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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5leb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DDD_D12_06_D12_06_D12 | |||||||||
![]() | DDD_D12_06_D12_06_D12 | |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries. 著者: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 256.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 215.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5le2C ![]() 5le3C ![]() 5le4C ![]() 5le6C ![]() 5le7C ![]() 5le8C ![]() 5le9C ![]() 5leaC ![]() 5lecC ![]() 5ledC ![]() 5leeC ![]() 5lelC ![]() 5lemC ![]() 5lw2C ![]() 1svxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50522.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000 10.0% w/v, PEG 1000 10.0% w/v, Sodium acetate 0.3 M, Sodium cacodylate 0.1 M, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→35.343 Å / Num. obs: 24249 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / Rmerge(I) obs: 1.931 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1SVX chain A 解像度: 2.3→35.343 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.343 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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