.03110.30230.0580.345413.290950.109812.3343
130.7357-0.7677-1.19060.81311.25161.93690.0776-0.16-0.07060.06680.71570.73540.0297-0.13190.52740.4904-0.0412-0.00710.32180.25740.59938.514539.921621.0216
140.23130.36050.1450.23580.23290.51490.3050.1712-0.2425-0.3525-0.27760.0293-0.291-0.2578-0.01090.46490.1026-0.00470.4423-0.00840.753427.909121.16664.4092
150.4152-0.2697-0.02490.1948-0.05050.18150.2163-0.20940.02330.4272-0.03960.0941-0.1645-0.09550.00010.48110.02470.0470.3854-0.01980.721327.648821.70313.3546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 97 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 98 through 137 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 162 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 163 through 176 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 14 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 47 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 48 through 63 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 64 through 78 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 79 through 115 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 116 through 162 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 163 through 175 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 600 through 648 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 600 through 646 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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